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- PDB-8dnt: SARS-CoV-2 specific T cell receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dnt
タイトルSARS-CoV-2 specific T cell receptor
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen alpha chain
  • Nucleoprotein
  • T-cell receptor alpha chain
  • T-cell receptor beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR complex / MHC / HLA / SARS-CoV-2
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / VEGFR2 mediated vascular permeability / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / molecular condensate scaffold activity / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / RNA stem-loop binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / viral capsid / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / PIP3 activates AKT signaling / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / early endosome membrane / protein homotetramerization / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / amyloid fibril formation / Induction of Cell-Cell Fusion / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / ribonucleoprotein complex / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
Model detailscomplex with HLA-A2 and peptide
データ登録者Gallagher, D.T. / Wu, D. / Gowthaman, R. / Pierce, B.G. / Mariuzza, R.A. / Weng, N.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government1131030_SEED_01_RM 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: SARS-CoV-2 infection establishes a stable and age-independent CD8 + T cell response against a dominant nucleocapsid epitope using restricted T cell receptors.
著者: Choy, C. / Chen, J. / Li, J. / Gallagher, D.T. / Lu, J. / Wu, D. / Zou, A. / Hemani, H. / Baptiste, B.A. / Wichmann, E. / Yang, Q. / Ciffelo, J. / Yin, R. / McKelvy, J. / Melvin, D. / ...著者: Choy, C. / Chen, J. / Li, J. / Gallagher, D.T. / Lu, J. / Wu, D. / Zou, A. / Hemani, H. / Baptiste, B.A. / Wichmann, E. / Yang, Q. / Ciffelo, J. / Yin, R. / McKelvy, J. / Melvin, D. / Wallace, T. / Dunn, C. / Nguyen, C. / Chia, C.W. / Fan, J. / Ruffolo, J. / Zukley, L. / Shi, G. / Amano, T. / An, Y. / Meirelles, O. / Wu, W.W. / Chou, C.K. / Shen, R.F. / Willis, R.A. / Ko, M.S.H. / Liu, Y.T. / De, S. / Pierce, B.G. / Ferrucci, L. / Egan, J. / Mariuzza, R. / Weng, N.P.
履歴
登録2022年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell receptor alpha chain
B: T-cell receptor beta chain
D: Nucleoprotein
E: MHC class I antigen alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
H: T-cell receptor alpha chain
I: T-cell receptor beta chain
J: Nucleoprotein
K: MHC class I antigen alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: T-cell receptor alpha chain
P: T-cell receptor beta chain
Q: Nucleoprotein
R: MHC class I antigen alpha chain
T: Beta-2-microglobulin
V: T-cell receptor alpha chain
W: T-cell receptor beta chain
X: Nucleoprotein
Y: MHC class I antigen alpha chain
Z: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)379,02420
ポリマ－379,02420
非ポリマー00
水00
1
A: T-cell receptor alpha chain
B: T-cell receptor beta chain
D: Nucleoprotein
E: MHC class I antigen alpha chain
F: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7565
ポリマ－94,7565
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: T-cell receptor alpha chain
I: T-cell receptor beta chain
J: Nucleoprotein
K: MHC class I antigen alpha chain
L: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7565
ポリマ－94,7565
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: T-cell receptor alpha chain
P: T-cell receptor beta chain
Q: Nucleoprotein
R: MHC class I antigen alpha chain
T: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7565
ポリマ－94,7565
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
V: T-cell receptor alpha chain
W: T-cell receptor beta chain
X: Nucleoprotein
Y: MHC class I antigen alpha chain
Z: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7565
ポリマ－94,7565
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)182.158, 121.827, 210.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
T-cell receptor alpha chain


分子量: 22544.775 Da / 分子数: 4 / 断片: TCR alpha from TRAV 12-2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
T-cell receptor beta chain


分子量: 27076.891 Da / 分子数: 4 / 断片: TCR beta from TRBV 7-2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド
Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 1098.317 Da / 分子数: 4 / 断片: LLL peptide from nucleocapsid protein 222-230 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC9
#4: タンパク質
MHC class I antigen alpha chain


分子量: 32156.553 Da / 分子数: 4 / 断片: Human Leukocyte Antigen HLA-A*02:01 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5YKE0
#5: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 % / 解説: bars in clusters
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 13.5% (w/v) PEG 20,000, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→48.7 Å / Num. obs: 64385 / % possible obs: 79.2 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 163220 / Scaling rejects: 68
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.11-3.191.61.381429627080.2491.3771.950.445.5
13.91-48.72.90.02425108730.9990.0170.02937.591.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VRN

