PDB-8dx2: HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 4-ami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dx2

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 4-amino-3-bromopyridine at multiple sites

要素

Reverse transcriptase/ribonuclease H
p51 RT

キーワード

TRANSFERASE / HIV-1 reverse transcriptase

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Chopra, A. / Ruiz, F.X. / Bauman, J.D. / Arnold, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Halo Library, a Tool for Rapid Identification of Ligand Binding Sites on Proteins Using Crystallographic Fragment Screening.
著者: Chopra, A. / Bauman, J.D. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.

履歴

登録	2022年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dx2.cif.gz	478 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dx2.ent.gz	345.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dx2_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dx2_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8dx2_validation.xml.gz	41.8 KB	表示
CIF形式データ	8dx2_validation.cif.gz	59.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dx2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dx3C 8dx8C 8dxbC 8dxeC 8dxgC 8dxhC 8dxiC 8dxjC 8dxkC 8dxlC 8dxmC 4g1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: p51 RT

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.918, 73.261, 109.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.379, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

-
非ポリマー , 7種, 384分子

#3: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-V06 / 3-bromopyridin-4-amine / 3-ブロモピリジン-4-アミン分子量: 173.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅BrN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP PH範囲: 6.4-6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 85019 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 37.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 1.08 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	2.9	0.578	3981	0.548	0.399	0.707	0.972	93.2
2.03-2.07	3.1	0.473	4198	0.666	0.323	0.576	1.034	98
2.07-2.11	2.9	0.368	4118	0.751	0.257	0.452	1.033	97.6
2.11-2.15	3.1	0.327	4206	0.807	0.222	0.397	1.113	98.2
2.15-2.2	3.1	0.291	4205	0.85	0.196	0.353	1.143	98.8
2.2-2.25	3.1	0.246	4161	0.872	0.167	0.299	1.175	98.5
2.25-2.31	3.1	0.215	4223	0.844	0.147	0.262	1.104	98.4
2.31-2.37	2.9	0.191	4171	0.921	0.134	0.235	1.151	98.2
2.37-2.44	3	0.17	4222	0.93	0.117	0.207	1.188	98.2
2.44-2.52	3.1	0.146	4149	0.942	0.1	0.178	1.137	97.9
2.52-2.61	3	0.126	4209	0.958	0.087	0.154	1.1	98
2.61-2.71	3.2	0.117	4182	0.962	0.078	0.142	1.053	98.2
2.71-2.84	3.1	0.106	4214	0.964	0.072	0.129	1.04	98.6
2.84-2.99	3.1	0.091	4231	0.973	0.062	0.111	1.081	98.6
2.99-3.17	3	0.084	4252	0.974	0.057	0.103	1.105	98.4
3.17-3.42	3	0.071	4200	0.98	0.048	0.087	0.985	98.4
3.42-3.76	3.2	0.065	4245	0.981	0.044	0.079	1.036	98.8
3.76-4.31	3.1	0.061	4249	0.982	0.041	0.074	1.006	98.3
4.31-5.43	3.1	0.056	4254	0.984	0.039	0.069	1.104	98.2
5.43-50	3.1	0.054	4349	0.987	0.036	0.065	1.04	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3051	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 2→38.05 Å / SU ML: 0.223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8229 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2434	3240	2.86 %
R_work	0.1883	110168	-
obs	0.1898	69545	67.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7945	0	117	365	8427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0091	8365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9899	11379
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0585	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.6765	3155

