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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dqk | ||||||
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タイトル | Intermediate resolution structure of barley (1,3;1,4)-beta-glucan synthase CslF6. | ||||||
要素 | Cellulose synthase-like CslF6 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / glucan / glycosyltransferase / cellulose / barley | ||||||
機能・相同性 | plant-type cell wall organization or biogenesis / Cellulose synthase / Cellulose synthase / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / membrane => GO:0016020 / Cellulose synthase-like CslF6 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hordeum vulgare (オオムギ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Ho, R. / Purushotham, P. / Zimmer, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Mechanism of mixed-linkage glucan biosynthesis by barley cellulose synthase-like CslF6 (1,3;1,4)-β-glucan synthase. 著者: Pallinti Purushotham / Ruoya Ho / Long Yu / Geoffrey B Fincher / Vincent Bulone / Jochen Zimmer / 要旨: Mixed-linkage (1,3;1,4)-β-glucans, which are widely distributed in cell walls of the grasses, are linear glucose polymers containing predominantly (1,4)-β-linked glucosyl units interspersed with ...Mixed-linkage (1,3;1,4)-β-glucans, which are widely distributed in cell walls of the grasses, are linear glucose polymers containing predominantly (1,4)-β-linked glucosyl units interspersed with single (1,3)-β-linked glucosyl units. Their distribution in cereal grains and unique structures are important determinants of dietary fibers that are beneficial to human health. We demonstrate that the barley cellulose synthase-like CslF6 enzyme is sufficient to synthesize a high-molecular weight (1,3;1,4)-β-glucan in vitro. Biochemical and cryo-electron microscopy analyses suggest that CslF6 functions as a monomer. A conserved "switch motif" at the entrance of the enzyme's transmembrane channel is critical to generate (1,3)-linkages. There, a single-point mutation markedly reduces (1,3)-linkage formation, resulting in the synthesis of cellulosic polysaccharides. Our results suggest that CslF6 monitors the orientation of the nascent polysaccharide's second or third glucosyl unit. Register-dependent interactions with these glucosyl residues reposition the polymer's terminal glucosyl unit to form either a (1,3)- or (1,4)-β-linkage. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dqk.cif.gz | 142.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dqk.ent.gz | 109.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dqk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dqk_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dqk_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dqk_validation.xml.gz | 33.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dqk_validation.cif.gz | 47.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/8dqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/8dqk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27655MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 105193.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 遺伝子: CslF6 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: B1P2T4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Barley cellulose synthase-like F6 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Hordeum vulgare (オオムギ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80347 / 対称性のタイプ: POINT |