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- PDB-8dvq: CA domain of VanSA histidine kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dvq
タイトルCA domain of VanSA histidine kinase
要素Sensor protein VanS
キーワードSIGNALING PROTEIN / ATP-binding / histidine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cell wall organization / response to antibiotic / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Sensor protein VanS
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Loll, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI148679 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure of VanS from vancomycin-resistant enterococci: A sensor kinase with weak ATP binding.
著者: Grasty, K.C. / Guzik, C. / D'Lauro, E.J. / Padrick, S.B. / Beld, J. / Loll, P.J.
履歴
登録2022年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein VanS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4803
ポリマ－18,2561
非ポリマー2252
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.830, 94.400, 29.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein VanS / Vancomycin histidine protein kinase / Vancomycin resistance protein VanS


分子量: 18255.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus (バクテリア) / 遺伝子: vanS / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06240, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.2
詳細: Protein and precipitant were mixed in a volume ratio of 1:2 and incubated under Als Oil at 291K; the precipitant solution was obtained from the Berkeley Screen and contained 75 mM Bis-Tris ...詳細: Protein and precipitant were mixed in a volume ratio of 1:2 and incubated under Als Oil at 291K; the precipitant solution was obtained from the Berkeley Screen and contained 75 mM Bis-Tris Propane, 25 mM citric acid, pH 8.2, 20 mM CdCl2, and 25 (w-v) PEG 400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92009 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→28.7 Å / Num. obs: 10676 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.55 % / Biso Wilson estimate: 43.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.19→2.27 Å / Num. unique obs: 1031 / CC1/2: 0.849 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.19→28.69 Å / SU ML: 0.1943 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.4862 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 533 5.02 %
Rwork0.1897 10088 -
obs0.192 10621 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→28.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1015 0 2 45 1062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01141033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26131400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.7566619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.410.29161300.23952450X-RAY DIFFRACTION99.04
2.41-2.760.29741330.20572481X-RAY DIFFRACTION99.77
2.76-3.480.251330.21972502X-RAY DIFFRACTION99.55
3.48-28.690.21221370.16712655X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.83124152728-0.374872421975-2.17112189312.471500532210.4904284635744.66301367010.0657759289103-0.084039209912-0.155006149106-0.04223041629710.08645781531090.06960610348290.097820319406-0.0142221317141-0.1051029545340.2715414821070.00323465745488-0.04721142304710.450490206737-0.0148034339680.27324043270840.68615.13812.781
24.33811096664E-1102.2299911772E-133.75814505167E-1203.84115306345E-113596.37996069-152660.128719-1399242.78689-8.3018064856E-8-4.97755578484E-7-60608.838681117733.04478-35129.2758823-3596.379960190.525155533325-0.0829376151293-0.01021163275930.9827494926330.1229603759110.56599637925257.86524.6168.917
39.16732247575E-11-6.47466404143E-12-6.47466404073E-127.74874509637E-117.12088632253E-117.12088632253E-11104419.0320071920241.006521036647.35999-1733725.30126-146335.46053541916.4285225-1531211.61103-146335.46052341916.42852750.7001333783080.0930235634667-0.05188703866340.792400289519-0.02281897180150.49320841248746.8820.16526.074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 9:157 )A9 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 201:201 )A201
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 202:202 )A202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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