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- PDB-8dq7: The structure of NicA2 variant F104L/A107T/S146I/G317D/H368R/L449... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dq7 | ||||||
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Title | The structure of NicA2 variant F104L/A107T/S146I/G317D/H368R/L449V/N462S from Pseudomonas putida | ||||||
![]() | Amine oxidase | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / nicotine-degrading enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() nicotine dehydrogenase / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / periplasmic space / oxidoreductase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, K. / Dulchavsky, M. / Li, J. / Bardwell, J.C.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Directed evolution unlocks oxygen reactivity for a nicotine-degrading flavoenzyme. Authors: Dulchavsky, M. / Mitra, R. / Wu, K. / Li, J. / Boer, K. / Liu, X. / Zhang, Z. / Vasquez, C. / Clark, C.T. / Funckes, K. / Shankar, K. / Bonnet-Zahedi, S. / Siddiq, M. / Sepulveda, Y. / ...Authors: Dulchavsky, M. / Mitra, R. / Wu, K. / Li, J. / Boer, K. / Liu, X. / Zhang, Z. / Vasquez, C. / Clark, C.T. / Funckes, K. / Shankar, K. / Bonnet-Zahedi, S. / Siddiq, M. / Sepulveda, Y. / Suhandynata, R.T. / Momper, J.D. / Calabrese, A.N. / George, O. / Stull, F. / Bardwell, J.C.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 905.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 52 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8dq8C ![]() 8dsvC ![]() 7c4aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 47675.852 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: F104L, A107T, S146I, G317D, H368R, L449V, N462S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 47.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 18% PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Feb 4, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→42.76 Å / Num. obs: 51280 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 4187 / CC1/2: 0.917 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7c4a Resolution: 2.1→42.76 Å / SU ML: 0.1931 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.0747 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→42.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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