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- PDB-8dqm: Crystal structure of isoaspartyl aminopeptidase from Roseivivax h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dqm
タイトルCrystal structure of isoaspartyl aminopeptidase from Roseivivax halodurans DSM 15395
要素(Isoaspartyl aminopeptidase) x 2
キーワードHYDROLASE / IaaA
機能・相同性Peptidase T2, asparaginase 2 / Asparaginase / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / hydrolase activity / Asparaginase
機能・相同性情報
生物種Roseivivax halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sharon, I. / Schmeing, T.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Bioinformatics of cyanophycin metabolism genes and characterization of promiscuous isoaspartyl dipeptidases that catalyze the final step of cyanophycin degradation.
著者: Sharon, I. / Schmeing, T.M.
履歴
登録2022年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoaspartyl aminopeptidase
B: Isoaspartyl aminopeptidase
C: Isoaspartyl aminopeptidase
D: Isoaspartyl aminopeptidase
E: Isoaspartyl aminopeptidase
F: Isoaspartyl aminopeptidase
G: Isoaspartyl aminopeptidase
H: Isoaspartyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,82312
ポリマ－131,7318
非ポリマー924
水2,666148
1
A: Isoaspartyl aminopeptidase
B: Isoaspartyl aminopeptidase
C: Isoaspartyl aminopeptidase
D: Isoaspartyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9116
ポリマ－65,8654
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14150 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
2
E: Isoaspartyl aminopeptidase
F: Isoaspartyl aminopeptidase
G: Isoaspartyl aminopeptidase
H: Isoaspartyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9116
ポリマ－65,8654
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14230 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.222, 154.593, 197.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Isoaspartyl aminopeptidase / Asparaginase


分子量: 18660.852 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal residues 1-177 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseivivax halodurans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: X7EBZ8
#2: タンパク質
Isoaspartyl aminopeptidase / Asparaginase


分子量: 14271.830 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal residues 178-310 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseivivax halodurans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: X7EBZ8
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M bis-tris propane pH 8.5, 0.2 M disodium malonate and 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.522 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.522 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→98.96 Å / Num. obs: 59664 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 7.76
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 5893 / CC1/2: 0.953

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold model

解像度: 2.7→98.96 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 2636 4.94 %Random selection
Rwork0.2432 ---
obs0.2445 53362 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→98.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8510 0 4 148 8662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0138612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.79711614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4313089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061567
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.750.34851310.3372606X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.80.30451480.31852628X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.860.39021560.31132604X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.920.30961250.29332670X-RAY DIFFRACTION100
2.92-2.990.33181330.2972617X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.060.28851250.27622633X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.150.30561330.27442681X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.240.25931170.25992640X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.340.31011430.25412641X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.460.27661390.24162674X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.60.22921380.22172631X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.770.26431300.2222657X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.960.23461450.21372676X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.210.23581580.2112639X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.540.22571540.19472669X-RAY DIFFRACTION100
4.54-4.990.23711130.20062706X-RAY DIFFRACTION100
5-5.720.25381470.23142732X-RAY DIFFRACTION100
5.72-7.20.261540.24832726X-RAY DIFFRACTION100
7.2-98.960.27271470.26412896X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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