PDB-8dxj: HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 1-N-m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dxj

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 1-N-methyl-4-(trifluoromethyl)benzene-1,2-diamine at the NNRTI adjacent site

要素

Reverse transcriptase/ribonuclease H
p51 RT

キーワード

TRANSFERASE / HIV-1 reverse transcriptase

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chopra, A. / Ruiz, F.X. / Bauman, J.D. / Arnold, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Halo Library, a Tool for Rapid Identification of Ligand Binding Sites on Proteins Using Crystallographic Fragment Screening.
著者: Chopra, A. / Bauman, J.D. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.

履歴

登録	2022年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dxj.cif.gz	479.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dxj.ent.gz	345 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dxj_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dxj_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8dxj_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	8dxj_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dxj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dx2C 8dx3C 8dx8C 8dxbC 8dxeC 8dxgC 8dxhC 8dxiC 8dxkC 8dxlC 8dxmC 4g1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: p51 RT

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.243, 72.809, 109.454
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.513, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

-
非ポリマー , 7種, 576分子

#3: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-U43 / N~1~-methyl-4-(trifluoromethyl)benzene-1,2-diamine / N-メチル-4-(トリフルオロメチル)-1,2-ベンゼンジアミン分子量: 190.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉F₃N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP PH範囲: 6.4-6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 113731 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 1.061 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 363064

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	2.5	0.497	5445	0.45	0.361	0.618	0.914	94
1.83-1.86	2.7	0.445	5471	0.611	0.309	0.545	0.96	94.5
1.86-1.9	2.8	0.377	5514	0.709	0.261	0.461	1.025	95.1
1.9-1.94	2.8	0.319	5515	0.781	0.219	0.389	1.081	95.6
1.94-1.98	2.8	0.277	5560	0.837	0.191	0.339	1.155	96
1.98-2.03	2.9	0.242	5596	0.881	0.163	0.294	1.148	96.8
2.03-2.08	3	0.205	5622	0.91	0.135	0.247	1.192	97.3
2.08-2.13	3	0.176	5650	0.934	0.117	0.213	1.212	97.9
2.13-2.2	3.2	0.16	5680	0.952	0.102	0.19	1.196	98.1
2.2-2.27	3.2	0.141	5729	0.958	0.09	0.168	1.156	98.2
2.27-2.35	3.2	0.127	5717	0.965	0.082	0.152	1.054	98.5
2.35-2.44	3.2	0.116	5643	0.968	0.074	0.138	0.968	98.6
2.44-2.55	3.3	0.105	5759	0.974	0.067	0.125	0.987	98.9
2.55-2.69	3.5	0.094	5791	0.978	0.058	0.111	1.033	99.1
2.69-2.86	3.6	0.083	5740	0.987	0.05	0.097	1.059	99.3
2.86-3.08	3.4	0.074	5812	0.988	0.046	0.087	1.017	99.6
3.08-3.39	3.6	0.066	5828	0.991	0.04	0.077	1.061	99.7
3.39-3.88	3.8	0.058	5834	0.993	0.035	0.068	0.984	99.7
3.88-4.88	3.6	0.053	5847	0.993	0.032	0.062	0.993	99.9
4.88-50	3.6	0.044	5978	0.995	0.026	0.051	1.06	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3051	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4g1q

4g1q

解像度: 1.8→42.94 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.4748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	3653	1.77 %
R_work	0.1871	202554	-
obs	0.1874	113726	90.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7949	0	98	560	8607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	8303
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8092	11286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1426
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.564	3145

