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- PDB-8dov: Crystal structure of the Shr Hemoglobin Interacting Domain 2 (HID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dov
タイトルCrystal structure of the Shr Hemoglobin Interacting Domain 2 (HID2) in complex with Hemoglobin
要素
  • (Hemoglobin subunit ...) x 2
  • Heme-binding protein Shr
キーワードTRANSPORT PROTEIN / DUF1533 / hemoglobin / heme / HID / complex / beta-sandwich / globin / Shr
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type ...Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Globin/Protoglobin / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Globin domain profile. / Globin / Globin / Leucine-rich repeat domain superfamily / Globin-like superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain.
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme-binding protein Shr / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Macdonald, R. / Mahoney, B.J. / Cascio, D. / Clubb, R.T.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI52217 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1716948 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007185 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: The Shr receptor from Streptococcus pyogenes uses a cap and release mechanism to acquire heme-iron from human hemoglobin.
著者: Macdonald, R. / Mahoney, B.J. / Soule, J. / Goring, A.K. / Ford, J. / Loo, J.A. / Cascio, D. / Clubb, R.T.
履歴
登録2022年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
I: Heme-binding protein Shr
J: Heme-binding protein Shr
K: Heme-binding protein Shr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,41422
ポリマ－161,20611
非ポリマー5,20811
水3,009167
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
J: Heme-binding protein Shr
K: Heme-binding protein Shr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,51913
ポリマ－86,7776
非ポリマー2,7427
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
I: Heme-binding protein Shr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8959
ポリマ－74,4295
非ポリマー2,4664
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)216.760, 116.450, 70.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
Hemoglobin subunit ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 断片: Shr_HID2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 4 / 断片: Hb_alpha / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

-
タンパク質 , 1種, 3分子 IJK

#3: タンパク質 Heme-binding protein Shr


分子量: 12347.937 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 175-285 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal Ser scar after cleavage of tags. Expressed construct comprises amino acid residues 175-285 of the full-length Shr protein.
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: shr / プラスミド: pHis-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0LFQ8

-
非ポリマー , 3種, 178分子

#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 11% PEG-6000, 100mM sodium acetate, 240mM lithium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→62.43 Å / Num. obs: 98797 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.245 % / Biso Wilson estimate: 59.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 13.38 / Num. measured all: 320616 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.153.2870.7651.5923104757570280.5620.91392.8
2.15-2.213.3090.5972.0923771733571830.6790.71397.9
2.21-2.283.2830.472.6922781710369390.7760.56297.7
2.28-2.353.2720.3433.622059690567420.8610.4197.6
2.35-2.423.1930.2644.620892673465430.9170.31897.2
2.42-2.513.0360.1915.8518673651861510.9510.2394.4
2.51-2.63.310.1497.9420230627261120.9710.17897.4
2.6-2.713.3390.1199.7419733602259090.9810.14298.1
2.71-2.833.2950.08912.5618816579357100.9890.10698.6
2.83-2.973.2540.0715.5917776555854620.9920.08398.3
2.97-3.133.1650.05718.1516193523151170.9950.06997.8
3.13-3.323.0610.04720.8414530501047470.9960.05794.8
3.32-3.553.3210.04325.3315375471046290.9960.05198.3
3.55-3.833.2930.03928.0114058434742690.9960.04698.2
3.83-4.23.220.03629.1812699404639440.9970.04397.5
4.2-4.693.0740.03529.6210757365634990.9960.04295.7
4.69-5.423.2960.03430.9510006322230360.9970.04194.2
5.42-6.643.3490.03330.938874271326500.9970.03997.7
6.64-9.383.2050.0331.396411213920000.9980.03693.5
9.38-62.433.4410.02933.553878120111270.9980.03593.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å70.94 Å
Translation3.1 Å70.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (20-OCT-2021)精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSBUILT=20170615データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DKQ 1IRD

