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- PDB-8dpb: MeaB in complex with the cobalamin-binding domain of its target m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dpb
タイトルMeaB in complex with the cobalamin-binding domain of its target mutase with GMPPCP bound
要素(Methylmalonyl-CoA ...) x 2
キーワードCHAPERONE / metalloenzyme maturation / complex / G-protein chaperone / cobalamin
機能・相同性
機能・相同性情報


methylmalonyl-CoA mutase / methylmalonyl-CoA mutase activity / cobalamin binding / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl-CoA mutase signature. / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha/beta chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, C-terminal / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily ...SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl-CoA mutase signature. / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha/beta chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, C-terminal / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Methylmalonyl-CoA mutase accessory protein / methylmalonyl-CoA mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Vaccaro, F.A. / Born, D.A. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31 GM131648 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008313 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structure of metallochaperone in complex with the cobalamin-binding domain of its target mutase provides insight into cofactor delivery.
著者: Vaccaro, F.A. / Born, D.A. / Drennan, C.L.
履歴
登録2022年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylmalonyl-CoA mutase accessory protein
B: Methylmalonyl-CoA mutase accessory protein
C: Methylmalonyl-CoA mutase, alpha subunit
D: Methylmalonyl-CoA mutase, alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,72610
ポリマ－109,4514
非ポリマー1,2756
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.230, 80.980, 166.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 12 or (resid 13...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 5 through 12 or (resid 13...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 564 through 566 or (resid 567...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 564 or (resid 565 through 568...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUASPA2 - 16
d_12ens_1ALAVALA18 - 88
d_13ens_1PROLEUA90 - 100
d_14ens_1ASPPROA102 - 119
d_15ens_1PROSERA121 - 123
d_16ens_1THRTHRA125 - 136
d_17ens_1LEULEUA138 - 172
d_18ens_1LEUASPA174 - 179
d_19ens_1LEULYSA181 - 186
d_110ens_1ILEALAA188 - 200
d_111ens_1GLYTHRA203 - 224
d_112ens_1TRPLEUA230 - 259
d_113ens_1TRPARGA278 - 288
d_114ens_1THRARGA296 - 301
d_115ens_1HISLEUA308 - 320
d_21ens_1LEUASPG5 - 19
d_22ens_1ALAVALG21 - 91
d_23ens_1PROLEUG93 - 103
d_24ens_1ASPPROG105 - 122
d_25ens_1PROSERG124 - 126
d_26ens_1THRTHRG128 - 139
d_27ens_1LEULEUG141 - 175
d_28ens_1LEUASPG177 - 182
d_29ens_1LEULYSG184 - 189
d_210ens_1ILEALAG191 - 203
d_211ens_1GLYTHRG206 - 227
d_212ens_1TRPLEUG229 - 258
d_213ens_1TRPTRPG262
d_214ens_1ALAARGG265 - 274
d_215ens_1THRARGG285 - 290
d_216ens_1HISLEUG297 - 309
d_11ens_2PROLYSK2 - 28
d_12ens_2GLYPROK35 - 54
d_13ens_2PROASPK59 - 60
d_14ens_2ALASERK62 - 77
d_15ens_2GLYGLYK82 - 113
d_16ens_2GLYTHRK122 - 146
d_21ens_2PROLYSL2 - 28
d_22ens_2GLYGLYL30
d_23ens_2GLNPROL38 - 56
d_24ens_2PROASPL61 - 62
d_25ens_2ALASERL64 - 79
d_26ens_2GLYGLYL84 - 115
d_27ens_2GLYTHRL124 - 148

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.241822955965, 0.965393998462, -0.0976528837393), (0.94754944456, 0.21327425909, -0.238042308264), (-0.208977769351, -0.150095030376, -0.966333158788)-50.2006906681, 46.1896197442, 30.7918029435
2given(-0.198429532197, 0.978836297227, -0.0500522125713), (0.968849733298, 0.188172361623, -0.161001107479), (-0.14817528485, -0.0804404472408, -0.9856842392)-49.87080628, 44.2594454312, 32.9122347193

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要素

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Methylmalonyl-CoA ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Methylmalonyl-CoA mutase accessory protein


分子量: 34492.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: meaB, MexAM1_META1p0188 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5AP93
#2: タンパク質 Methylmalonyl-CoA mutase, alpha subunit


分子量: 20232.949 Da / 分子数: 2 / Fragment: cobalamin-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: mcmA, MexAM1_META1p5251 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5AV67, methylmalonyl-CoA mutase

-
非ポリマー , 4種, 73分子

#3: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER


分子量: 521.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.65 % / 解説: thick plate-like crystal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: precipitant: 200 mM Lithium Chloride, 20% (w/v) PEG 3350; protein: 182 uM (20.2 mg/mL) complex in SEC buffer supplemented with 182 uM GMPPCP and 364 uM MgCl2); drop ratio: 150 nL of protein ...詳細: precipitant: 200 mM Lithium Chloride, 20% (w/v) PEG 3350; protein: 182 uM (20.2 mg/mL) complex in SEC buffer supplemented with 182 uM GMPPCP and 364 uM MgCl2); drop ratio: 150 nL of protein to 230 nL of precipitant solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→48.99 Å / Num. obs: 24685 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 49.55 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.72→2.84 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3897 / CC1/2: 0.804 / Rrim(I) all: 0.689 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 2.72→48.99 Å / SU ML: 0.2869 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.4159
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 1178 4.78 %
Rwork0.2162 23448 -
obs0.2172 24626 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6501 0 78 67 6646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01166666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9069094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.27421109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.93772309
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.97844058249
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.41521715604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.840.30291390.27992847X-RAY DIFFRACTION98.09
2.84-2.990.28721370.2632899X-RAY DIFFRACTION99.84
3-3.180.32151480.2392890X-RAY DIFFRACTION99.77
3.18-3.430.25321400.23672905X-RAY DIFFRACTION99.93
3.43-3.770.22821500.20772903X-RAY DIFFRACTION99.38
3.77-4.320.22551450.19492941X-RAY DIFFRACTION99.84
4.32-5.440.20771570.2022970X-RAY DIFFRACTION99.84
5.44-48.990.21311620.20353093X-RAY DIFFRACTION99.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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