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- PDB-8dq7: The structure of NicA2 variant F104L/A107T/S146I/G317D/H368R/L449... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dq7
タイトルThe structure of NicA2 variant F104L/A107T/S146I/G317D/H368R/L449V/N462S from Pseudomonas putida
要素Amine oxidase
キーワードFLAVOPROTEIN / nicotine-degrading enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotine dehydrogenase / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / oxidoreductase activity / periplasmic space / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin amine oxidase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Nicotine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida S16 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wu, K. / Dulchavsky, M. / Li, J. / Bardwell, J.C.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Directed evolution unlocks oxygen reactivity for a nicotine-degrading flavoenzyme.
著者: Dulchavsky, M. / Mitra, R. / Wu, K. / Li, J. / Boer, K. / Liu, X. / Zhang, Z. / Vasquez, C. / Clark, C.T. / Funckes, K. / Shankar, K. / Bonnet-Zahedi, S. / Siddiq, M. / Sepulveda, Y. / ...著者: Dulchavsky, M. / Mitra, R. / Wu, K. / Li, J. / Boer, K. / Liu, X. / Zhang, Z. / Vasquez, C. / Clark, C.T. / Funckes, K. / Shankar, K. / Bonnet-Zahedi, S. / Siddiq, M. / Sepulveda, Y. / Suhandynata, R.T. / Momper, J.D. / Calabrese, A.N. / George, O. / Stull, F. / Bardwell, J.C.A.
履歴
登録2022年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase
B: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9274
ポリマ－95,3522
非ポリマー1,5752
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area27890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.510, 85.510, 122.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Amine oxidase


分子量: 47675.852 Da / 分子数: 2 / 変異: F104L, A107T, S146I, G317D, H368R, L449V, N462S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida S16 (バクテリア)
株: S16 / 遺伝子: PPS_4081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8G0P2
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 18% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.76 Å / Num. obs: 51280 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 4187 / CC1/2: 0.917

