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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8doh | ||||||
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Title | Dehaloperoxidase B in complex with Bisphenol F | ||||||
![]() | Dehaloperoxidase B | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | de Serrano, V.S. / Yun, D. / Ghiladi, R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Oxidation of bisphenol A (BPA) and related compounds by the multifunctional catalytic globin dehaloperoxidase. Authors: Yun, D. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 135.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 102.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8dogC ![]() 8doiC ![]() 8dojC ![]() 3ixfS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 15414.462 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 196 molecules ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/T0U.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/T0U.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.2 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: MPEG 2000, Ammonium Sulfate, Sodium Cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.75→37.56 Å / Num. obs: 34127 / % possible obs: 98.81 % / Redundancy: 4.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 23.45 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.79 Å / Num. unique obs: 1803 / CC1/2: 0.802 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3IXF Resolution: 1.75→37.298 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.375 / SU ML: 0.091 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.129 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.776 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→37.298 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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