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- PDB-8dpc: Crystal structure of carbonic anhydrase from Neisseria gonorrhoeae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dpc
タイトルCrystal structure of carbonic anhydrase from Neisseria gonorrhoeae
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / Carbonic anhydrase / Neisseria gonorrhoeae
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / periplasmic space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, prokaryotic-like / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Marapaka, A.K. / Das, C. / Flaherty, D.P. / Yadav, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI148523 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Structural Characterization of Thiadiazolesulfonamide Inhibitors Bound to Neisseria gonorrhoeae alpha-Carbonic Anhydrase.
著者: Marapaka, A.K. / Nocentini, A. / Youse, M.S. / An, W. / Holly, K.J. / Das, C. / Yadav, R. / Seleem, M.N. / Supuran, C.T. / Flaherty, D.P.
履歴
登録2022年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
C: Carbonic anhydrase
E: Carbonic anhydrase
G: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,58119
ポリマ－109,2634
非ポリマー1,31815
水2,486138
1
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7656
ポリマ－27,3161
非ポリマー4505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6695
ポリマ－27,3161
非ポリマー3544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5734
ポリマ－27,3161
非ポリマー2583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
G: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5734
ポリマ－27,3161
非ポリマー2583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.158, 122.760, 78.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase / Carbonate dehydratase


分子量: 27315.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: cah / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q50940, carbonic anhydrase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M NH4H2PO4, 2. 2.2 M (NH4)2SO4 / PH範囲: 6.0-7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 46572 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 0.851 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 285624
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.494.60.5545320.8480.2650.6130.60497.7
2.49-2.595.20.52946340.8680.2470.5850.58799.5
2.59-2.760.49846890.9140.2180.5450.62599.9
2.7-2.856.20.40946510.9310.1780.4470.70999.9
2.85-3.026.60.33146380.9570.140.360.76699.8
3.02-3.266.40.22846490.9740.0970.2480.99199.9
3.26-3.586.60.16246580.980.0680.1761.09399.9
3.58-4.16.60.12246790.9870.0510.1321.102100
4.1-5.176.60.0946860.9910.0380.0971.003100
5.17-106.50.07147560.9950.030.0770.837100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.562
最高解像度最低解像度
Rotation44.13 Å2.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZO722データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP11.9.02位相決定
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KOQ

1koq


解像度: 2.41→44.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 8.057 / SU ML: 0.183 / SU R Cruickshank DPI: 0.3144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2281 4.9 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1927 44265 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.68 Å2 / Biso mean: 30.173 Å2 / Biso min: 2.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.01 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.41→44.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6948 0 59 138 7145
Biso mean--52.21 28.64 -
残基数----888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0127192
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.6519822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4671.54914782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8565884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.5821035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.039101137
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021377
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.468 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 146 -
Rwork0.25 3131 -
obs--93.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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