PDB-8dxi: HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment [1-(4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dxi

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment [1-(4-fluorophenyl)-5-methyl-1H-pyrazol-4-yl]methanol at multiple sites

要素

Reverse transcriptase/ribonuclease H
p51 RT

キーワード

TRANSFERASE / HIV-1 reverse transcriptase

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Chopra, A. / Ruiz, F.X. / Bauman, J.D. / Arnold, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Halo Library, a Tool for Rapid Identification of Ligand Binding Sites on Proteins Using Crystallographic Fragment Screening.
著者: Chopra, A. / Bauman, J.D. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.

履歴

登録	2022年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dxi.cif.gz	477 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dxi.ent.gz	344.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dxi_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dxi_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8dxi_validation.xml.gz	41.4 KB	表示
CIF形式データ	8dxi_validation.cif.gz	60.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dxi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dx2C 8dx3C 8dx8C 8dxbC 8dxeC 8dxgC 8dxhC 8dxjC 8dxkC 8dxlC 8dxmC 4g1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: p51 RT

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.433, 72.831, 109.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.631, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K174A, K175A, C282S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K174A, K175A, C282S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

-
非ポリマー , 7種, 537分子

#3: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-FMQ / [1-(4-fluorophenyl)-5-methyl-1H-pyrazol-4-yl]methanol / 1-(4-フルオロフェニル)-5-メチル-1H-ピラゾ-ル-4-メタノ-ル分子量: 206.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁FN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP PH範囲: 6.4-6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 91938 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 1.096 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 326189

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	3.3	0.669	4589	0.602	0.433	0.8	1.151	99.7
1.98-2.02	3.4	0.559	4547	0.698	0.353	0.664	1.16	99.8
2.02-2.06	3.5	0.485	4563	0.757	0.301	0.572	1.241	99.8
2.06-2.1	3.4	0.399	4562	0.801	0.254	0.475	1.293	99.9
2.1-2.15	3.5	0.323	4601	0.875	0.201	0.381	1.179	100
2.15-2.2	3.6	0.281	4571	0.91	0.172	0.331	1.19	99.9
2.2-2.25	3.6	0.246	4526	0.889	0.152	0.29	1.157	100
2.25-2.31	3.5	0.208	4610	0.938	0.129	0.246	1.158	99.7
2.31-2.38	3.4	0.182	4561	0.948	0.117	0.217	1.158	99.8
2.38-2.46	3.5	0.155	4577	0.965	0.096	0.183	1.103	99.9
2.46-2.54	3.5	0.135	4610	0.973	0.084	0.16	0.953	99.9
2.54-2.65	3.6	0.115	4549	0.978	0.072	0.136	1.078	100
2.65-2.77	3.7	0.1	4618	0.983	0.061	0.118	1.102	100
2.77-2.91	3.7	0.086	4605	0.987	0.052	0.1	0.975	99.9
2.91-3.1	3.5	0.074	4579	0.989	0.046	0.087	1.03	100
3.1-3.33	3.6	0.062	4612	0.993	0.038	0.073	0.938	99.9
3.33-3.67	3.7	0.055	4639	0.995	0.033	0.064	1.047	100
3.67-4.2	3.7	0.05	4612	0.995	0.03	0.058	0.98	99.9
4.2-5.29	3.5	0.045	4652	0.995	0.027	0.052	0.975	100
5.29-50	3.6	0.046	4755	0.992	0.027	0.053	1.09	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	dev_3051	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 1.95→40.32 Å / SU ML: 0.2127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.4672
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2177	3802	2.18 %
R_work	0.1906	170664	-
obs	0.1912	91929	96.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7949	0	104	523	8576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0126	8347
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2293	11350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0668	1222
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	1456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.8616	3181

