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- PDB-8du5: Murine sialidase-1 (NEU1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8du5
タイトルMurine sialidase-1 (NEU1)
要素Sialidase-1
キーワードHYDROLASE / sialic acid / sialidase / glycosidase / lysosome
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myoblast proliferation / Sialic acid metabolism / : / : / : / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity ...regulation of myoblast proliferation / Sialic acid metabolism / : / : / : / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / Neutrophil degranulation / lysosomal lumen / positive regulation of neuron projection development / cell junction / cytoplasmic vesicle / lysosome / lysosomal membrane / cell surface / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-173264 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MFE-164773 カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure of the immunoregulatory sialidase NEU1.
著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Mazhab-Jafari, M.T. / Nagar, B.
履歴
登録2022年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase-1
B: Sialidase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7348
ポリマ－83,1652
非ポリマー2,5696
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimer at low concentration, multimer at high concentration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area29670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.346, 221.346, 131.748
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 44 through 424)
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASPASPLEULEUAA44 - 40913 - 378
d_12NAGNAGNAGNAGCC1
d_13NAGNAGNAGNAGCC1
d_14NAGNAGNAGNAGDD1
d_15BMABMABMABMACC3
d_16NAGNAGNAGNAGAF501
d_21ASPASPLEULEUBB44 - 40913 - 378
d_22NAGNAGNAGNAGEE1
d_23NAGNAGNAGNAGEE1
d_24NAGNAGNAGNAGBG501
d_25BMABMABMABMAEE3
d_26NAGNAGNAGNAGBH502

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.675802317767, 0.736026649554, 0.0394461461725), (0.732139552836, 0.664120317925, 0.151379914428), (0.0852226640893, 0.131182980854, -0.987688272209)ベクター: 130. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.675802317767, 0.736026649554, 0.0394461461725), (0.732139552836, 0.664120317925, 0.151379914428), (0.0852226640893, 0.131182980854, -0.987688272209)
ベクター: 130.777797528, -57.0787896259, -7.00340161376)

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要素

#1: タンパク質 Sialidase-1 / G9 sialidase / Lysosomal sialidase / N-acetyl-alpha-neuraminidase 1


分子量: 41582.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Neu1, Neu
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O35657, exo-alpha-sialidase
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: precipitant: sodium acetate; buffer: bis-tris-HCl pH6; cryoprotectant: sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 38652 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 75.63 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 3888 / CC1/2: 0.446 / CC star: 0.786 / Rpim(I) all: 0.854 / Rrim(I) all: 1.808 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SNT

1snt


解像度: 3.5→43.41 Å / SU ML: 0.3227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.7842
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 2022 6.66 %
Rwork0.1746 28328 -
obs0.1762 30350 75.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→43.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5642 0 169 0 5811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6038100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.58882181
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.885008001901 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.590.2808590.2753820X-RAY DIFFRACTION30.64
3.59-3.680.3435770.26111060X-RAY DIFFRACTION39.51
3.68-3.790.30261000.25411350X-RAY DIFFRACTION51.16
3.79-3.910.30781130.24911579X-RAY DIFFRACTION59.72
3.92-4.060.25681290.2181791X-RAY DIFFRACTION66.76
4.06-4.220.24141460.1922008X-RAY DIFFRACTION76.09
4.22-4.410.18311580.16272197X-RAY DIFFRACTION82.06
4.41-4.640.17421610.14982305X-RAY DIFFRACTION86.47
4.64-4.930.14971710.14242408X-RAY DIFFRACTION90.14
4.93-5.310.15441800.14382493X-RAY DIFFRACTION92.43
5.31-5.840.21051810.16882594X-RAY DIFFRACTION96.15
5.85-6.690.18581810.17342543X-RAY DIFFRACTION95.44
6.69-8.420.19241810.17442601X-RAY DIFFRACTION95.9
8.42-43.410.17431850.15812579X-RAY DIFFRACTION93.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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