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- PDB-8dxu: Fab arms of antibodies GAR03 and 10G4 bound to the receptor bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dxu
タイトルFab arms of antibodies GAR03 and 10G4 bound to the receptor binding domain of SARS-CoV-2 in a 1:1:1 complex.
要素
  • (Heavy chain of Fab arm of antibody ...) x 2
  • (Light chain of Fab arm of antibody ...) x 2
  • Spike protein S1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / anti-CoV-2 / antibodies / convalescent patients / receptor binding domain.
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.728 Å
データ登録者Langley, D.B. / Christ, D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Broadly neutralizing SARS-CoV-2 antibodies through epitope-based selection from convalescent patients.
著者: Romain Rouet / Jake Y Henry / Matt D Johansen / Meghna Sobti / Harikrishnan Balachandran / David B Langley / Gregory J Walker / Helen Lenthall / Jennifer Jackson / Stephanie Ubiparipovic / ...著者: Romain Rouet / Jake Y Henry / Matt D Johansen / Meghna Sobti / Harikrishnan Balachandran / David B Langley / Gregory J Walker / Helen Lenthall / Jennifer Jackson / Stephanie Ubiparipovic / Ohan Mazigi / Peter Schofield / Deborah L Burnett / Simon H J Brown / Marianne Martinello / Bernard Hudson / Nicole Gilroy / Jeffrey J Post / Anthony Kelleher / Hans-Martin Jäck / Christopher C Goodnow / Stuart G Turville / William D Rawlinson / Rowena A Bull / Alastair G Stewart / Philip M Hansbro / Daniel Christ /
要旨: Emerging variants of concern (VOCs) are threatening to limit the effectiveness of SARS-CoV-2 monoclonal antibodies and vaccines currently used in clinical practice; broadly neutralizing antibodies ...Emerging variants of concern (VOCs) are threatening to limit the effectiveness of SARS-CoV-2 monoclonal antibodies and vaccines currently used in clinical practice; broadly neutralizing antibodies and strategies for their identification are therefore urgently required. Here we demonstrate that broadly neutralizing antibodies can be isolated from peripheral blood mononuclear cells of convalescent patients using SARS-CoV-2 receptor binding domains carrying epitope-specific mutations. This is exemplified by two human antibodies, GAR05, binding to epitope class 1, and GAR12, binding to a new epitope class 6 (located between class 3 and 5). Both antibodies broadly neutralize VOCs, exceeding the potency of the clinical monoclonal sotrovimab (S309) by orders of magnitude. They also provide prophylactic and therapeutic in vivo protection of female hACE2 mice against viral challenge. Our results indicate that exposure to SARS-CoV-2 induces antibodies that maintain broad neutralization against emerging VOCs using two unique strategies: either by targeting the divergent class 1 epitope in a manner resistant to VOCs (ACE2 mimicry, as illustrated by GAR05 and mAbs P2C-1F11/S2K14); or alternatively, by targeting rare and highly conserved epitopes, such as the new class 6 epitope identified here (as illustrated by GAR12). Our results provide guidance for next generation monoclonal antibody development and vaccine design.
履歴
登録2022年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Spike protein S1
H: Heavy chain of Fab arm of antibody 10G4
L: Light chain of Fab arm of antibody 10G4
A: Heavy chain of Fab arm of antibody GAR03
B: Light chain of Fab arm of antibody GAR03
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0108
ポリマ－118,7185
非ポリマー2923
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.235, 102.085, 201.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 HLAB

#2: 抗体 Heavy chain of Fab arm of antibody 10G4


分子量: 24475.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heavy chain of Fab arm of antibody 10G4 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Light chain of Fab arm of antibody 10G4


分子量: 23591.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Light chain of Fab arm of antibody 10G4 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 Heavy chain of Fab arm of antibody GAR03


分子量: 24705.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heavy chain of Fab arm of antibody GAR03 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 Light chain of Fab arm of antibody GAR03


分子量: 22970.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Light chain of Fab arm of antibody GAR03 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 R

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22975.688 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SARS-CoV-2 receptor binding domain residues 333-528, with C-terminal 6His tag.
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DTC2
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 45分子

#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Two uL of protein solution (~5 mg/mL of 1:1:1 complex in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) was combined with an equal volume of well solution (100 mM MMT buffer system (Molecular Dimensions) ...詳細: Two uL of protein solution (~5 mg/mL of 1:1:1 complex in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) was combined with an equal volume of well solution (100 mM MMT buffer system (Molecular Dimensions) (pH 6.0), 19% (w/v) PEG6000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.728→49.48 Å / Num. obs: 31192 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 59.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.73-2.8610.11.3843971439180.6720.4551.4591.795.8
9.05-49.4811.90.049116279790.9990.0150.05242.699.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.73 Å48.58 Å
Translation2.73 Å48.58 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.11.1-2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: generic fab and SARS-CoV-2 RBD

解像度: 2.728→45.547 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1472 4.73 %
Rwork0.2229 29642 -
obs0.2251 31114 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.75 Å2 / Biso mean: 64.0261 Å2 / Biso min: 27.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.728→45.547 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7863 0 16 43 7922
Biso mean--87.65 42.59 -
残基数----1058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70611071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1235057
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.728-2.81560.41811230.3406249494
2.8156-2.91620.39491360.30882666100
2.9162-3.03290.38441090.29722664100
3.0329-3.17090.32391420.28942664100
3.1709-3.33810.33141480.27822661100
3.3381-3.54710.29021100.24052711100
3.5471-3.82090.24521330.2222693100
3.8209-4.20510.25451510.19922702100
4.2051-4.81310.2161410.16582717100
4.8131-6.06170.23071370.18422772100
6.0617-45.5470.25521420.21882898100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.5853 Å / Origin y: 11.3813 Å / Origin z: -58.3439 Å
111213212223313233
T0.3383 Å2-0.015 Å20.0322 Å2-0.3051 Å2-0.021 Å2--0.388 Å2
L0.2762 °20.0138 °2-0.1882 °2-0.3193 °2-0.2217 °2--0.2604 °2
S-0.0286 Å °0.0393 Å °0.0603 Å °-0.0682 Å °0.0646 Å °0.0133 Å °0.0782 Å °-0.0861 Å °-0.015 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allR333 - 529
2X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 219
3X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 212
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 221
5X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 213
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 72
7X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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