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.3389	130	0.2912	5725	X-RAY DIFFRACTION	86.69
1.97-2	0.2946	139	0.2705	6129	X-RAY DIFFRACTION	94.1
2-2.02	0.3056	144	0.2641	6358	X-RAY DIFFRACTION	95.37
2.02-2.05	0.3122	136	0.2546	6176	X-RAY DIFFRACTION	95.41
2.05-2.08	0.2801	140	0.2547	6218	X-RAY DIFFRACTION	94.64
2.08-2.12	0.2573	134	0.251	6226	X-RAY DIFFRACTION	93.58
2.12-2.15	0.2518	138	0.2429	6235	X-RAY DIFFRACTION	96.82
2.15-2.19	0.2764	140	0.2251	6315	X-RAY DIFFRACTION	96.85
2.19-2.23	0.2589	141	0.2212	6429	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.23-2.27	0.2277	141	0.2197	6322	X-RAY DIFFRACTION	96.39
2.27-2.32	0.2388	139	0.2154	6257	X-RAY DIFFRACTION	96.57
2.32-2.37	0.2418	142	0.2038	6236	X-RAY DIFFRACTION	95.69
2.37-2.42	0.2776	144	0.2073	6378	X-RAY DIFFRACTION	96.21
2.42-2.48	0.2528	140	0.2087	6341	X-RAY DIFFRACTION	96.66
2.48-2.55	0.2236	137	0.2027	6244	X-RAY DIFFRACTION	95.38
2.55-2.63	0.243	143	0.2003	6376	X-RAY DIFFRACTION	96.71
2.63-2.71	0.2167	144	0.2009	6427	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.71-2.81	0.2343	143	0.1952	6419	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.81-2.92	0.2189	145	0.1888	6433	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.92-3.05	0.2323	143	0.1934	6381	X-RAY DIFFRACTION	97.14
3.05-3.21	0.193	143	0.1928	6412	X-RAY DIFFRACTION	98.26
3.21-3.41	0.2109	142	0.185	6342	X-RAY DIFFRACTION	96.69
3.41-3.68	0.2026	144	0.1764	6533	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.68-4.05	0.2201	142	0.161	6500	X-RAY DIFFRACTION	98.66
4.05-4.63	0.1814	143	0.1531	6370	X-RAY DIFFRACTION	97.93
4.63-5.83	0.1647	140	0.1689	6414	X-RAY DIFFRACTION	97.89
5.84-40.32	0.1858	145	0.1711	6468	X-RAY DIFFRACTION	98.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.194902322616	0.1793849207	0.313400380689	0.155485125498	0.320355349266	0.978587599462	0.135173044579	-0.118673116095	-0.125976988343	0.149103854305	0.0551143936115	0.0391796364944	0.18546288633	-0.0810248441583	0.128287291186	0.293708769305	-0.00161467135785	0.00600851130061	0.210430662145	0.0541715471036	0.249706352781	43.5788784477	-21.3750369695	52.7788286909
2	0.559724543647	-0.280593239073	0.588096635818	0.12279017109	-0.259854635912	0.514531593507	0.0294227770743	-0.0653430912341	-0.106258650549	0.0198784868491	0.0798355359731	0.10309498037	0.060071611828	-0.133366825904	0.00372395103683	0.143316481663	0.0062634731631	0.0225071241839	0.210229987567	0.00341965044461	0.218237498871	24.1448513037	-3.63376806939	11.8382709839
3	0.286560097483	-0.0704458906633	0.165992460614	0.297788447069	-0.082135590972	0.193271926537	0.0160657605409	-0.0219951920997	-0.0237326782437	0.200762748496	-0.0710527764413	-0.0333252172603	-0.0714290122646	0.139306192962	-2.61637424972E-8	0.252646602104	-0.0317676084255	-0.0103324086371	0.259639805115	0.0114265882121	0.204056053475	56.1915998484	1.4748111374	36.7763196578
4	0.623145565219	-0.287261713325	0.305078459178	0.729773453905	0.171845631534	0.316746717636	-0.135409381332	0.282453635821	0.347381541701	0.135711765686	0.0437496054371	-0.315798902034	-0.132423474317	0.39044956047	0.0387818416483	0.285260099036	-0.215865372715	-0.0901112155687	0.34521363692	0.130785117228	0.392786949796	63.3041922835	15.4386963078	31.163955944
5	0.382813278651	0.289665819056	0.219616243895	0.574104074589	-0.226884797053	0.51133085442	-0.152703110096	0.138402807693	0.19221816919	0.127053939964	-0.0383061694466	-0.049242304293	-0.170892866766	0.107522202568	-0.0062717655544	0.215936523103	-0.0237733403631	-0.00366418749765	0.189160962679	-0.00499937344319	0.18472942626	35.1358265345	23.4372198215	9.34314219724
6	0.100513968883	0.03432088039	0.0106497728453	0.143653604858	-0.0467808935276	0.123974520642	-0.0081250132248	0.040284522914	0.0462452591969	0.113007448847	-0.0572229600889	0.0654172243681	-0.0827300300494	-0.0664489972656	1.37321848879E-7	0.215056227998	-0.00387391950989	-0.00894940125638	0.176731855633	-0.0141123895034	0.212885382311	40.5698263915	9.07102450463	20.5470744698

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 296 )	A	A	-1 - 296	1 - 298
2	2	chain 'A' and (resid 297 through 554 )	A	A	297 - 554	299 - 556
3	3	chain 'B' and (resid 5 through 83 )	B	B	5 - 83	1 - 79
4	4	chain 'B' and (resid 84 through 238 )	B	B	84 - 238	80 - 225
5	5	chain 'B' and (resid 239 through 383 )	B	B	239 - 383	226 - 370
6	6	chain 'B' and (resid 384 through 428 )	B	B	384 - 428	371 - 415

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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