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- PDB-8dsj: Peptidylglycine alpha hydroxylating monooxygenase anaerobic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dsj
タイトルPeptidylglycine alpha hydroxylating monooxygenase anaerobic
要素Peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / copper / monooxygenase / peptidylglycine alpha hydroxylating
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylglycine monooxygenase / peptidylamidoglycolate lyase / peptide amidation / peptidylglycine monooxygenase activity / peptidylamidoglycolate lyase activity / fatty acid primary amide biosynthetic process / toxin metabolic process / ovulation cycle process / long-chain fatty acid metabolic process / peptide metabolic process ...peptidylglycine monooxygenase / peptidylamidoglycolate lyase / peptide amidation / peptidylglycine monooxygenase activity / peptidylamidoglycolate lyase activity / fatty acid primary amide biosynthetic process / toxin metabolic process / ovulation cycle process / long-chain fatty acid metabolic process / peptide metabolic process / mitotic chromosome condensation / response to pH / L-ascorbic acid binding / response to copper ion / limb development / response to zinc ion / transport vesicle membrane / maternal process involved in female pregnancy / condensed chromosome / response to glucocorticoid / lactation / secretory granule / regulation of actin cytoskeleton organization / trans-Golgi network / response to estradiol / heart development / perikaryon / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / chromatin binding / calcium ion binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidylglycine alpha-hydroxylating monooxygenase/peptidyl-hydroxyglycine alpha-amidating lyase / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-2 conserved site / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 2. / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-1 conserved site / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain superfamily / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal domain / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 1. ...Peptidylglycine alpha-hydroxylating monooxygenase/peptidyl-hydroxyglycine alpha-amidating lyase / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-2 conserved site / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 2. / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-1 conserved site / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain superfamily / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal domain / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 1. / PHM/PNGase F domain superfamily / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase-like, C-terminal / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / Six-bladed beta-propeller, TolB-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Arias, R.J. / Blackburn, N.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM136239 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: New structures reveal flexible dynamics between the subdomains of peptidylglycine monooxygenase. Implications for an open to closed mechanism.
著者: Arias, R.J. / Welch, E.F. / Blackburn, N.J.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase
K: Peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,99713
ポリマ－69,1552
非ポリマー84211
水00
1
A: Peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9526
ポリマ－34,5781
非ポリマー3755
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: Peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0457
ポリマ－34,5781
非ポリマー4676
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.140, 53.263, 86.424
Angle α, β, γ (deg.)84.850, 89.960, 78.500
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase / PAM


分子量: 34577.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pam
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P14925, peptidylglycine monooxygenase, peptidylamidoglycolate lyase
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.5 uL of WT PHM protein at 17 mg/mL in 20 mM sodium phosphate, pH 7.5 was added to 1.5 uL of mother liquor solution containing 16-18% PEG 20K, 20-250 mM sodium citrate, and 2 mM CuSO4. ...詳細: 1.5 uL of WT PHM protein at 17 mg/mL in 20 mM sodium phosphate, pH 7.5 was added to 1.5 uL of mother liquor solution containing 16-18% PEG 20K, 20-250 mM sodium citrate, and 2 mM CuSO4. Plates were sealed using transparent tape. Crystals were formed within one week, and these initial crystals were used to seed succeeding trays using the same crystal conditions. Seeding was performed using a Hampton Research seed bead and Hampton Research seeding tool. Initial crystals (5-7 crystals) were vortexed with seed beads for 30 seconds in 30 uL mother liquor, and streaked into a new drop using the seeding tool.
PH範囲: 4-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→37.4 Å / Num. obs: 57073 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.855 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2% possible allRmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) all
1.8-1.844.821180.32857.5
8-108.84850.98298.80.1620.0570.172

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1phm

1phm


解像度: 2.8→37.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 16.595 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 812 5 %RANDOM
Rwork0.1973 ---
obs0.2012 15515 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.81 Å2 / Biso mean: 36.841 Å2 / Biso min: 9.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0.09 Å20.01 Å2
2--0.04 Å2-0.05 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4796 0 36 0 4832
Biso mean--53.56 --
残基数----615
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0134977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.6516748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1581.57310488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4865611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.59521.51245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.64815771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7841530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025573
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021149
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 59 -
Rwork0.231 1125 -
all-1184 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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