+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dp7 | ||||||
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Title | Structure of Helicobacter pylori EgtU bound to EGT | ||||||
Components | Osmoprotection protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / EgtU / EGT / transporter / ABC transporter | ||||||
Function / homology | Function and homology information transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.35 Å | ||||||
Authors | Duncan-Lowey, B. / Zhou, W. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2022 Title: A microbial transporter of the dietary antioxidant ergothioneine. Authors: Dumitrescu, D.G. / Gordon, E.M. / Kovalyova, Y. / Seminara, A.B. / Duncan-Lowey, B. / Forster, E.R. / Zhou, W. / Booth, C.J. / Shen, A. / Kranzusch, P.J. / Hatzios, S.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8dp7.cif.gz | 666.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8dp7.ent.gz | 471.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8dp7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/8dp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/8dp7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8dp6SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31561.236 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP residues 245-516 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (strain P12) (bacteria) Strain: P12 / Gene: proWX, HPP12_0825 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B6JM49 #2: Chemical | ChemComp-LW8 / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 22% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.35→39.54 Å / Num. obs: 25843 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 102.64 Å2 / CC1/2: 0.854 / Rpim(I) all: 0.42 / Net I/σ(I): 4.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.35→39.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4620 / CC1/2: 0.119 / Rpim(I) all: 3.422 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 8DP6 Resolution: 3.35→39.54 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 97.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.35→39.54 Å
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LS refinement shell | Resolution: 3.35→3.58 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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