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- PDB-8dvg: Structure of KRAS WT(7-16)-HLA-A*03:01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dvg
タイトルStructure of KRAS WT(7-16)-HLA-A*03:01
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain
  • VAL-VAL-VAL-GLY-ALA-GLY-GLY-VAL-GLY-LYS
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunotherapy / MHC-I / HLA-A3 / KRAS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.594 Å
データ登録者Wright, K.M. / Miller, M. / Gabelli, S.B.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA006973 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5T32 CA009071-38 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32 GM73009 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM111244 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Hydrophobic interactions dominate the recognition of a KRAS G12V neoantigen.
著者: Katharine M Wright / Sarah R DiNapoli / Michelle S Miller / P Aitana Azurmendi / Xiaowei Zhao / Zhiheng Yu / Mayukh Chakrabarti / WuXian Shi / Jacqueline Douglass / Michael S Hwang / Emily ...著者: Katharine M Wright / Sarah R DiNapoli / Michelle S Miller / P Aitana Azurmendi / Xiaowei Zhao / Zhiheng Yu / Mayukh Chakrabarti / WuXian Shi / Jacqueline Douglass / Michael S Hwang / Emily Han-Chung Hsiue / Brian J Mog / Alexander H Pearlman / Suman Paul / Maximilian F Konig / Drew M Pardoll / Chetan Bettegowda / Nickolas Papadopoulos / Kenneth W Kinzler / Bert Vogelstein / Shibin Zhou / Sandra B Gabelli /
要旨: Specificity remains a major challenge to current therapeutic strategies for cancer. Mutation associated neoantigens (MANAs) are products of genetic alterations, making them highly specific ...Specificity remains a major challenge to current therapeutic strategies for cancer. Mutation associated neoantigens (MANAs) are products of genetic alterations, making them highly specific therapeutic targets. MANAs are HLA-presented (pHLA) peptides derived from intracellular mutant proteins that are otherwise inaccessible to antibody-based therapeutics. Here, we describe the cryo-EM structure of an antibody-MANA pHLA complex. Specifically, we determine a TCR mimic (TCRm) antibody bound to its MANA target, the KRAS peptide presented by HLA-A*03:01. Hydrophobic residues appear to account for the specificity of the mutant G12V residue. We also determine the structure of the wild-type G12 peptide bound to HLA-A*03:01, using X-ray crystallography. Based on these structures, we perform screens to validate the key residues required for peptide specificity. These experiments led us to a model for discrimination between the mutant and the wild-type peptides presented on HLA-A*03:01 based exclusively on hydrophobic interactions.
履歴
登録2022年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: VAL-VAL-VAL-GLY-ALA-GLY-GLY-VAL-GLY-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,52017
ポリマ－49,1653
非ポリマー1,35514
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.893, 152.893, 85.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain / MHC class I antigen A*3


分子量: 34589.211 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04439
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 13732.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド VAL-VAL-VAL-GLY-ALA-GLY-GLY-VAL-GLY-LYS


分子量: 843.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 125分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium sulfate 0.1M sodium cacodylate pH 6.5 30 % w/v PEG 8,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→19.65 Å / Num. obs: 18625 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rrim(I) all: 0.252 / Net I/σ(I): 8.97
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.6-2.661.18613300.7571.251
2.66-2.741.11413290.7711.1721
2.74-2.820.91712730.7980.9671
2.82-2.90.76212380.8630.8011
2.9-30.63212140.8940.6661
3-3.10.49611700.9390.521
3.1-3.220.41311340.9530.4331
3.22-3.350.31711030.9740.3321
3.35-3.50.27810520.980.2921
3.5-3.670.22710060.9860.2381
3.67-3.870.1839670.9910.1921
3.87-4.110.1579160.9930.1661
4.11-4.390.138660.9950.1371
4.39-4.740.1168140.9950.1221
4.74-5.190.1137470.9960.1191
5.19-5.810.1276820.9950.1331
5.81-6.710.1426200.9950.1491
6.71-8.210.0995290.9980.1051
8.21-11.620.0714290.9980.0751
11.62-19.650.0712060.9980.0751

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.392
最高解像度最低解像度
Rotation19.65 Å3.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6O9B

6o9b


解像度: 2.594→19.648 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2276 906 4.86 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.1931 18625 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.594→19.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3153 0 72 111 3336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5174470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6491915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.594-2.75560.2851520.25012857X-RAY DIFFRACTION99
2.7556-2.96770.29941500.24522901X-RAY DIFFRACTION100
2.9677-3.26520.2581440.21582910X-RAY DIFFRACTION100
3.2652-3.73480.25661350.18562958X-RAY DIFFRACTION100
3.7348-4.69490.16061600.14912959X-RAY DIFFRACTION100
4.6949-19.6480.22391650.18733134X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1080.03890.67441.26380.3911.9341-0.02580.0022-0.00840.02670.0760.03780.09350.0724-0.03650.27880.00690.00490.21660.00620.259965.01596.339224.4195
23.6575-1.18620.9061.9906-0.08311.1028-0.03670.10920.6890.4666-0.0353-0.6523-0.4566-0.3047-0.0260.35870.06420.00340.38050.03840.219459.963716.736541.6383
34.4078-1.36030.832.5078-0.94452.20640.0732-0.2772-0.5718-0.0670.12160.49540.215-0.514-0.09050.41960.0444-0.00340.3644-0.00040.555136.833128.968324.3195
42.55951.0544-0.15126.36094.05287.0949-0.07460.1907-0.417-0.17850.10910.39540.460.2537-0.0140.40930.0612-0.0510.3383-0.01620.389553.614321.395511.727
51.30532.459-0.71635.3467-2.33981.76390.3265-0.34620.60761.0044-0.2628-0.1259-0.86560.0414-0.19010.65870.1255-0.0050.3942-0.060.475853.253342.325826.3923
61.00440.44210.83885.84831.26711.7954-0.1324-0.0233-0.0341-0.59890.0077-0.3153-0.40010.27280.09010.4215-0.0352-0.01020.30990.03990.356159.287928.279814.7144
71.8156-0.1467-0.5927.0952-2.3571.0017-0.39630.7437-0.14930.1388-0.198-1.118-0.63060.71770.34030.6538-0.1458-0.00950.40590.05350.620166.084136.502613.765
80.4092-0.6285-0.54556.22030.55061.30790.0884-0.12990.16670.2591-0.20640.4504-0.0720.15140.21870.30180.0091-0.05290.30990.02930.448159.209323.048419.8327
93.36840.83690.2241.8362-3.43537.508-0.50680.73070.8801-0.56820.04710.7466-0.8169-0.82410.43960.8192-0.0811-0.22850.64550.09360.94954.309847.552415.4526
101.3163-0.1859-0.1664.87910.87131.4065-0.01650.0757-0.0803-0.10380.0544-0.2077-0.44170.52810.01420.5821-0.02060.01690.31140.03060.369357.641428.2245.6651
114.82182.2291-0.92176.81753.62248.7417-0.3262-0.17150.7884-0.03980.53930.6337-0.087-1.4062-0.35030.58620.1507-0.08050.50910.17170.543749.723936.658313.4089
122.93210.21752.23285.71582.66186.0292-0.12750.6181-0.05520.22130.61780.07890.66090.2036-0.2970.1633-0.00380.00310.3250.00490.242869.64970.765126.6468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 162 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 163 through 185 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 277 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 19 through 31 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 32 through 39 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 40 through 61 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 62 through 71 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 72 through 91 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 92 through 97 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 98 through 110 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 111 through 119 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 10 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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