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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dqf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Neisseria gonorrhoeae carbonic anhydrase with N-(5-sulfamoyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)cyclohexanecarboxamide | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase | ||||||
キーワード | LYASE / Carbonic anhydrase / Neisseria gonorrhoeae / Acetazolamide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / periplasmic space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neisseria gonorrhoeae (淋菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Marapaka, A.K. / Das, C. / Flaherty, D.P. / Yadav, R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023 タイトル: Structural Characterization of Thiadiazolesulfonamide Inhibitors Bound to Neisseria gonorrhoeae alpha-Carbonic Anhydrase. 著者: Marapaka, A.K. / Nocentini, A. / Youse, M.S. / An, W. / Holly, K.J. / Das, C. / Yadav, R. / Seleem, M.N. / Supuran, C.T. / Flaherty, D.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dqf.cif.gz | 190.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dqf.ent.gz | 148.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dqf_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dqf_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dqf_validation.xml.gz | 34.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dqf_validation.cif.gz | 46.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/8dqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/8dqf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27315.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: cah / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q50940, carbonic anhydrase #2: 化合物 | ChemComp-VGV / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M NH4H2PO4, 2.2 M (NH4)2SO4 / PH範囲: 6.4-7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 29522 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.21 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 125611 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.549
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KOP 解像度: 2.8→46.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 13.546 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.83 Å2 / Biso mean: 28.341 Å2 / Biso min: 6.16 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→46.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.868 Å / Rfactor Rfree error: 0
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