PDB-8dxb: HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 5-flu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dxb

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 5-fluoroindole-2-carboxylic acid at the NNRTI Adjacent site

要素

Reverse transcriptase/ribonuclease H
p51 RT

キーワード

TRANSFERASE / HIV-1 reverse transcriptase

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chopra, A. / Ruiz, F.X. / Bauman, J.D. / Arnold, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Halo Library, a Tool for Rapid Identification of Ligand Binding Sites on Proteins Using Crystallographic Fragment Screening.
著者: Chopra, A. / Bauman, J.D. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.

履歴

登録	2022年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dxb.cif.gz	474.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dxb.ent.gz	345 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dxb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dxb_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dxb_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8dxb_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	8dxb_validation.cif.gz	52.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dxb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dx2C 8dx3C 8dx8C 8dxeC 8dxgC 8dxhC 8dxiC 8dxjC 8dxkC 8dxlC 8dxmC 4g1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: p51 RT

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.618, 73.128, 109.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.623, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K174A, K175A, C282S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K174A, K175A, C282S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

-
非ポリマー , 6種, 207分子

#3: 化合物	ChemComp-FIC / 5-fluoroindole-2-carboxylic acid / 5-フルオロ-1H-インド-ル-2-カルボン酸分子量: 179.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₆FNO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFREL NKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF ...詳細: PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFREL NKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF QSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWT VQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYD PSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWET WWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQ PH範囲: 6.4-6.6

結晶

マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.06 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFREL NKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF ...
PH範囲: 6.4-6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 72883 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.063 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 277784

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	3.8	0.606	3565	0.731	0.356	0.704	1.065	97.7
2.14-2.18	3.9	0.506	3645	0.812	0.29	0.584	1.097	97.6
2.18-2.22	3.9	0.445	3556	0.825	0.256	0.515	1.101	97.7
2.22-2.26	3.9	0.389	3599	0.866	0.225	0.45	1.184	97.8
2.26-2.31	3.8	0.337	3585	0.888	0.197	0.391	1.117	97.9
2.31-2.37	3.7	0.276	3622	0.915	0.166	0.323	1.098	98.1
2.37-2.42	3.7	0.24	3638	0.935	0.143	0.28	1.054	98.1
2.42-2.49	3.9	0.201	3595	0.961	0.115	0.232	1.015	98.3
2.49-2.56	3.7	0.163	3601	0.969	0.097	0.19	1.03	98.2
2.56-2.65	3.8	0.138	3625	0.98	0.08	0.159	0.998	98.4
2.65-2.74	3.9	0.117	3664	0.984	0.067	0.136	0.976	98.5
2.74-2.85	3.9	0.094	3618	0.99	0.054	0.109	0.987	98.4
2.85-2.98	3.8	0.077	3649	0.992	0.045	0.09	1.023	98.6
2.98-3.14	3.7	0.066	3652	0.993	0.039	0.077	1.039	99
3.14-3.33	3.8	0.055	3671	0.995	0.032	0.064	1.007	98.9
3.33-3.59	3.9	0.048	3666	0.996	0.028	0.056	1.131	99.1
3.59-3.95	3.9	0.041	3682	0.997	0.024	0.047	1.027	99.2
3.95-4.52	3.7	0.039	3716	0.997	0.023	0.046	1.019	99.3
4.52-5.7	3.8	0.035	3733	0.998	0.02	0.041	1.132	99.6
5.7-50	3.7	0.035	3801	0.998	0.02	0.041	1.166	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	dev_3051	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 2.1→36.56 Å / SU ML: 0.2989 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.6265
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	3821	2.73 %
R_work	0.2129	136312	-
obs	0.2135	72874	96.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7949	0	103	191	8243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	8334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6194	11326
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0452	1222
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	1454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5977	3170

