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- PDB-8dww: Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab 506.A08 (asymmet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dww
タイトルChikungunya VLP in complex with neutralizing Fab 506.A08 (asymmetric unit)
要素
  • 506.A08 heavy chain
  • 506.A08 light chain
  • Capsid protein
  • E1 glycoprotein
  • E2 glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, A domain / Immunoglobulin-like - #350 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, A domain / Immunoglobulin-like - #350 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Adams, L.J. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00062 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: A chikungunya virus-like particle vaccine induces broadly neutralizing and protective antibodies against alphaviruses in humans.
著者: Saravanan Raju / Lucas J Adams / James T Earnest / Kelly Warfield / Lo Vang / James E Crowe / Daved H Fremont / Michael S Diamond /
要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes epidemics of acute and chronic musculoskeletal disease. Here, we analyzed the human B cell response to a CHIKV-like particle- ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes epidemics of acute and chronic musculoskeletal disease. Here, we analyzed the human B cell response to a CHIKV-like particle-adjuvanted vaccine (PXVX0317) from samples obtained from a phase 2 clinical trial in humans (NCT03483961). Immunization with PXVX0317 induced high levels of neutralizing antibody in serum against CHIKV and circulating antigen-specific B cells up to 6 months after immunization. Monoclonal antibodies (mAbs) generated from peripheral blood B cells of three PXVX0317-vaccinated individuals on day 57 after immunization potently neutralized CHIKV infection, and a subset of these inhibited multiple related arthritogenic alphaviruses. Epitope mapping and cryo-electron microscopy defined two broadly neutralizing mAbs that uniquely bind to the apex of the B domain of the E2 glycoprotein. These results demonstrate the inhibitory breadth and activity of the human B cell response induced by the PXVX0317 vaccine against CHIKV and potentially other related alphaviruses.
履歴
登録2022年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月31日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年5月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: E1 glycoprotein
H: 506.A08 heavy chain
L: 506.A08 light chain
N: E2 glycoprotein
R: Capsid protein
A: E1 glycoprotein
V: 506.A08 heavy chain
U: 506.A08 light chain
M: E2 glycoprotein
Q: Capsid protein
C: E1 glycoprotein
X: 506.A08 heavy chain
W: 506.A08 light chain
O: E2 glycoprotein
S: Capsid protein
D: E1 glycoprotein
Z: 506.A08 heavy chain
Y: 506.A08 light chain
P: E2 glycoprotein
T: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)543,09732
ポリマ－540,44220
非ポリマー2,65412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 12分子 BACDNMOPRQST

#1: タンパク質
E1 glycoprotein


分子量: 47346.715 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 810-1248 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
株: 37997 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3
#4: タンパク質
E2 glycoprotein


分子量: 46858.312 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 330-748 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
株: 37997 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3
#5: タンパク質
Capsid protein


分子量: 16458.701 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 111-261 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
株: 37997 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3

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抗体 , 2種, 8分子 HVXZLUWY

#2: 抗体
506.A08 heavy chain


分子量: 12963.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
506.A08 light chain


分子量: 11483.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 1種, 12分子

#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab 506.A08 (asymmetric unit)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 38.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 704941 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00438844
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67552900
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9375384
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0475960
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0056804

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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