6dkq

1ird


解像度: 2.1→62.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.174
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 9878 10 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.2174 98773 97 %-
原子変位パラメータBiso max: 155.47 Å2 / Biso mean: 70.69 Å2 / Biso min: 39.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4823 Å20 Å2-0.8559 Å2
2--2.4479 Å20 Å2
3----2.9302 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→62.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11107 0 362 167 11636
Biso mean--59.82 58.15 -
残基数----1466
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3945SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2224HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11807HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1495SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8342SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11807HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16092HARMONIC20.86
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.49
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3292 198 10.02 %
Rwork0.3164 1778 -
all0.3178 1976 -
obs--90.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2533.5993-2.99936.8274-3.39323.2734-0.1347-0.79250.6486-0.0071-0.0408-0.2198-0.24380.79710.1755-0.13090.0956-0.07090.0161-0.18120.016885.569420.38638.9858
24.2572-0.03580.15642.36590.03452.0072-0.1707-0.3975-0.03110.11060.14350.06830.1640.0740.0272-0.05570.11-0.0118-0.0115-0.0569-0.116179.88442.542238.2723
31.0858-0.5662-0.30442.33860.66951.1725-0.0689-0.09240.1163-0.06740.0819-0.0862-0.06360.136-0.013-0.00640.0358-0.03230.0296-0.0921-0.049979.151913.102132.4896
46.4783-0.51244.09688.3596-7.950915.12740.1654-0.51760.0268-0.1821-0.1874-0.1844-0.26360.77330.022-0.1591-0.23060.0470.146-0.1842-0.159698.37631.02297.7832
54.97450.46540.19436.05040.99584.1091-0.10510.07130.617-0.54290.2164-0.1955-0.77760.3387-0.11130.0741-0.25710.0955-0.135-0.1313-0.196187.409515.91233.7611
63.3805-0.2032-0.10182.86750.63512.4615-0.0618-0.30540.2568-0.0650.2119-0.0041-0.35880.3766-0.15-0.0275-0.19010.07450.1012-0.1592-0.136787.43915.33399.4399
711.247-2.19585.029214.87832.48243.5409-0.173-0.19721.068-0.75170.23742.2960.4747-0.5738-0.0644-0.5797-0.127-0.4424-0.29920.11650.94299.4469-0.0823-4.1509
86.54261.0780.391610.9745-0.89545.3657-0.10980.0883-0.3206-1.42610.04751.01690.7913-0.26340.0623-0.0723-0.1766-0.2378-0.25250.0798-0.073921.5103-14.529-4.8384
95.01191.9661-0.11525.45381.45152.9630.0223-0.22650.1657-0.2158-0.16121.10820.1637-0.45450.1389-0.1918-0.0823-0.12270.01260.07340.059119.6515-3.20330.1508
103.96012.5132-0.12066.80547.28456.9820.08950.06920.033-0.07370.26040.7309-0.4929-0.9462-0.3499-0.20040.08240.06190.0450.30640.112614.1469-18.671929.9196
114.09420.50190.28774.1182-0.5352.86270.0957-0.32360.72160.56290.36340.5557-0.7264-0.6253-0.4591-0.11980.18930.2738-0.15960.27020.206919.4795-0.51530.769
122.3232-0.6596-0.20025.3877-1.88322.24260.24150.20740.3220.01880.25120.5349-0.0083-0.4331-0.4927-0.12520.03910.1137-0.0070.23450.086821.8219-11.157925.3527
1312.866112.0026-1.588232.5063-1.35215.5113-0.2633-0.2528-0.27790.02420.3731.2917-0.4875-0.5691-0.1097-0.35080.1448-0.08780.0239-0.0069-0.066454.934716.124933.4314
