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- PDB-8dsh: Human NAMPT in complex with quercitrin and AMPcP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dsh
タイトルHuman NAMPT in complex with quercitrin and AMPcP
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NAD biosynthesis enzyme:activator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression ...nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / nuclear speck / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Chem-QCT / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ratia, K. / Xiong, R. / Shen, Z. / Thatcher, G.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1AG067771 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Mechanism of Allosteric Modulation of Nicotinamide Phosphoribosyltransferase to Elevate Cellular NAD.
著者: Ratia, K.M. / Shen, Z. / Gordon-Blake, J. / Lee, H. / Laham, M.S. / Krider, I.S. / Christie, N. / Ackerman-Berrier, M. / Penton, C. / Knowles, N.G. / Musku, S.R. / Fu, J. / Velma, G.R. / ...著者: Ratia, K.M. / Shen, Z. / Gordon-Blake, J. / Lee, H. / Laham, M.S. / Krider, I.S. / Christie, N. / Ackerman-Berrier, M. / Penton, C. / Knowles, N.G. / Musku, S.R. / Fu, J. / Velma, G.R. / Xiong, R. / Thatcher, G.R.J.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0796
ポリマ－113,3322
非ポリマー1,7474
水9,980554
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area32670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.856, 107.270, 83.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin


分子量: 56666.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-A12 / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / α,β-メチレンADP


分子量: 425.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N5O9P2
#3: 化合物 ChemComp-QCT / 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-chromen-3-yl 6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside / quercitrin / クエルシトリン


分子量: 448.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M NaCl, 20% glycerol and 13-18% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→52.65 Å / Num. obs: 52654 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 159730 / Scaling rejects: 165
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.271.90.427806143370.7050.360.5621.792.8
9.07-52.653.30.03626577970.9970.0230.04215.698.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E5D

2e5d


解像度: 2.2→45.038 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2106 2554 4.86 %
Rwork0.1647 50017 -
obs0.1669 52571 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.31 Å2 / Biso mean: 28.2591 Å2 / Biso min: 10.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→45.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7524 0 158 554 8236
Biso mean--39.75 32.5 -
残基数----943
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.24230.29651310.2328261092
2.2423-2.28810.2651180.2196265693
2.2881-2.33780.27731290.215267793
2.3378-2.39220.2641390.2078264994
2.3922-2.4520.2551340.2008267593
2.452-2.51830.25151490.1924267295
2.5183-2.59240.24941490.1852268895
2.5924-2.67610.2381540.1801278798
2.6761-2.77170.24181500.1823281599
2.7717-2.88270.21821510.18292850100
2.8827-3.01390.2521610.18282827100
3.0139-3.17270.21891450.16852838100
3.1727-3.37140.23191560.16832868100
3.3714-3.63170.20921440.15252860100
3.6317-3.99690.19561580.13672840100
3.9969-4.57480.14291210.12392890100
4.5748-5.76190.15431190.1362908100
5.7619-45.0380.15891460.1562290799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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