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- PDB-8dp7: Structure of Helicobacter pylori EgtU bound to EGT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dp7
タイトルStructure of Helicobacter pylori EgtU bound to EGT
要素Osmoprotection protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / EgtU / EGT / transporter / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine betaine transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能
: / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LW8 / Osmoprotection protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Duncan-Lowey, B. / Zhou, W. / Kranzusch, P.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: A microbial transporter of the dietary antioxidant ergothioneine.
著者: Dumitrescu, D.G. / Gordon, E.M. / Kovalyova, Y. / Seminara, A.B. / Duncan-Lowey, B. / Forster, E.R. / Zhou, W. / Booth, C.J. / Shen, A. / Kranzusch, P.J. / Hatzios, S.K.
履歴
登録2022年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Osmoprotection protein
B: Osmoprotection protein
C: Osmoprotection protein
D: Osmoprotection protein
E: Osmoprotection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,95810
ポリマ－157,8065
非ポリマー1,1525
水00
1
A: Osmoprotection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7922
ポリマ－31,5611
非ポリマー2301
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Osmoprotection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7922
ポリマ－31,5611
非ポリマー2301
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Osmoprotection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7922
ポリマ－31,5611
非ポリマー2301
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Osmoprotection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7922
ポリマ－31,5611
非ポリマー2301
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Osmoprotection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7922
ポリマ－31,5611
非ポリマー2301
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.716, 137.751, 190.496
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Osmoprotection protein


分子量: 31561.236 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 245-516 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain P12) (ピロリ菌)
株: P12 / 遺伝子: proWX, HPP12_0825 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6JM49
#2: 化合物
ChemComp-LW8 / trimethyl-[(2S)-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-3-(2-sulfanylidene-1,3-dihydroimidazol-4-yl)propan-2-yl]azanium


分子量: 230.307 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 22% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→39.54 Å / Num. obs: 25843 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 102.64 Å2 / CC1/2: 0.854 / Rpim(I) all: 0.42 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3.35→39.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4620 / CC1/2: 0.119 / Rpim(I) all: 3.422 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 8DP6

