PDB-8doh: Dehaloperoxidase B in complex with Bisphenol F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8doh

タイトル

Dehaloperoxidase B in complex with Bisphenol F

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehaloperoxidase B / heme peroxidase / peroxigenase / oxygen binding / heme cofactor / oxidorductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

de Serrano, V.S. / Yun, D. / Ghiladi, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Oxidation of bisphenol A (BPA) and related compounds by the multifunctional catalytic globin dehaloperoxidase.
著者: Yun, D. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8doh.cif.gz	135.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8doh.ent.gz	102.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8doh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8doh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8doh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dogC 8doiC 8dojC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.672, 67.281, 67.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-T0U / 4,4'-methylenediphenol / Bisphenol F / 4,4′-メチレンビスフェノ-ル分子量: 200.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, Ammonium Sulfate, Sodium Cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→37.56 Å / Num. obs: 34127 / % possible obs: 98.81 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 23.45
反射シェル	解像度: 1.75→1.79 Å / Num. unique obs: 1803 / CC_1/2: 0.802

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.75→37.298 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 5.375 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2197	1397	4.994 %
R_work	0.1697	26576	-
all	0.172	-	-
obs	-	27973	98.806 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.776 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.856 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.179 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.677 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→37.298 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2139	0	143	187	2469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2814
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.045	1.7	3881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.627	1.624	5834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.767	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.195	23.077	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.437	15	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.78	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.255	0.2	828
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	189
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.14	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.291	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.019	1.442	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.013	1.441	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.531	2.158	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.533	2.159	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.691	1.719	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.686	1.707	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.591	2.506	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.584	2.487	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.591	18.909	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.553	18.701	3614

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.792	0.38	93	0.336	1803	X-RAY DIFFRACTION	91.905
1.792-1.841	0.302	102	0.251	1917	X-RAY DIFFRACTION	99.2625
1.841-1.895	0.271	86	0.211	1818	X-RAY DIFFRACTION	99.6337
1.895-1.953	0.237	100	0.186	1806	X-RAY DIFFRACTION	99.7384
1.953-2.017	0.243	115	0.171	1727	X-RAY DIFFRACTION	99.9457
2.017-2.087	0.216	74	0.168	1706	X-RAY DIFFRACTION	99.7199
2.087-2.166	0.231	92	0.155	1632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.166-2.254	0.226	88	0.156	1588	X-RAY DIFFRACTION	99.8213
2.254-2.354	0.227	63	0.157	1512	X-RAY DIFFRACTION	99.6835
2.354-2.469	0.202	84	0.137	1443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.469-2.602	0.205	63	0.144	1406	X-RAY DIFFRACTION	99.932
2.602-2.759	0.209	69	0.145	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.759-2.949	0.181	71	0.143	1245	X-RAY DIFFRACTION	99.9241
2.949-3.185	0.212	47	0.17	1175	X-RAY DIFFRACTION	99.9182
3.185-3.487	0.213	74	0.172	1048	X-RAY DIFFRACTION	99.4681
3.487-3.896	0.217	45	0.162	968	X-RAY DIFFRACTION	98.4451
3.896-4.494	0.177	45	0.145	858	X-RAY DIFFRACTION	97.6216
4.494-5.491	0.251	47	0.177	702	X-RAY DIFFRACTION	96.5206
5.491-7.715	0.229	24	0.212	583	X-RAY DIFFRACTION	96.0443
7.715-37.298	0.162	15	0.212	341	X-RAY DIFFRACTION	91.9897

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1386	0.3781	-0.157	1.234	-0.8326	1.0506	-0.0444	-0.0403	-0.0057	-0.1105	-0.1057	-0.0878	0.0746	0.0216	0.1502	0.0731	0.0132	0.0113	0.0189	0.0046	0.0315	5.8243	-2.3393	21.2887
2	0.3131	-0.0274	0.0349	0.6189	-0.1784	0.7317	-0.0127	0.0279	-0.0121	0.0318	0.0321	-0.009	-0.0183	-0.0378	-0.0194	0.0721	0.009	0.0052	0.026	0.0052	0.0031	-21.3501	-5.0324	19.2334

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 137

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 196分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 196分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 196分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)