+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dto | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Vaccine elicited Antibody MU89 bound to CH848.D949.10.17_N133D_N138T.DS.SOSIP.664 HIV-1 Env trimer | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 envelope / vaccine-induced antibody / broadly neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | ||||||
![]() | Stalls, V. / Acharya, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mutation-guided vaccine design: A process for developing boosting immunogens for HIV broadly neutralizing antibody induction. 著者: Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Victoria Stalls / Derek W Cain / Sravani Venkatayogi / Joshua S Martin Beem / Madison Berry / Tyler Evangelous / Rory Henderson / Bhavna Hora / Shi-Mao Xia / ...著者: Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Victoria Stalls / Derek W Cain / Sravani Venkatayogi / Joshua S Martin Beem / Madison Berry / Tyler Evangelous / Rory Henderson / Bhavna Hora / Shi-Mao Xia / Chuancang Jiang / Amanda Newman / Cindy Bowman / Xiaozhi Lu / Mary E Bryan / Joena Bal / Aja Sanzone / Haiyan Chen / Amanda Eaton / Mark A Tomai / Christopher B Fox / Ying K Tam / Christopher Barbosa / Mattia Bonsignori / Hiromi Muramatsu / S Munir Alam / David C Montefiori / Wilton B Williams / Norbert Pardi / Ming Tian / Drew Weissman / Frederick W Alt / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes / ![]() ![]() 要旨: A major goal of HIV-1 vaccine development is the induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Although success has been achieved in initiating bnAb B cell lineages, design of boosting ...A major goal of HIV-1 vaccine development is the induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Although success has been achieved in initiating bnAb B cell lineages, design of boosting immunogens that select for bnAb B cell receptors with improbable mutations required for bnAb affinity maturation remains difficult. Here, we demonstrate a process for designing boosting immunogens for a V3-glycan bnAb B cell lineage. The immunogens induced affinity-matured antibodies by selecting for functional improbable mutations in bnAb precursor knockin mice. Moreover, we show similar success in prime and boosting with nucleoside-modified mRNA-encoded HIV-1 envelope trimer immunogens, with improved selection by mRNA immunogens of improbable mutations required for bnAb binding to key envelope glycans. These results demonstrate the ability of both protein and mRNA prime-boost immunogens for selection of rare B cell lineage intermediates with neutralizing breadth after bnAb precursor expansion, a key proof of concept and milestone toward development of an HIV-1 vaccine. #1: ![]() タイトル: Mutation-Guided Vaccine Design: A Strategy for Developing Boosting Immunogens for HIV Broadly Neutralizing Antibody Induction 著者: Wiehe, K. / Saunders, K.O. / Stalls, V. / Cain, D. / Venkatayogi, S. / Martin Beem, J.S. / Berry, M. / Evangelous, T. / Henderson, R. / Hora, B. / Xia, S. / Jiang, C. / Newman, A. / Bowman, C. ...著者: Wiehe, K. / Saunders, K.O. / Stalls, V. / Cain, D. / Venkatayogi, S. / Martin Beem, J.S. / Berry, M. / Evangelous, T. / Henderson, R. / Hora, B. / Xia, S. / Jiang, C. / Newman, A. / Bowman, C. / Lu, X. / Bryan, M.E. / Bal, J. / Sanzone, A. / Chen, H. / Eaton, A. / Tomai, M.A. / Fox, C.B. / Tam, Y. / Barbosa, C. / Bonsignori, M. / Muramatsu, H. / Alam, S.M. / Montefiori, D. / Williams, W.B. / Pardi, N. / Tian, M. / Weissman, D. / Alt, F.W. / Acharya, P. / Haynes, B.F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 472.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 393.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 76.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 113.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 EAIFBJ
#1: タンパク質 | 分子量: 54136.465 Da / 分子数: 3 / 変異: N133D, N138T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664_N133D_N138T 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: Mammalia (両生類) #2: タンパク質 | 分子量: 17146.482 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664_N133D_N138T 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: Mammalia (両生類) |
---|
-抗体 , 2種, 6分子 GCKHDL
#3: 抗体 | 分子量: 14172.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 10989.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|
-糖 , 7種, 51分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #9: 多糖 | #10: 多糖 | #11: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: V3-glycan vaccine induced antibody MU89 in complex with CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664_N133D_N138T HIV Env trimer タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.36 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Mammalia (両生類) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 58.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 1787 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 990218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72478 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6UM6 Accession code: 6UM6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|