6vrn


解像度: 3.18→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 116.722 / SU ML: 0.786 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.775 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3126 2857 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.2256 54229 74.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 322.76 Å2 / Biso mean: 154.18 Å2 / Biso min: 64.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.6 Å20 Å23.88 Å2
2---5.08 Å20 Å2
3----7.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.18→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26214 0 0 0 26214
残基数----3300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01226915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8311.6436588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.71153280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.70522.2071559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.904154238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.97915191
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.23399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0221133
LS精密化 シェル解像度: 3.18→3.262 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 120 -
Rwork0.344 2345 -
all-2465 -
obs--44.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1489-0.2879-0.06060.9873-0.43410.81210.0063-0.03430.028-0.02710.0302-0.03770.0393-0.0261-0.03650.0422-0.02860.03570.0975-0.00450.045260.573718.627963.0183
20.1744-0.07690.16060.19530.19050.5733-0.0548-0.04490.02910.06280.0425-0.03170.0072-0.02730.01220.0638-0.01160.0130.1174-0.01420.035858.798527.188785.2853
30.0557-0.05870.01440.14520.14810.3388-0.02420.01820.07580.0016-0.0462-0.0604-0.0068-0.03410.07040.0619-0.01350.01910.0344-0.00030.150157.969552.252862.6814
40.06170.066-0.02880.1175-0.07110.08430.0004-0.0069-0.0359-0.02240.0002-0.0336-0.01720.0163-0.00060.0423-0.01740.01440.09580.02330.078453.7035-15.500981.1941
50.1313-0.0633-0.21670.6986-0.3250.66780.023-0.0530.05590.07870.0395-0.1184-0.0450.0616-0.06250.0678-0.0277-0.04380.08170.02040.081557.3051-23.77298.0088
60.130.02950.16570.1289-0.16870.6131-0.0451-0.0409-0.025-0.0362-0.0039-0.0209-0.0158-0.02280.0490.0469-0.01940.01020.07630.0450.068911.0904-79.729642.2347
70.22010.11980.21710.64490.53430.5493-0.03190.0299-0.10410.01590.03570.0459-0.05350.0073-0.00380.0635-0.01020.01360.0922-0.00770.07924.6655-85.123519.9007
80.3660.10410.10820.0990.10.10430.0158-0.0798-0.0739-0.0188-0.03640.0137-0.0234-0.02270.02060.0403-0.02440.00930.08390.03840.1045-16.3905-98.962842.29
90.04720.04870.02070.13520.00350.04070.01060.0152-0.01860.02920.0044-0.01790.0023-0.0159-0.0150.0181-0.01190.01270.06210.00630.117834.9177-53.935324.263
100.3681-0.01-0.05080.1131-0.16430.29260.0246-0.05250.0031-0.02690.00570.0245-0.00350.0333-0.03030.0507-0.01630.00830.0598-0.00890.104944.9741-52.83818.099
110.21120.09890.19870.25390.19090.2336-0.03680.0377-0.0140.08540.04190.03290.01820.0486-0.00510.0649-0.020.03470.0826-0.01710.064764.782916.161840.0086
120.92110.1067-0.0810.58-0.1210.0291-0.02180.0297-0.01380.00170.0096-0.03940.0016-0.00570.01220.0266-0.02080.03270.0886-0.00450.074571.916120.232417.6005
130.27380.1683-0.12420.1086-0.04980.30640.019-0.04970.00060.0142-0.04880.0036-0.03630.03090.02990.0178-0.02280.02690.0981-0.00760.091192.196635.538539.5525
140.12520.08770.04990.14340.04920.05320.0265-0.0048-0.00380.0236-0.01810.0067-0.0114-0.0015-0.00840.0246-0.01130.02140.07120.00870.104541.5819-10.713422.7881
150.79090.02840.15270.03120.08050.24840.0188-0.03260.0044-0.01150.0022-0.01650.0101-0.0179-0.0210.0475-0.01980.01610.04310.02170.120933.1855-13.236.1424
160.16870.04710.18250.34310.0550.2023-0.00070.0132-0.04270.04480.0250.0365-0.02120.0258-0.02440.0526-0.02570.00790.06890.02680.091515.3617-81.777365.2523
170.02360.0473-0.01080.310.06870.04550.0193-0.0111-0.0070.038-0.0224-0.00490.00150.00880.00310.0621-0.0064-0.00170.0860.01480.073119.0221-63.302489.3455
180.14880.02490.11730.1211-0.08590.19590.0551-0.00830.0225-0.0102-0.01680.04260.05390.0013-0.03840.0523-0.0041-0.00010.06690.00660.09217.9806-115.28266.1144
190.06950.03860.08070.6697-0.00550.0982-0.0141-0.01720.0065-0.049-0.0015-0.0247-0.016-0.0240.01560.0433-0.02290.02990.08360.01270.060324.677-38.880179.5782
200.1255-0.28970.71251.4197-3.58389.0528-0.4585-0.13340.1771-0.2434-0.1832-0.4180.6478-0.47030.64170.38020.0954-0.04220.2296-0.17840.360438.1121-52.275995.8097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3A110 - 201
4X-RAY DIFFRACTION3B116 - 244
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION4E1 - 275
7X-RAY DIFFRACTION5F1 - 100
8X-RAY DIFFRACTION6H4 - 109
9X-RAY DIFFRACTION7I3 - 115
10X-RAY DIFFRACTION8H110 - 201
11X-RAY DIFFRACTION8I116 - 244
12X-RAY DIFFRACTION9J1 - 9
13X-RAY DIFFRACTION9K1 - 276
14X-RAY DIFFRACTION10L1 - 100
15X-RAY DIFFRACTION11M4 - 109
16X-RAY DIFFRACTION12P3 - 115
17X-RAY DIFFRACTION13M110 - 201
18X-RAY DIFFRACTION13P116 - 244
19X-RAY DIFFRACTION14Q1 - 9
20X-RAY DIFFRACTION14R1 - 278
21X-RAY DIFFRACTION15T1 - 100
22X-RAY DIFFRACTION16V4 - 109
23X-RAY DIFFRACTION17V0
24X-RAY DIFFRACTION18V110 - 201
25X-RAY DIFFRACTION18W116 - 244
26X-RAY DIFFRACTION19X1 - 9
27X-RAY DIFFRACTION19Y1 - 274
28X-RAY DIFFRACTION20Z1 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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