PDB-8dqn: Crystal structure of isoaspartyl dipeptidase from Leucothrix muco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dqn

タイトル

Crystal structure of isoaspartyl dipeptidase from Leucothrix mucor DSM2157

要素

Isoaspartyl dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / IadA

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Leucothrix mucor DSM 2157 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Sharon, I. / Schmeing, T.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Bioinformatics of cyanophycin metabolism genes and characterization of promiscuous isoaspartyl dipeptidases that catalyze the final step of cyanophycin degradation.
著者: Sharon, I. / Schmeing, T.M.

履歴

登録	2022年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dqn.cif.gz	633.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dqn.ent.gz	515.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dqn_validation.pdf.gz	514.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dqn_full_validation.pdf.gz	534 KB	表示
XML形式データ	8dqn_validation.xml.gz	133.9 KB	表示
CIF形式データ	8dqn_validation.cif.gz	199.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/8dqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/8dqn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dqmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoaspartyl dipeptidase

B: Isoaspartyl dipeptidase

C: Isoaspartyl dipeptidase

D: Isoaspartyl dipeptidase

E: Isoaspartyl dipeptidase

F: Isoaspartyl dipeptidase

G: Isoaspartyl dipeptidase

H: Isoaspartyl dipeptidase

ヘテロ分子

338 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.493, 163.691, 170.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	A	A	2 - 388	2 - 388
2	1	GLU	GLU	B	B	2 - 388	2 - 388
1	2	GLU	GLU	A	A	2 - 388	2 - 388
2	2	GLU	GLU	C	C	2 - 388	2 - 388
1	3	GLU	GLU	A	A	2 - 388	2 - 388
2	3	GLU	GLU	D	D	2 - 388	2 - 388
1	4	GLU	GLU	A	A	2 - 388	2 - 388
2	4	GLU	GLU	E	E	2 - 388	2 - 388
1	5	PHE	PHE	A	A	2 - 387	2 - 387
2	5	PHE	PHE	F	F	2 - 387	2 - 387
1	6	GLU	GLU	A	A	2 - 388	2 - 388
2	6	GLU	GLU	G	G	2 - 388	2 - 388
1	7	GLU	GLU	A	A	2 - 388	2 - 388
2	7	GLU	GLU	H	H	2 - 388	2 - 388
1	8	GLU	GLU	B	B	2 - 388	2 - 388
2	8	GLU	GLU	C	C	2 - 388	2 - 388
1	9	GLU	GLU	B	B	2 - 388	2 - 388
2	9	GLU	GLU	D	D	2 - 388	2 - 388
1	10	PHE	PHE	B	B	2 - 387	2 - 387
2	10	PHE	PHE	E	E	2 - 387	2 - 387
1	11	GLU	GLU	B	B	2 - 388	2 - 388
2	11	GLU	GLU	F	F	2 - 388	2 - 388
1	12	GLU	GLU	B	B	2 - 388	2 - 388
2	12	GLU	GLU	G	G	2 - 388	2 - 388
1	13	GLU	GLU	B	B	2 - 388	2 - 388
2	13	GLU	GLU	H	H	2 - 388	2 - 388
1	14	GLU	GLU	C	C	2 - 388	2 - 388
2	14	GLU	GLU	D	D	2 - 388	2 - 388
1	15	GLU	GLU	C	C	2 - 389	2 - 389
2	15	GLU	GLU	E	E	2 - 389	2 - 389
1	16	GLU	GLU	C	C	2 - 389	2 - 389
2	16	GLU	GLU	F	F	2 - 389	2 - 389
1	17	GLU	GLU	C	C	2 - 388	2 - 388
2	17	GLU	GLU	G	G	2 - 388	2 - 388
1	18	GLU	GLU	C	C	2 - 388	2 - 388
2	18	GLU	GLU	H	H	2 - 388	2 - 388
1	19	PHE	PHE	D	D	2 - 387	2 - 387
2	19	PHE	PHE	E	E	2 - 387	2 - 387
1	20	GLU	GLU	D	D	2 - 388	2 - 388
2	20	GLU	GLU	F	F	2 - 388	2 - 388
1	21	GLU	GLU	D	D	2 - 388	2 - 388
2	21	GLU	GLU	G	G	2 - 388	2 - 388
1	22	GLU	GLU	D	D	2 - 388	2 - 388
2	22	GLU	GLU	H	H	2 - 388	2 - 388
1	23	GLU	GLU	E	E	2 - 389	2 - 389
2	23	GLU	GLU	F	F	2 - 389	2 - 389
1	24	GLU	GLU	E	E	2 - 388	2 - 388
2	24	GLU	GLU	G	G	2 - 388	2 - 388
1	25	PHE	PHE	E	E	2 - 387	2 - 387
2	25	PHE	PHE	H	H	2 - 387	2 - 387
1	26	GLU	GLU	F	F	2 - 388	2 - 388
2	26	GLU	GLU	G	G	2 - 388	2 - 388
1	27	GLU	GLU	F	F	2 - 388	2 - 388
2	27	GLU	GLU	H	H	2 - 388	2 - 388
1	28	GLU	GLU	G	G	2 - 388	2 - 388
2	28	GLU	GLU	H	H	2 - 388	2 - 388

