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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dnt | ||||||
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Title | SARS-CoV-2 specific T cell receptor | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / TCR complex / MHC / HLA / SARS-CoV-2 | ||||||
Function / homology | ![]() cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / Interleukin-1 signaling / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / RNA stem-loop binding / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / viral capsid / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / PIP3 activates AKT signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / amyloid fibril formation / Induction of Cell-Cell Fusion / membrane => GO:0016020 / Attachment and Entry / learning or memory / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | complex with HLA-A2 and peptide | ||||||
![]() | Gallagher, D.T. / Wu, D. / Gowthaman, R. / Pierce, B.G. / Mariuzza, R.A. / Weng, N.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: SARS-CoV-2 infection establishes a stable and age-independent CD8 + T cell response against a dominant nucleocapsid epitope using restricted T cell receptors. Authors: Choy, C. / Chen, J. / Li, J. / Gallagher, D.T. / Lu, J. / Wu, D. / Zou, A. / Hemani, H. / Baptiste, B.A. / Wichmann, E. / Yang, Q. / Ciffelo, J. / Yin, R. / McKelvy, J. / Melvin, D. / ...Authors: Choy, C. / Chen, J. / Li, J. / Gallagher, D.T. / Lu, J. / Wu, D. / Zou, A. / Hemani, H. / Baptiste, B.A. / Wichmann, E. / Yang, Q. / Ciffelo, J. / Yin, R. / McKelvy, J. / Melvin, D. / Wallace, T. / Dunn, C. / Nguyen, C. / Chia, C.W. / Fan, J. / Ruffolo, J. / Zukley, L. / Shi, G. / Amano, T. / An, Y. / Meirelles, O. / Wu, W.W. / Chou, C.K. / Shen, R.F. / Willis, R.A. / Ko, M.S.H. / Liu, Y.T. / De, S. / Pierce, B.G. / Ferrucci, L. / Egan, J. / Mariuzza, R. / Weng, N.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6vrnS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22544.775 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: TCR alpha from TRAV 12-2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 27076.891 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: TCR beta from TRBV 7-2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 1098.317 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: LLL peptide from nucleocapsid protein 222-230 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() ![]() References: UniProt: P0DTC9 #4: Protein | Mass: 32156.553 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Human Leukocyte Antigen HLA-A*02:01 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #5: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.47 % / Description: bars in clusters |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 / Details: 13.5% (w/v) PEG 20,000, 0.1 M Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 24, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.11→48.7 Å / Num. obs: 64385 / % possible obs: 79.2 % / Redundancy: 2.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 163220 / Scaling rejects: 68 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6VRN Resolution: 3.18→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 116.722 / SU ML: 0.786 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.775 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 322.76 Å2 / Biso mean: 154.18 Å2 / Biso min: 64.08 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.18→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.18→3.262 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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