+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dy4 | ||||||
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Title | Crystal Structure of spFv CAT2200 HL | ||||||
Components | spFv CAT2200 HL | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / scFv / stapled scFv / spFv / germline scFv / single chain Fv / scFv stabilizations / antibody | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Model details | Crystal Structure of spFv GLK1 in LH configuration | ||||||
Authors | Luo, J. / Boucher, L.E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Mabs / Year: 2023 Title: "Stapling" scFv for multispecific biotherapeutics of superior properties. Authors: Boucher, L.E. / Prinslow, E.G. / Feldkamp, M. / Yi, F. / Nanjunda, R. / Wu, S.J. / Liu, T. / Lacy, E.R. / Jacobs, S. / Kozlyuk, N. / Del Rosario, B. / Wu, B. / Aquino, P. / Davidson, R.C. / ...Authors: Boucher, L.E. / Prinslow, E.G. / Feldkamp, M. / Yi, F. / Nanjunda, R. / Wu, S.J. / Liu, T. / Lacy, E.R. / Jacobs, S. / Kozlyuk, N. / Del Rosario, B. / Wu, B. / Aquino, P. / Davidson, R.C. / Heyne, S. / Mazzanti, N. / Testa, J. / Diem, M.D. / Gorre, E. / Mahan, A. / Nanda, H. / Gunawardena, H.P. / Gervais, A. / Armstrong, A.A. / Teplyakov, A. / Huang, C. / Zwolak, A. / Chowdhury, P. / Cheung, W.C. / Luo, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8dy4.cif.gz | 105.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8dy4.ent.gz | 80.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8dy4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8dy4_validation.pdf.gz | 427.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8dy4_full_validation.pdf.gz | 433 KB | Display | |
Data in XML | 8dy4_validation.xml.gz | 10.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8dy4_validation.cif.gz | 12.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dy4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8dy0C 8dy1C 8dy2C 8dy3C 8dy5C 4qhuS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 26618.316 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: spFv / Mutation: VL S43Q, VH T28G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pUNDER / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.5 / Details: 100 mM Na Acetate, 1500 mM (NH4)2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 17, 2018 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: ACCEL SI (111) DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→34.86 Å / Num. obs: 9924 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 64.432 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.828 / Net I/σ(I): 15.52 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4QHU Resolution: 2.4→34.86 Å / SU ML: 0.53 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 52.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 191.24 Å2 / Biso mean: 123.3044 Å2 / Biso min: 77.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→34.86 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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