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Isoaspartyl dipeptidase 分子量: 41953.773 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leucothrix mucor DSM 2157 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: beta-aspartyl-peptidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3053 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.71 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.56 M NaH2PO4 and 1.04 M K2HPO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→118.34 Å / Num. obs: 386931 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.68
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.868 / Mean I/σ(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 38129 / CC_1/2: 0.895 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→118.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 3.172 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18695	18699	4.8 %	RANDOM
R_work	0.16624	-	-	-
obs	0.16724	368266	98.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.635 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→118.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22786	0	104	3053	25943

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	23303
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	22379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.614	1.636	31663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.411	1.574	51523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.006	5	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.638	22.19	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.485	15	3774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.745	15	136
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	26308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.571	2.864	12205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.571	2.864	12204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.742	4.277	15230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.742	4.278	15231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.547	3.289	11098
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.511	3.277	11065
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.444	4.76	16386
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.503	35.617	26441
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.243	34.498	25335
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11963	0.04
1	2	B	11963	0.04
2	1	A	12093	0.04
2	2	C	12093	0.04
3	1	A	12016	0.03
3	2	D	12016	0.03
4	1	A	12031	0.04
4	2	E	12031	0.04
5	1	A	11997	0.04
5	2	F	11997	0.04
6	1	A	11994	0.03
6	2	G	11994	0.03
7	1	A	11984	0.04
7	2	H	11984	0.04
8	1	B	11973	0.04
8	2	C	11973	0.04
9	1	B	11900	0.04
9	2	D	11900	0.04
10	1	B	11896	0.04
10	2	E	11896	0.04
11	1	B	11967	0.04
11	2	F	11967	0.04
12	1	B	11934	0.04
12	2	G	11934	0.04
13	1	B	11922	0.04
13	2	H	11922	0.04
14	1	C	11985	0.04
14	2	D	11985	0.04
15	1	C	12056	0.03
15	2	E	12056	0.03
16	1	C	12084	0.04
16	2	F	12084	0.04
17	1	C	11986	0.03
17	2	G	11986	0.03
18	1	C	11995	0.03
18	2	H	11995	0.03
19	1	D	11917	0.04
19	2	E	11917	0.04
20	1	D	11955	0.04
20	2	F	11955	0.04
21	1	D	11959	0.04
21	2	G	11959	0.04
22	1	D	11954	0.04
22	2	H	11954	0.04
23	1	E	12013	0.04
23	2	F	12013	0.04
24	1	E	11989	0.03
24	2	G	11989	0.03
25	1	E	11910	0.04
25	2	H	11910	0.04
26	1	F	11957	0.04
26	2	G	11957	0.04
27	1	F	11957	0.04
27	2	H	11957	0.04
28	1	G	11977	0.03
28	2	H	11977	0.03

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	1410	-
R_work	0.354	26767	-
obs	-	-	97.34 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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