PDB-8dog: Dehaloperoxidase B in complex with Bisphenol E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dog

タイトル

Dehaloperoxidase B in complex with Bisphenol E

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehaloperoxidase B / heme peroxidase / peroxigenase / oxygen binding / heme cofactor oxidorductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

de Serrano, V.S. / Yun, D. / Ghiladi, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Oxidation of bisphenol A (BPA) and related compounds by the multifunctional catalytic globin dehaloperoxidase.
著者: Yun, D. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dog.cif.gz	147 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dog.ent.gz	112 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dog.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dog_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dog_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8dog_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	8dog_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8dog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8dog	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dohC 8doiC 8dojC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.827, 67.344, 67.656
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(21) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 270分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-H48 / 4-[1-(4-hydroxyphenyl)ethyl]phenol / ビスフェノ-ルE 分子量: 214.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, Ammonium Sulfate, Sodium Cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→37.58 Å / Num. obs: 46747 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 1.48→1.518 Å / Num. unique obs: 3013 / CC_1/2: 0.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.48→37.578 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 2.95 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.172	2234	4.779 %
R_work	0.1261	44513	-
all	0.128	-	-
obs	-	46747	99.24 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.421 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.393 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.061 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.332 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→37.578 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2132	0	145	261	2538

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.09	1.697	3814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.706	1.623	5729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.775	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.472	23.333	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.581	15	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.464	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	717
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.27	0.2	747
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.149	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.147	1.232	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.139	1.231	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.552	1.862	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.551	1.863	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.519	1.545	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.515	1.541	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.943	2.191	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.939	2.181	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.826	16.094	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.675	15.658	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.043	3	5232

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.518	0.398	174	0.283	3013	X-RAY DIFFRACTION	92.5646
1.518-1.559	0.276	156	0.225	3113	X-RAY DIFFRACTION	98.0504
1.559-1.604	0.214	147	0.163	3099	X-RAY DIFFRACTION	99.8155
1.604-1.654	0.183	140	0.121	3030	X-RAY DIFFRACTION	99.9055
1.654-1.708	0.2	136	0.103	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.708-1.768	0.172	157	0.103	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.768-1.834	0.175	155	0.104	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.9651
1.834-1.909	0.16	125	0.097	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.909-1.994	0.161	141	0.096	2500	X-RAY DIFFRACTION	99.9622
1.994-2.091	0.163	138	0.1	2419	X-RAY DIFFRACTION	99.9609
2.091-2.204	0.159	115	0.104	2311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.204-2.337	0.171	95	0.1	2215	X-RAY DIFFRACTION	99.8703
2.337-2.498	0.145	104	0.097	2052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.498-2.698	0.145	66	0.111	1975	X-RAY DIFFRACTION	99.951
2.698-2.954	0.155	90	0.113	1784	X-RAY DIFFRACTION	99.9467
2.954-3.301	0.149	75	0.118	1624	X-RAY DIFFRACTION	99.9412
3.301-3.809	0.181	82	0.129	1447	X-RAY DIFFRACTION	100
3.809-4.658	0.119	58	0.126	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
4.658-6.556	0.158	46	0.199	985	X-RAY DIFFRACTION	100
6.556-37.578	0.212	34	0.21	592	X-RAY DIFFRACTION	99.3651

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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