8dp6


解像度: 3.35→39.54 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 1978 -
Rwork0.231 22347 -
obs-24325 94.09 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→39.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10855 0 75 0 10930
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.58 Å
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.14289381646-0.210171162011-0.1834621909393.43002235086-2.385783938343.90951641166-0.300656592775-0.43423668717-0.08738028829560.6741754698640.1315996616560.0934904854524-1.155930207030.332564836730.1914040753681.686122877290.16823389405-0.1700501199820.6819220490830.1197071816350.62904205677230.188986015449.0666988651-9.2179298451
21.648418867740.8399351680012.33847319742.020001820040.7141909848336.49547221806-0.14662925122-0.759146613763-0.9116336110920.5182357707010.2996816215150.6370131006970.0812237408362-0.859603245368-0.215743362481.422152013470.4101865243010.3567761918241.092271770270.6085170734010.79924529090126.331479278124.85614634882.78713597629
34.009548238260.170774646691-0.9622349802963.02128262215-0.1666815509323.4913743819-0.660518614504-0.8707153715020.1569942422960.1685503292820.5138656338420.406175999647-1.44931689988-0.2367342859-0.02532009670631.459172164960.265264379747-0.06104868681070.8635985822320.1445094985160.61876191151423.578173702342.8507213635-2.11983679173
45.872241499872.73259295567-1.197003006724.63628571205-0.7800596190381.086882498610.933503001034-0.1056458775780.383865212777-0.536025801124-0.8925846003791.37372629471-0.559113593792-0.692761654747-0.3707755934911.752794359890.7551208475920.1226149769181.33247753260.05023492887771.0259695498811.728145641150.8873019212-2.03566849109
52.45413941727-0.681215074066-0.3279987427292.08267704774-1.190612014092.61434340025-0.0649739687236-0.1946723546590.641984023394-0.281309321141-0.02359223951560.2557003058420.431367438782-0.1281325609750.1420195174031.11843052651-0.126179801972-0.2110277988360.651273563842-0.3049691516330.89738287649334.987312379352.072443732175.3936765823
61.375472793230.8838253457361.166759300433.6836509790.4554672542611.33053013679-0.1614103134620.4441681379481.58185935164-0.3364514789830.246367151267-0.573254284091-0.8701187229860.0317456988767-0.5391743841.60155296661-0.0639539484875-0.1894869961340.622543339888-0.2571186223741.5399261464638.916944926163.243481873269.9058075356
74.38204690171-1.50435830388-2.582840153415.811617220231.826917858794.796044764060.7709666181760.20584245847-0.25899055005-0.691858538261-0.182690215936-0.3758726876950.421357775198-0.5715905271530.03013851468230.94937222395-0.299806917503-0.4258571602270.5918033711320.07409455545330.978291776008-0.49396354884246.095007956949.8774603219
83.29991789062-2.7933140959-2.732897431534.983297754261.036297958287.213311036090.13063343045-0.930038389008-0.5947129081331.56264237210.398354836091-0.398238454160.1496051111880.244932056083-0.3781146259590.822493539726-0.140160435438-0.2031500729450.7854588849330.182371141640.9872713442466.3845022021448.737553123565.4087996768
91.232847299550.7205988322361.13135505434.07776647205-1.874706533344.724561466460.245355368035-0.01949812251130.836639059737-0.6534360337270.189516569573-0.4646181116980.1256556665560.102024685158-0.06182559820220.548584100619-0.4312006488890.04950757050710.766049757485-0.3224903880011.2570209274615.54388440869.596466581454.0252607181
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123.791326218463.403190765071.682715043925.43890029103-1.332054863544.14032613643-0.753448841595-0.0553773810096-0.732277343732-2.08564613799-0.290194018727-0.633165617748-1.71692367019-0.4817796053531.079548426751.23961106920.2091960907840.2832964413320.692799663397-0.1205437549990.74747036303812.203701376739.705199559941.3980296439
131.81813344823-1.113478313842.376956750162.99929482948-0.5679669337614.358141060680.08155459886950.07675044922911.614896453430.1697999821420.084435549653-0.102347119361-0.008923985698750.307930926463-0.3068021083860.6143856538890.03239278825040.05323155465610.483676418059-0.1763391082511.3788378333147.267738157876.646087684531.4595578946
143.799783068823.2262391655-0.3692070607512.73877060826-0.1968703211876.68549691654-0.0199082644288-0.470755894082-0.02632089119110.625433615220.303291858231-0.2745532196851.078921217420.158370873804-0.145919805520.501980163740.368958096482-0.2450327687430.777387077713-0.2875871913620.76616087563556.733497864155.764405621841.0784593741
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 289 through 389 )AA289 - 3891 - 101
22chain 'A' and (resid 390 through 450 )AA390 - 450102 - 162
33chain 'A' and (resid 451 through 522 )AA451 - 522163 - 234
44chain 'A' and (resid 523 through 553 )AA523 - 553235 - 265
55chain 'B' and (resid 289 through 472 )BC289 - 4721 - 184
66chain 'B' and (resid 473 through 553 )BC473 - 553185 - 265
77chain 'C' and (resid 289 through 341 )CE289 - 3411 - 53
88chain 'C' and (resid 342 through 389 )CE342 - 38954 - 101
99chain 'C' and (resid 390 through 483 )CE390 - 483102 - 195
1010chain 'C' and (resid 484 through 522 )CE484 - 522196 - 234
1111chain 'C' and (resid 523 through 539 )CE523 - 539235 - 251
1212chain 'C' and (resid 540 through 553 )CE540 - 553252 - 265
1313chain 'D' and (resid 289 through 389 )DG289 - 3891 - 101
1414chain 'D' and (resid 390 through 494 )DG390 - 494102 - 206
1515chain 'D' and (resid 495 through 553 )DG495 - 553207 - 265
1616chain 'E' and (resid 289 through 389 )EI289 - 3891 - 101
1717chain 'E' and (resid 390 through 459 )EI390 - 459102 - 171
1818chain 'E' and (resid 460 through 494 )EI460 - 494172 - 206
1919chain 'E' and (resid 495 through 522 )EI495 - 522207 - 234
2020chain 'E' and (resid 523 through 539 )EI523 - 539235 - 251
2121chain 'E' and (resid 540 through 553 )EI540 - 553252 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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