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.3652	133	0.3337	4665	X-RAY DIFFRACTION	89.62
2.12-2.15	0.3719	138	0.3116	5046	X-RAY DIFFRACTION	96.2
2.15-2.18	0.3121	138	0.2939	5025	X-RAY DIFFRACTION	95.84
2.18-2.21	0.3098	145	0.2926	4971	X-RAY DIFFRACTION	96.04
2.21-2.24	0.301	137	0.2955	5023	X-RAY DIFFRACTION	96.05
2.24-2.28	0.3195	143	0.2833	5098	X-RAY DIFFRACTION	96.08
2.28-2.32	0.2969	143	0.2802	4943	X-RAY DIFFRACTION	96.34
2.32-2.36	0.3274	139	0.268	5118	X-RAY DIFFRACTION	96
2.36-2.4	0.2614	137	0.2697	4957	X-RAY DIFFRACTION	95.36
2.4-2.45	0.2684	137	0.2629	5009	X-RAY DIFFRACTION	96.49
2.45-2.5	0.3102	143	0.2643	5021	X-RAY DIFFRACTION	96.31
2.5-2.55	0.3043	139	0.2685	5012	X-RAY DIFFRACTION	95.12
2.55-2.61	0.3227	142	0.2705	4987	X-RAY DIFFRACTION	95.42
2.61-2.67	0.338	138	0.2676	5056	X-RAY DIFFRACTION	96.74
2.67-2.75	0.2735	141	0.2587	5074	X-RAY DIFFRACTION	97.28
2.75-2.83	0.2723	142	0.2444	5083	X-RAY DIFFRACTION	97.08
2.83-2.92	0.2732	145	0.239	5129	X-RAY DIFFRACTION	97.56
2.92-3.02	0.2848	144	0.2476	5027	X-RAY DIFFRACTION	96.65
3.02-3.14	0.2477	144	0.2546	5074	X-RAY DIFFRACTION	97.3
3.14-3.29	0.2926	147	0.2307	5148	X-RAY DIFFRACTION	97.96
3.29-3.46	0.2115	143	0.2177	5069	X-RAY DIFFRACTION	96.59
3.46-3.68	0.2081	144	0.2083	5168	X-RAY DIFFRACTION	98.68
3.68-3.96	0.2187	142	0.1894	5094	X-RAY DIFFRACTION	98.37
3.96-4.36	0.1782	147	0.1724	5132	X-RAY DIFFRACTION	97.7
4.36-4.99	0.1714	145	0.1717	5133	X-RAY DIFFRACTION	98.36
4.99-6.28	0.2797	141	0.1893	5121	X-RAY DIFFRACTION	97.73
6.28-36.56	0.1743	144	0.1713	5129	X-RAY DIFFRACTION	97.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.599063266126	-0.369869887354	0.022796460957	0.213298622854	0.508255212979	0.672702898425	0.244665273442	-0.136636766221	-0.19203406895	0.423239893246	-0.0739732849322	0.0310778362983	0.0569450266412	0.176446147267	0.00177181921593	0.725714760872	0.00481156067947	0.0924604581595	0.557444552992	0.0201747833715	0.436458555323	46.465585716	-15.7284403692	70.2917751231
2	-0.0541181599229	0.366731184149	0.423237570793	0.062279472688	0.0661562756804	0.4750855406	0.307746591988	0.00147090240186	-0.0418031719146	0.197227953154	0.0616713167387	-0.0984562436891	0.180642658571	-0.35462760192	0.0380415695813	0.639970143258	-0.00184311548775	-0.0214057233161	0.447672738691	0.0644853857141	0.412079426319	41.4287991412	-19.5700918108	54.4337466477
3	0.185079127312	-0.211917906922	0.156380232901	0.0694480929045	0.169033080735	0.240406426937	0.121755848394	-0.350657601992	-0.00235204878708	0.304880943725	0.194467567481	0.129953081994	0.299959850323	0.112444959285	0.0067861472662	0.711219332811	-0.0532406873421	0.0677567766836	0.548079709136	0.0477698870602	0.373894902424	47.8695854631	-17.464357867	66.5428922086
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13	0.767248254212	0.0604327169584	0.411900092267	0.913277186134	0.0122594537924	0.711098656386	-0.0688089600329	0.102115091862	0.0962877184604	0.17579057118	-0.132965312804	0.10034373536	-0.162185950614	0.0326386625343	4.62961266899E-8	0.4219758497	-0.0531633991184	0.00780651661428	0.323485612527	-0.00175200942975	0.356107410823	43.1116879142	10.3761704566	19.9732533478

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 59 )	A	A	-1 - 59	1 - 61
2	2	chain 'A' and (resid 60 through 104 )	A	A	60 - 104	62 - 106
3	3	chain 'A' and (resid 105 through 155 )	A	A	105 - 155	107 - 157
4	4	chain 'A' and (resid 156 through 253 )	A	A	156 - 253	158 - 255
5	5	chain 'A' and (resid 254 through 383 )	A	A	254 - 383	256 - 385
6	6	chain 'A' and (resid 384 through 499 )	A	A	384 - 499	386 - 501
7	7	chain 'A' and (resid 500 through 554 )	A	A	500 - 554	502 - 556
8	8	chain 'B' and (resid 5 through 83 )	B	D	5 - 83	1 - 79
9	9	chain 'B' and (resid 84 through 104 )	B	D	84 - 104	80 - 100
10	10	chain 'B' and (resid 105 through 174 )	B	D	105 - 174	101 - 170
11	11	chain 'B' and (resid 175 through 238 )	B	D	175 - 238	171 - 225
12	12	chain 'B' and (resid 239 through 363 )	B	D	239 - 363	226 - 350
13	13	chain 'B' and (resid 364 through 428 )	B	D	364 - 428	351 - 415

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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