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7c4a

7c4a


解像度: 2.1→42.76 Å / SU ML: 0.1931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.0747
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2001 2550 4.98 %
Rwork0.151 48670 -
obs0.1534 51220 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6629 0 106 446 7181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01236919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05099416
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06341040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00841211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6809950
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.26941480.18012694X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.180.23581320.17332700X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.230.2241620.16412670X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.280.23351090.15532709X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.340.22871450.15692684X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.40.21961260.15072721X-RAY DIFFRACTION99.96
2.4-2.470.20821350.14872707X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.550.19071370.15342708X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.650.21011220.1512730X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.750.21531490.15712698X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.880.2221640.15672681X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.030.18211360.15112692X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.220.19811250.14612715X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.470.21371530.14532709X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.810.18241460.14312693X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.370.19031480.1372721X-RAY DIFFRACTION99.97
4.37-5.50.171500.14422706X-RAY DIFFRACTION99.9
5.5-42.760.19251630.16512732X-RAY DIFFRACTION99.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.262863913736-0.1587500021990.4032833373820.399323097011-0.06664900002380.4784725361020.03262537590940.09783573303230.1235179532220.00161486999315-0.05657766334230.0639477298316-0.1711537183450.04319362474272.8121493919E-50.207523087648-0.00860169342609-0.02480783382940.194852893670.01543885579520.16894840711342.575417989-2.62522956-5.00649825498
20.1170438950690.3671522642730.3315313375480.1933749905830.6419671527470.6741352351930.0753187356838-0.0428490547864-0.03295427618450.0802065576655-0.1348303871480.02533710305510.147711046963-0.141479466509-0.0001005058424680.220116486991-0.0248916695154-0.02465006974280.175886197807-0.008644291418130.21415175109324.1728698069-19.1761639919-1.01429584454
30.163983638867-0.238368150111-0.001988230575030.281952073880.1067508901680.1416733327540.1150284755710.061360349987-0.2911200267560.0749671576252-0.04575672569550.08989048413360.00607268651116-0.09725132013010.0001412681570710.3105588760920.00136587132791-0.1025682384870.241690526878-0.04152183598310.32591185800227.943945576-31.7710126111-5.54746454219
40.81480314417-0.137986881489-0.05617702506920.37303629636-0.2200077031210.6318808278660.08990973498570.155138695592-0.00447681562804-0.0505300318146-0.05264384305570.0569507457651-0.003663443275230.01771848735572.46483741556E-50.2277228845687.16561475497E-5-0.05595515214640.1742845504150.01402069337790.17749055623739.8395648271-11.298737326-3.5342779791
50.3310172655820.5551982271860.2382808866110.620431409535-0.20706639350.519566466305-0.05940138689240.0662524047830.135306721242-0.0318339755904-0.01300068814260.138354998174-0.02811099275640.105031546464-0.02860933384990.1906950794420.0294618739497-0.01961490228650.183447238879-0.04265787903950.18529798543339.0215330695-14.3910300496-12.5508503785
60.09550167159390.05399797050480.146784181210.3052146567640.2611561575481.1046260048-0.1348117976110.3441410173150.45096682338-1.058451692910.5116773692770.265049463758-0.1434436592230.3279390039450.09562591345650.387111085015-0.093871642523-0.1084673250440.2938573492810.02697941920040.41076366579124.2469967676-14.4209203411-23.4743437365
70.3551373726740.01897955043610.04480930744841.23456752675-0.4167420586810.06431022089310.1390437557540.108929284044-0.0989667868536-0.0386072330664-0.02220522958830.0450160134040.129476150770.09513988731590.03318005535240.1454925151380.0239035837644-0.02684947111740.183586679802-0.01505646879940.16813963068842.672096997-14.5785590643-4.86974113822
80.539582753034-0.1633514880010.1251683646840.231996407931-0.2777351798710.424859965102-0.0378771412023-0.0205333613332-0.05985248352080.1001057796250.0277012579628-0.10605567946-0.06725102059720.1249818549974.54890561247E-50.187538908842-0.012246355189-0.01874385446440.1925792368010.02574072934290.16459382027440.02372920170.011514230565324.5892352221
90.3260909440770.345046075777-0.6462792963910.163749041949-0.178768165570.493530010188-0.1375447631370.104830414851-0.0215904684599-0.02901362949560.06320203816570.02756599111980.134014031979-0.131714626426-4.06936517696E-60.189117719681-0.02650905687440.00703970914870.2366564207070.01891808667130.22080888467923.5171589218-18.748011563220.7018951597
100.394445993718-0.201770164923-0.07743020292310.2464120216380.1705921291320.246370342137-0.0121898766670.1681510899270.02425929696350.0004528441256580.07992428832020.3005487416650.0575783529632-0.0512015674731-5.72121048915E-50.244212902433-0.01022119078370.0314321891470.3235270100940.1138215059730.32776788379810.7512928628-14.082267421324.4382558829
110.3854787354140.05956299105850.2649476178480.640559603083-0.05427373507690.617432920134-0.0451874720594-0.096192351939-0.0382184740090.1588503765710.07415209079330.00611445568978-0.0324803696043-0.009873516928273.00501932594E-50.1856798631620.00993402713757-0.01033173969790.2400066281580.04339169461710.18745075669831.4590667208-2.9221594624823.2438376776
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 51 through 113 )AA51 - 1131 - 63
22chain 'A' and (resid 114 through 183 )AA114 - 18364 - 133
33chain 'A' and (resid 184 through 219 )AA184 - 219134 - 169
44chain 'A' and (resid 220 through 293 )AA220 - 293170 - 243
55chain 'A' and (resid 294 through 371 )AA294 - 371244 - 321
66chain 'A' and (resid 372 through 403 )AA372 - 403322 - 353
77chain 'A' and (resid 404 through 482 )AA404 - 482354 - 432
88chain 'B' and (resid 51 through 113 )BC51 - 1131 - 63
99chain 'B' and (resid 114 through 183 )BC114 - 18364 - 133
1010chain 'B' and (resid 184 through 219 )BC184 - 219134 - 169
1111chain 'B' and (resid 220 through 293 )BC220 - 293170 - 243
1212chain 'B' and (resid 294 through 403 )BC294 - 403244 - 353
1313chain 'B' and (resid 404 through 482 )BC404 - 482354 - 432

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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