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- PDB-8ds8: Crystal structure of human TNRC18 BAH domain in complex with H3K9... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ds8
タイトルCrystal structure of human TNRC18 BAH domain in complex with H3K9me3 peptide
要素
  • Histone H3.1
  • Trinucleotide repeat-containing gene 18 protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Protein Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / nucleosome / nuclear membrane / chromatin binding / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain / BAH domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3/CENP-A
類似検索 - ドメイン・相同性
Trinucleotide repeat-containing gene 18 protein / Gene for histone H3 (germline gene)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Song, J.K. / Lu, J.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: TNRC18 engages H3K9me3 to mediate silencing of endogenous retrotransposons.
著者: Zhao, S. / Lu, J. / Pan, B. / Fan, H. / Byrum, S.D. / Xu, C. / Kim, A. / Guo, Y. / Kanchi, K.L. / Gong, W. / Sun, T. / Storey, A.J. / Burkholder, N.T. / Mackintosh, S.G. / Kuhlers, P.C. / ...著者: Zhao, S. / Lu, J. / Pan, B. / Fan, H. / Byrum, S.D. / Xu, C. / Kim, A. / Guo, Y. / Kanchi, K.L. / Gong, W. / Sun, T. / Storey, A.J. / Burkholder, N.T. / Mackintosh, S.G. / Kuhlers, P.C. / Edmondson, R.D. / Strahl, B.D. / Diao, Y. / Tackett, A.J. / Raab, J.R. / Cai, L. / Song, J. / Wang, G.G.
履歴
登録2022年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trinucleotide repeat-containing gene 18 protein
C: Histone H3.1
B: Trinucleotide repeat-containing gene 18 protein
D: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9314
ポリマ－47,9314
非ポリマー00
水4,522251
1
A: Trinucleotide repeat-containing gene 18 protein
C: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9662
ポリマ－23,9662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
2
B: Trinucleotide repeat-containing gene 18 protein
D: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9662
ポリマ－23,9662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.804, 120.828, 46.632
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab

-
要素

#1: タンパク質 Trinucleotide repeat-containing gene 18 protein / Long CAG trinucleotide repeat-containing gene 79 protein


分子量: 21374.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNRC18, CAGL79, KIAA1856 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O15417
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.1


分子量: 2591.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V9H1G0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, 0.2 M Magnesium Acetate, 16-20% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 36692 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 26.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.84-1.924.51.2135840.590.6491.380.45299.7
1.92-1.994.80.95736450.6970.4951.0810.51799.9
1.99-2.084.90.69436040.8290.3580.7850.6299.6
2.08-2.194.50.51235910.8770.2690.5810.70599
2.19-2.335.60.38736540.9250.1890.4330.87999.8
2.33-2.515.60.29536280.9530.1430.3290.97399.7
2.51-2.765.40.20537000.9730.10.2291.14699.8
2.76-3.164.90.13536460.9840.0690.1521.29999.1
3.16-3.995.90.08637310.9920.040.0951.27199.7
3.99-505.50.05339090.9970.0250.0591.1699.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DOV

4dov


解像度: 1.84→37.48 Å / SU ML: 0.2417 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.2992
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 1984 5.44 %
Rwork0.2025 34467 -
obs0.2043 36451 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→37.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2684 0 0 251 2935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00922790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97353770
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0645394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4462391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.890.40551290.34892259X-RAY DIFFRACTION91.53
1.89-1.940.33111390.28552427X-RAY DIFFRACTION98.84
1.94-1.990.33451400.26252421X-RAY DIFFRACTION99.07
1.99-2.060.29411370.25352417X-RAY DIFFRACTION98.88
2.06-2.130.25431410.22312448X-RAY DIFFRACTION98.59
2.13-2.220.27441420.21342439X-RAY DIFFRACTION98.81
2.22-2.320.22821420.19922463X-RAY DIFFRACTION99.35
2.32-2.440.24071420.20432453X-RAY DIFFRACTION99.39
2.44-2.590.23641420.2042473X-RAY DIFFRACTION99.39
2.59-2.790.2681410.20692470X-RAY DIFFRACTION99.47
2.79-3.080.23711440.1982495X-RAY DIFFRACTION98.8
3.08-3.520.21321440.18422503X-RAY DIFFRACTION99.25
3.52-4.430.18761470.16012536X-RAY DIFFRACTION99.67
4.43-37.480.21811540.20412663X-RAY DIFFRACTION98.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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