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3108	113	0.3123	6154	X-RAY DIFFRACTION	70.96
1.82-1.85	0.2849	124	0.302	7042	X-RAY DIFFRACTION	81.56
1.85-1.87	0.2931	125	0.2866	7129	X-RAY DIFFRACTION	82.17
1.87-1.9	0.3039	130	0.2682	7196	X-RAY DIFFRACTION	83.21
1.9-1.93	0.285	131	0.2575	7278	X-RAY DIFFRACTION	83.75
1.93-1.96	0.2439	133	0.2492	7316	X-RAY DIFFRACTION	84.87
1.96-2	0.2599	134	0.242	7239	X-RAY DIFFRACTION	84.27
2-2.03	0.248	134	0.2294	7599	X-RAY DIFFRACTION	87.3
2.03-2.07	0.2764	144	0.2271	7589	X-RAY DIFFRACTION	87.73
2.07-2.11	0.2592	130	0.2192	7548	X-RAY DIFFRACTION	87.02
2.11-2.16	0.254	139	0.202	7848	X-RAY DIFFRACTION	90.68
2.16-2.21	0.2215	143	0.2053	7847	X-RAY DIFFRACTION	91.06
2.21-2.27	0.2161	141	0.1957	7975	X-RAY DIFFRACTION	91.68
2.27-2.33	0.2128	139	0.197	7879	X-RAY DIFFRACTION	91.79
2.33-2.4	0.2135	146	0.193	7876	X-RAY DIFFRACTION	90.51
2.4-2.47	0.2337	147	0.1975	8073	X-RAY DIFFRACTION	93.08
2.47-2.56	0.2419	144	0.1979	7921	X-RAY DIFFRACTION	92.2
2.56-2.66	0.2111	149	0.199	8159	X-RAY DIFFRACTION	94.01
2.66-2.78	0.2617	139	0.1957	8240	X-RAY DIFFRACTION	95.24
2.78-2.93	0.2107	149	0.1926	8315	X-RAY DIFFRACTION	96.21
2.93-3.11	0.2552	149	0.2016	8265	X-RAY DIFFRACTION	95.54
3.11-3.36	0.2342	155	0.1875	8293	X-RAY DIFFRACTION	96.39
3.36-3.69	0.1661	153	0.1751	8475	X-RAY DIFFRACTION	97.39
3.69-4.23	0.1735	156	0.1554	8520	X-RAY DIFFRACTION	98.07
4.23-5.32	0.1652	153	0.155	8337	X-RAY DIFFRACTION	96.84
5.32-42.94	0.178	153	0.171	8441	X-RAY DIFFRACTION	97.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.258812434572	0.107131564648	-0.160109668208	-0.0130532046942	0.243312337551	1.06739811014	0.0889339143153	-0.127756234351	-0.0948198380702	0.101605440502	0.0151163385396	0.0904205218861	0.164142946577	-0.0183285724357	0.00217087995067	0.396410808653	0.00925581108323	0.0388137400861	0.306978432597	0.036209635668	0.251968954946	45.3414940187	-17.2997034497	64.3737431477
2	0.41691744029	0.135178941317	0.560453627347	0.802686562402	0.230025085666	0.890726970111	0.304492808211	-0.262859962002	-0.374243039146	0.230661243297	0.0388860885733	0.0633708493382	0.221869116521	-0.149709892659	0.0219247811378	0.359884507992	-0.0269243110222	-0.0207134881801	0.319317646656	0.0754401089896	0.369096634101	42.0328664287	-25.9777986673	40.0376318436
3	0.857712720454	-0.486875544286	0.603863390376	0.368511145886	-0.26447421318	0.377063705933	0.00215156554434	-0.0944909272325	-0.131144055437	0.064528329105	0.0965484776838	0.122919199957	0.0454783683821	-0.127745179727	3.09138143566E-9	0.217963765393	0.0045856937838	0.0251076169455	0.273005398977	0.00182317852536	0.278216732828	24.1957762072	-3.63903204431	11.8413297168
4	0.698949400137	-0.219989599139	0.597248487132	0.821295933326	-0.282209977689	0.622907301592	-0.061279591509	0.0277480144124	0.0716443334935	0.168918327831	-0.0409636837098	0.00199456346026	-0.108767835116	0.163231722803	-3.81674001484E-9	0.306860683149	-0.0359645205301	-0.00469280761491	0.312765305482	0.0118791635694	0.265230094736	56.2724646733	1.37231476825	36.7195201207
5	0.124396725	-0.122993788803	0.0245589908014	0.198195690312	0.0318505206151	0.0850475359282	-0.425563056191	0.269295714199	0.583981766152	0.195624156087	0.0638355251727	0.0159096183228	0.00626963506049	0.0413456784657	-0.0212924531455	0.597119517074	-0.104074061599	-0.151498299196	0.323382905813	0.100071949336	0.727529564227	55.7798790687	26.2105337936	33.7512828461
6	1.29756595663	-0.474080628472	0.966448603454	1.01219094328	-0.207973358176	0.506523073118	-0.23363266527	0.410645778446	0.382432579173	0.163815001517	-0.0197954638696	-0.513598734818	-0.0970757764103	0.525950611412	-0.00335425707652	0.346743193931	-0.222334694948	-0.0623958039776	0.436822758673	0.116688485107	0.406733962212	64.5550768137	13.6698199214	30.6972364336
7	0.343668202256	0.23315963204	0.521547926061	1.08626044901	-0.148611672678	1.19172604066	-0.162910238372	0.144352282293	0.164349400521	0.136119576887	0.0217147736499	-0.0297021032716	-0.173322787931	0.121278604552	8.23447662924E-9	0.258923789388	-0.0323657145054	0.0135870235281	0.276443337607	-0.0106331890306	0.256334827073	32.7932245889	25.0217419498	7.75207829136
8	0.45819542983	-0.0236784758319	0.136231088359	0.631590606394	-0.199917224605	0.43685109421	0.00719061017443	0.0978706846917	0.0898602262099	0.0297225205875	-0.115957143788	0.0122952462253	-0.0762404740431	0.0113866951907	3.45721814127E-8	0.268976892622	-0.0222737223172	0.00379595278548	0.242680041083	-0.00131458499468	0.269198435599	43.1928571312	10.0401904295	20.2207508886

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 155 )	A	A	-1 - 155	1 - 157
2	2	chain 'A' and (resid 156 through 296 )	A	A	156 - 296	158 - 298
3	3	chain 'A' and (resid 297 through 554 )	A	A	297 - 554	299 - 556
4	4	chain 'B' and (resid 5 through 83 )	B	B	5 - 83	1 - 79
5	5	chain 'B' and (resid 84 through 104 )	B	B	84 - 104	80 - 100
6	6	chain 'B' and (resid 105 through 238 )	B	B	105 - 238	101 - 225
7	7	chain 'B' and (resid 239 through 363 )	B	B	239 - 363	226 - 350
8	8	chain 'B' and (resid 364 through 428 )	B	B	364 - 428	351 - 415

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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