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- PDB-8dw1: Crystal structure of a host-guest complex with 5'-CTTAGTTATAACTAAG-3' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dw1
タイトルCrystal structure of a host-guest complex with 5'-CTTAGTTATAACTAAG-3'
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*CP*TP*AP*AP*G)-3')
  • reverse transcriptase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Host-guest complex DNA structure B-form DNA Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell late endosome membrane / virion assembly / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / structural constituent of virion ...host cell late endosome membrane / virion assembly / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / : / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 ...Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / : / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.849 Å
データ登録者Georgiadis, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Cancer Society 米国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Two distinct rotations of bithiazole DNA intercalation revealed by direct comparison of crystal structures of Co(III)•bleomycin A 2 and B 2 bound to duplex 5'-TAGTT sites.
著者: Goodwin, K.D. / Lewis, M.A. / Long, E.C. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2022年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: reverse transcriptase
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*CP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8753
ポリマ－34,8753
非ポリマー00
水3,765209
1
A: reverse transcriptase
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*CP*TP*AP*AP*G)-3')

A: reverse transcriptase
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*CP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7506
ポリマ－69,7506
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.126, 145.786, 46.872
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 reverse transcriptase


分子量: 30023.531 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal fragment (UNP residues 683-937) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
遺伝子: gag-pro-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8UN00
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*A)-3')


分子量: 2416.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*CP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量: 2434.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5 mM magnesium acetate, 50 mM ADA, pH 6.5, 9% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.849→50 Å / Num. obs: 32812 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 22.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.923.10.47229361.031190.5
1.92-1.994.20.33932081.037198.7
1.99-2.0850.25832691.096199.9
2.08-2.195.40.18932921.074199.9
2.19-2.335.50.14632881.073199.7
2.33-2.515.50.09732921.051199.9
2.51-2.765.50.06833150.9561100
2.76-3.165.40.04633261.0721100
3.16-3.995.30.03733751.054199.9
3.99-505.10.02235111.155198.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZTW

1ztw


解像度: 1.849→43.968 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 23.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 1603 5.09 %
Rwork0.1997 29913 -
obs0.2017 31516 94.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.478 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.07 Å2 / Biso mean: 35.01 Å2 / Biso min: 6.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2401 Å20 Å2-0 Å2
2--1.4009 Å2-0 Å2
3----3.641 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.849→43.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 325 0 211 2481
Biso mean---32.45 -
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1013324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.005915
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.849-1.90840.3521000.2803214976
1.9084-1.97660.31981330.2491250289
1.9766-2.05570.28111630.2208262494
2.0557-2.14930.25341380.2105273097
2.1493-2.26260.23691280.199277097
2.2626-2.40430.22771500.2027273297
2.4043-2.590.26351560.2012280098
2.59-2.85050.25131560.2048281899
2.8505-3.26290.2121580.1993286499
3.2629-4.11050.23321640.17942892100
4.1105-43.9680.19841570.173303298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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