[日本語] English
万見
- PDB-8dqq: Crystal structure of Arabidopsis thaliana COSY in complex with sc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dqq
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana COSY in complex with scopoletin
要素Coumarin Synthase
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / Coumarin Synthase / Trans/Cis Isomerase / BAHD Acyltransferase
機能・相同性coumarin biosynthetic process / Transferase family / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / transferase activity / 7-hydroxy-2H-chromen-2-one / 酢酸塩 / Anthranilate N-hydroxycinnamoyl/benzoyltransferase, putative
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Kim, C.Y. / Mitchell, A.J. / Gutierrez, M. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
W. M. Keck Foundation 米国
Other privateFamily Larsson-Rosenquist Foundation
Other privateBeckman Young Investigator Program
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Emergence of a proton exchange-based isomerization and lactonization mechanism in the plant coumarin synthase COSY.
著者: Kim, C.Y. / Mitchell, A.J. / Kastner, D.W. / Albright, C.E. / Gutierrez, M.A. / Glinkerman, C.M. / Kulik, H.J. / Weng, J.K.
履歴
登録2022年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coumarin Synthase
B: Coumarin Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7666
ポリマ－99,4652
非ポリマー3014
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.907, 58.771, 273.611
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Coumarin Synthase / HXXXD-type acyl-transferase family protein / Anthranilate N-hydroxycinnamoyl/benzoyltransferase / putative


分子量: 49732.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g28680, F1K23.12, F1K23_12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LF28
#2: 化合物 ChemComp-07L / 7-hydroxy-2H-chromen-2-one / 7-hydroxycoumarin / 7-ヒドロキシクマリン / ウンベリフェロン


分子量: 162.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 20% glycerol, 500 uM umbelliferone, 5 mg/mL protein
PH範囲: 6.5-7.5 / Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→136.81 Å / Num. obs: 40091 / % possible obs: 97.43 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 48.47 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.33→2.413 Å / Rmerge(I) obs: 0.7117 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7339 / CC1/2: 0.441 / CC star: 0.782 / Rpim(I) all: 0.7117 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DQO

8dqo


解像度: 2.33→136.81 Å / SU ML: 0.3272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.8537
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3117 1935 4.84 %
Rwork0.2527 38064 -
obs0.2556 39999 97.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→136.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6711 0 18 110 6839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67869395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04331027
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.83162497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.390.37621480.3092440X-RAY DIFFRACTION91.06
2.39-2.450.32441330.30782660X-RAY DIFFRACTION95.88
2.45-2.530.39441230.30542719X-RAY DIFFRACTION98.54
2.53-2.610.46141410.3122694X-RAY DIFFRACTION99.26
2.61-2.70.36391440.30382741X-RAY DIFFRACTION99.38
2.7-2.810.37781430.29052729X-RAY DIFFRACTION98.93
2.81-2.940.33961550.31052706X-RAY DIFFRACTION98.42
2.94-3.090.39211360.32062725X-RAY DIFFRACTION98.08
3.09-3.280.40511260.33022721X-RAY DIFFRACTION97.77
3.28-3.540.38111480.28052726X-RAY DIFFRACTION98.9
3.54-3.890.29951360.24282781X-RAY DIFFRACTION98.35
3.89-4.460.2771500.22092758X-RAY DIFFRACTION98.08
4.46-5.610.23961120.20452819X-RAY DIFFRACTION97.77
5.62-136.810.23541400.20842845X-RAY DIFFRACTION93.81

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る