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- PDB-8dqr: Crystal structure of Arabidopsis thaliana COSY in complex with sc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dqr
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana COSY in complex with scopoletin
要素Coumarin Synthase
キーワードPLANT PROTEIN / Coumarin Synthase / Trans/Cis Isomerase / BAHD Acyltransferase
機能・相同性: / paclitaxel biosynthetic process / coumarin biosynthetic process / Transferase family / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / transferase activity / metal ion binding / COENZYME A / Anthranilate N-hydroxycinnamoyl/benzoyltransferase, putative
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Kim, C.Y. / Mitchell, A.J. / Gutierrez, M. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
W. M. Keck Foundation 米国
Other privateFamily Larsson-Rosenquist Foundation
Other privateBeckman Young Investigator Program
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Emergence of a proton exchange-based isomerization and lactonization mechanism in the plant coumarin synthase COSY.
著者: Kim, C.Y. / Mitchell, A.J. / Kastner, D.W. / Albright, C.E. / Gutierrez, M.A. / Glinkerman, C.M. / Kulik, H.J. / Weng, J.K.
履歴
登録2022年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coumarin Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6484
ポリマ－49,7481
非ポリマー9003
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.514, 88.886, 96.901
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Coumarin Synthase / HXXXD-type acyl-transferase family protein / Anthranilate N-hydroxycinnamoyl/benzoyltransferase / putative


分子量: 49748.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C308 is modeled as a CSO (sulfenic acid)
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g28680, F1K23.12, F1K23_12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LF28
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 20% glycerol, 500 uM coenzyme-A, 5 mg/mL protein
PH範囲: 6.5-7.5 / Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→65.5 Å / Num. obs: 23643 / % possible obs: 97.02 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.69
反射 シェル解像度: 2.26→2.341 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.7622 / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique obs: 2179 / CC1/2: 0.425 / CC star: 0.772 / Rpim(I) all: 0.7622 / % possible all: 90.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DQO

8dqo


解像度: 2.26→65.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 32.377 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29135 1189 5 %RANDOM
Rwork0.19122 ---
obs0.19636 22455 97.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.84 Å20 Å20 Å2
2---2.67 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.26→65.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3385 0 55 143 3583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0143528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5851.6714795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9071.6487346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6915432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.18922.386176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.70915565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.861520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02671
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6123.6851731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5943.6841730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8065.5232159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.815.5232160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7923.9391797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.793.9391797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7445.812636
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.64444.0763894
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.62943.9983885
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.8636662
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.952569
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.21356651
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.319 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 75 -
Rwork0.463 1569 -
obs--93.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.3768 Å / Origin y: 0.435 Å / Origin z: -10.5132 Å
111213212223313233
T0.0159 Å2-0.0235 Å2-0.0008 Å2-0.2338 Å2-0.0057 Å2--0.0653 Å2
L0.2684 °2-0.4417 °2-0.3577 °2-2.309 °20.777 °2--0.9652 °2
S-0.0324 Å °0.0381 Å °-0.1038 Å °-0.0433 Å °0.0012 Å °0.1844 Å °0.0825 Å °-0.0634 Å °0.0312 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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