PDB-8doi: Dehaloperoxidase B in complex with 2,2'-Biphenol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8doi

タイトル

Dehaloperoxidase B in complex with 2,2'-Biphenol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehaloperoxidase B / heme peroxidase / peroxigenase / oxygen binding / heme cofactor oxidorductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

de Serrano, V.S. / Yun, D. / Ghiladi, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Oxidation of bisphenol A (BPA) and related compounds by the multifunctional catalytic globin dehaloperoxidase.
著者: Yun, D. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8doi.cif.gz	132.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8doi.ent.gz	100.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8doi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8doi_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8doi_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8doi_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	8doi_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8doi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8doi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dogC 8dohC 8dojC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.239, 67.702, 68.038
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 7種, 156分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-5VL / 2-(2-hydroxyphenyl)phenol / 2,2′-ビフェノ-ル分子量: 186.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, Ammonium Sulfate, Sodium Cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→37.32 Å / Num. obs: 21108 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.24
反射シェル	解像度: 1.93→1.98 Å / Num. unique obs: 1439 / CC_1/2: 0.542

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.93→37.318 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 8.014 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2291	1005	4.761 %
R_work	0.174	20103	-
all	0.177	-	-
obs	-	21108	99.59 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.484 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.217 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.487 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→37.318 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2133	0	199	137	2469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.912	1.698	3803
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.551	1.622	5778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.704	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.27	22.895	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.816	15	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.171	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.268	0.2	796
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.16	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.145	1.728	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.141	1.726	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.78	2.588	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.781	2.589	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.87	2.108	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.869	2.11	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.768	3.05	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.768	3.05	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.788	23.075	3517
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.773	22.998	3499

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.98	0.337	89	0.28	1439	X-RAY DIFFRACTION	98.6443
1.98-2.034	0.274	78	0.234	1394	X-RAY DIFFRACTION	99.4595
2.034-2.093	0.242	62	0.197	1411	X-RAY DIFFRACTION	99.7967
2.093-2.157	0.225	79	0.169	1310	X-RAY DIFFRACTION	99.9281
2.157-2.228	0.187	65	0.158	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.228-2.306	0.205	56	0.165	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.306-2.393	0.238	56	0.16	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.393-2.49	0.194	50	0.139	1195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.601	0.218	69	0.15	1122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.601-2.727	0.191	44	0.156	1111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.727-2.874	0.221	41	0.161	1036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.874-3.048	0.224	62	0.153	972	X-RAY DIFFRACTION	99.807
3.048-3.257	0.282	41	0.183	943	X-RAY DIFFRACTION	99.8985
3.257-3.517	0.178	32	0.159	879	X-RAY DIFFRACTION	99.5628
3.517-3.851	0.204	44	0.168	796	X-RAY DIFFRACTION	99.6441
3.851-4.302	0.199	31	0.155	745	X-RAY DIFFRACTION	99.106
4.302-4.961	0.235	37	0.155	640	X-RAY DIFFRACTION	98.9766
4.961-6.059	0.394	26	0.227	562	X-RAY DIFFRACTION	98.6577
6.059-8.502	0.205	22	0.197	443	X-RAY DIFFRACTION	97.8947
8.502-37.318	0.234	21	0.253	259	X-RAY DIFFRACTION	95.8904

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.253	-0.1024	0.4147	0.2602	0.2451	1.4623	-0.0391	0.027	-0.0044	-0.0074	0.023	0.0112	-0.1032	0.1138	0.0162	0.0267	-0.0118	0.008	0.021	0.0088	0.0122	-8.9579	-4.2144	14.9596
2	0.5456	-0.2479	-0.2389	0.7466	0.1127	0.3073	-0.03	0.0068	0.0466	0.0582	0.0001	0.045	0.0682	-0.0143	0.03	0.02	-0.0008	0.0135	0.0121	-0.0111	0.0306	-36.0923	-2.3391	11.9116

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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