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3212	129	0.2603	4426	X-RAY DIFFRACTION	62.04
2.03-2.06	0.318	138	0.247	4859	X-RAY DIFFRACTION	69.34
2.06-2.09	0.2727	135	0.2337	4818	X-RAY DIFFRACTION	67.9
2.09-2.13	0.2652	148	0.23	4876	X-RAY DIFFRACTION	69.11
2.13-2.17	0.2615	150	0.2169	4973	X-RAY DIFFRACTION	69.81
2.17-2.21	0.2486	158	0.2175	4878	X-RAY DIFFRACTION	69.5
2.21-2.25	0.2839	141	0.2075	4871	X-RAY DIFFRACTION	69.17
2.25-2.3	0.2521	146	0.2162	4843	X-RAY DIFFRACTION	68.07
2.3-2.36	0.2456	135	0.2029	4797	X-RAY DIFFRACTION	67.5
2.36-2.42	0.2199	141	0.2059	4743	X-RAY DIFFRACTION	67.76
2.42-2.48	0.2759	146	0.2086	4924	X-RAY DIFFRACTION	68.75
2.48-2.55	0.2569	138	0.2065	4679	X-RAY DIFFRACTION	67.16
2.55-2.64	0.2619	148	0.2063	4782	X-RAY DIFFRACTION	67.09
2.64-2.73	0.314	139	0.2113	4834	X-RAY DIFFRACTION	68.36
2.73-2.84	0.2978	134	0.2129	4816	X-RAY DIFFRACTION	68.26
2.84-2.97	0.259	136	0.2076	4836	X-RAY DIFFRACTION	68.34
2.97-3.13	0.2989	131	0.2187	4757	X-RAY DIFFRACTION	66.99
3.13-3.32	0.3091	143	0.2034	4793	X-RAY DIFFRACTION	67.37
3.32-3.58	0.2487	136	0.1944	4782	X-RAY DIFFRACTION	67.94
3.58-3.94	0.2185	148	0.1667	4769	X-RAY DIFFRACTION	67.87
3.94-4.51	0.1834	144	0.1507	4735	X-RAY DIFFRACTION	66.8
4.51-5.67	0.1893	137	0.1521	4716	X-RAY DIFFRACTION	66.53
5.67-38.05	0.2358	139	0.1724	4661	X-RAY DIFFRACTION	65.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.339294211457	0.301800723748	-0.0715992098474	0.127525585535	0.262903567397	0.208601766675	0.189835192998	-0.235184000131	-0.0448318035488	0.360605969312	-0.0871147090066	0.0861487976932	0.0902133928935	0.109039959088	0.0649656202724	0.598238608952	0.00817624281069	0.158224759026	0.381027224598	0.0312245306531	0.331494363868	46.7116479333	-15.5997092669	70.3827073597
2	-0.00759372534961	-0.0406555567817	0.268155052599	0.0196653635505	0.030575444522	0.171687195166	0.122568288949	0.0400750105762	-0.0267823712664	-0.0314735591506	0.0138142023865	0.104756193745	-0.0300325387329	-0.177757847137	0.00595704729676	0.493349274201	-0.0100643004682	0.0844788976074	0.334628554387	0.0548775537154	0.301203299806	39.8516195286	-17.4892834263	58.9004377825
3	0.173387269037	0.00689857960192	0.212580456405	-0.079558986987	0.0224302957948	0.215232840429	0.148372857441	-0.0915372462096	-0.11943320797	0.0594689992571	0.0764222809966	0.0810161824155	-0.00480642983955	0.0304108994489	0.103638894558	0.380471317817	0.0205695484643	0.0219806312749	0.291418117527	0.0323283063158	0.24316131109	51.9453365853	-20.320108629	54.7310679463
4	0.457534132372	0.473071288162	-0.0283607279843	0.430397210769	0.127305896357	0.598585116929	0.416190350148	-0.233868367956	-0.326861095148	0.314973938589	0.0587420917804	0.103785502579	0.227977130102	-0.333599319255	0.290575923811	0.355741023287	-0.0381168030628	0.00512544575419	0.298704205631	0.148860265282	0.416387240632	36.7845514625	-26.919749261	38.3800240748
5	0.0692012585887	-0.278548882179	0.301248404601	0.838655625531	-0.1814682301	0.364897042446	0.11224986891	-0.0169537647597	-0.187579700861	-0.0151454155399	0.0583178806837	0.235307654746	0.0420339953684	-0.160889332532	0.000310913406808	0.217112468012	0.00183364174551	-0.0276061204186	0.256709860914	-0.010612395089	0.33200851971	35.0877682868	-15.5942848914	17.4668678394
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11	0.400786826252	-0.0841776158278	-0.00459649456321	0.559055740343	0.129551656382	0.360697911569	-0.0230559474559	0.286256494099	0.0612420676124	0.076583169106	-0.191051597455	0.0406236050712	-0.129237619624	0.0510086794316	-0.00102099034942	0.293438810646	-0.0286516488039	-0.00807605596182	0.265528097887	0.0146320107307	0.279284668705	43.0943557914	10.635800386	19.9547675367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 194 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 195 through 296 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 297 through 421 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 422 through 527 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 528 through 554 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 238 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 239 through 363 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 364 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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