+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dp6 | ||||||
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Title | Crystal structure of Helicobacter pylori EgtU | ||||||
Components | Osmoprotection protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / EgtU / EGT / transporter / ABC transporter | ||||||
Function / homology | ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / Osmoprotection protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.3 Å | ||||||
Authors | Duncan-Lowey, B. / Zhou, W. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2022 Title: A microbial transporter of the dietary antioxidant ergothioneine. Authors: Dumitrescu, D.G. / Gordon, E.M. / Kovalyova, Y. / Seminara, A.B. / Duncan-Lowey, B. / Forster, E.R. / Zhou, W. / Booth, C.J. / Shen, A. / Kranzusch, P.J. / Hatzios, S.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8dp6.cif.gz | 291.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8dp6.ent.gz | 195.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8dp6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/8dp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/8dp6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8dp7C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31561.236 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 245-516 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (strain P12) (bacteria) Strain: P12 / Gene: proWX, HPP12_0825 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B6JM49 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 Details: 0.3 M ammonium sulfate, 22% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, pH 4.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→39.53 Å / Num. obs: 137306 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 12.57 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 8.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 13237 / CC1/2: 0.324 / Rpim(I) all: 0.952 / % possible all: 84.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.3→39.53 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→39.53 Å
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LS refinement shell | Resolution: 1.3→1.32 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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