144.8267-0.16150.44262.99080.97993.50670.02750.35280.4164-0.51910.04030.1418-0.50280.0548-0.06770.08160.0557-0.0659-0.0708-0.0548-0.090269.600228.378221.9414
1511.85330.7419-1.65243.0955-0.86676.53470.22740.5935-0.4497-0.6760.03560.2333-0.0435-0.336-0.2630.01670.0493-0.185-0.1928-0.0792-0.07459.194515.854915.5254
162.2014-0.17091.15332.0522-0.5285.88310.0208-0.0435-0.1087-0.17620.04770.3982-0.0594-0.2447-0.0684-0.07270.0826-0.0802-0.0532-0.08670.03863.642614.17228.4182
1710.6135-9.88886.982417.9815-6.517711.9074-0.25450.2097-0.2864-0.8390.26850.6665-0.2223-0.2174-0.014-0.0464-0.1989-0.0536-0.082-0.112-0.126870.3626-6.3653-3.6997
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337.5159-0.68273.23491.6598-1.26753.0939-0.027-1.6458-1.0357-0.07160.17850.23190.1183-0.6809-0.1515-0.20260.10970.04470.29370.2187-0.11790.0901-9.51951.7634
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3515.2762-0.3017-9.861918.0124-5.75165.8761-0.2388-0.1539-0.78161.173-0.12812.45130.2663-0.21640.3669-0.4866-0.07330.3756-0.6737-0.10440.779555.3454-29.685622.0502
364.137-1.4363-1.178617.99233.50265.2894-0.40040.0291-1.01840.95670.05182.61060.6844-0.03180.3486-0.1593-0.02180.2612-0.3601-0.02370.370864.5828-30.299317.8279
370.8723-4.6181-4.141713.4629-0.07768.9073-0.1288-1.0969-1.80761.3525-0.0412.55341.0726-0.59260.1698-0.22610.03880.6389-0.70710.08550.528959.2974-37.015523.3878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 20}A1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2{A|21 - 93}A21 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3{A|94 - 142}A94 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4{C|1 - 20}C1 - 20
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7X-RAY DIFFRACTION7{E|1 - 20}E1 - 20
8X-RAY DIFFRACTION8{E|21 - 93}E21 - 93
9X-RAY DIFFRACTION9{E|94 - 142}E94 - 142
10X-RAY DIFFRACTION10{G|1 - 20}G1 - 20
11X-RAY DIFFRACTION11{G|21 - 93}G21 - 93
12X-RAY DIFFRACTION12{G|94 - 142}G94 - 142
13X-RAY DIFFRACTION13{B|1 - 23}B1 - 23
14X-RAY DIFFRACTION14{B|24 - 72}B24 - 72
15X-RAY DIFFRACTION15{B|73 - 103}B73 - 103
16X-RAY DIFFRACTION16{B|104 - 147}B104 - 147
17X-RAY DIFFRACTION17{D|1 - 23}D1 - 23
18X-RAY DIFFRACTION18{D|24 - 72}D24 - 72
19X-RAY DIFFRACTION19{D|73 - 103}D73 - 103
20X-RAY DIFFRACTION20{D|104 - 147}D104 - 147
21X-RAY DIFFRACTION21{F|1 - 23}F1 - 23
22X-RAY DIFFRACTION22{F|24 - 72}F24 - 72
23X-RAY DIFFRACTION23{F|73 - 103}F73 - 103
24X-RAY DIFFRACTION24{F|104 - 147}F104 - 147
25X-RAY DIFFRACTION25{H|1 - 23}H1 - 23
26X-RAY DIFFRACTION26{H|24 - 72}H24 - 72
27X-RAY DIFFRACTION27{H|73 - 103}H73 - 103
28X-RAY DIFFRACTION28{H|104 - 147}H104 - 147
29X-RAY DIFFRACTION29{I|174 - 186}I174 - 186
30X-RAY DIFFRACTION30{I|187 - 258}I187 - 258
31X-RAY DIFFRACTION31{I|259 - 285}I259 - 285
32X-RAY DIFFRACTION32{J|174 - 186}J174 - 186
33X-RAY DIFFRACTION33{J|187 - 258}J187 - 258
34X-RAY DIFFRACTION34{J|259 - 285}J259 - 285
35X-RAY DIFFRACTION35{K|174 - 186}K174 - 186
36X-RAY DIFFRACTION36{K|187 - 258}K187 - 258
37X-RAY DIFFRACTION37{K|259 - 285}K259 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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