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- PDB-8dnn: Crystal structure of neutralizing antibody 80 in complex with SAR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dnn
タイトルCrystal structure of neutralizing antibody 80 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain
要素
  • 80 FAB HEAVY CHAIN
  • 80 FAB LIGHT CHAIN
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / ANTIBODY / VIRAL GLYCOPROTEIN / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Muthuraman, K. / Kucharska, I. / Ivanochko, D. / Julien, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-023398 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: A multi-specific, multi-affinity antibody platform neutralizes sarbecoviruses and confers protection against SARS-CoV-2 in vivo.
著者: Clare Burn Aschner / Krithika Muthuraman / Iga Kucharska / Hong Cui / Katherine Prieto / Manoj S Nair / Maple Wang / Yaoxing Huang / Natasha Christie-Holmes / Betty Poon / Jessica Lam / ...著者: Clare Burn Aschner / Krithika Muthuraman / Iga Kucharska / Hong Cui / Katherine Prieto / Manoj S Nair / Maple Wang / Yaoxing Huang / Natasha Christie-Holmes / Betty Poon / Jessica Lam / Azmiri Sultana / Robert Kozak / Samira Mubareka / John L Rubinstein / Edurne Rujas / Bebhinn Treanor / David D Ho / Arif Jetha / Jean-Philippe Julien /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of coronavirus disease 2019 (COVID-19), has been responsible for a global pandemic. Monoclonal antibodies (mAbs) have ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of coronavirus disease 2019 (COVID-19), has been responsible for a global pandemic. Monoclonal antibodies (mAbs) have been used as antiviral therapeutics; however, these therapeutics have been limited in efficacy by viral sequence variability in emerging variants of concern (VOCs) and in deployment by the need for high doses. In this study, we leveraged the multi-specific, multi-affinity antibody (Multabody, MB) platform, derived from the human apoferritin protomer, to enable the multimerization of antibody fragments. MBs were shown to be highly potent, neutralizing SARS-CoV-2 at lower concentrations than their corresponding mAb counterparts. In mice infected with SARS-CoV-2, a tri-specific MB targeting three regions within the SARS-CoV-2 receptor binding domain was protective at a 30-fold lower dose than a cocktail of the corresponding mAbs. Furthermore, we showed in vitro that mono-specific MBs potently neutralize SARS-CoV-2 VOCs by leveraging augmented avidity, even when corresponding mAbs lose their ability to neutralize potently, and that tri-specific MBs expanded the neutralization breadth beyond SARS-CoV-2 to other sarbecoviruses. Our work demonstrates how avidity and multi-specificity combined can be leveraged to confer protection and resilience against viral diversity that exceeds that of traditional monoclonal antibody therapies.
履歴
登録2022年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: 80 FAB HEAVY CHAIN
C: 80 FAB LIGHT CHAIN
D: Spike protein S1
E: 80 FAB HEAVY CHAIN
F: 80 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,7228
ポリマ－148,2806
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.110, 111.580, 187.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 334 through 345 or (resid 346...
d_2ens_1chain "D"
d_1ens_2(chain "B" and ((resid 1 and (name N or name...
d_2ens_2(chain "E" and (resid 1 through 178 or resid 180 through 214))
d_1ens_3(chain "C" and (resid 1 through 212 or (resid 213...
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNPROA1 - 194
d_12ens_1NAGNAGB
d_21ens_1ASNPROE1 - 194
d_22ens_1NAGNAGF
d_11ens_2GLNLEUC1 - 189
d_12ens_2SERLYSC191 - 225
d_21ens_2GLNLEUG1 - 189
d_22ens_2SERLYSG191 - 225
d_11ens_3ASPGLUD1 - 219
d_21ens_3ASPGLUH1 - 219

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.133505829035, 0.90222701652, 0.41007633957), (0.401086468478, -0.427568266493, 0.810132718937), (0.906259255631, 0.0563186305743, -0.418953903708)3.58035175954, 34.8995190889, -114.418562269
2given(0.226913929022, 0.960958797342, 0.158329588604), (0.340190468941, -0.230537079199, 0.911659530722), (0.912568087135, -0.153006029051, -0.379221098327)-12.3840292509, 48.470496586, -117.447522557
3given(0.250254136583, 0.967347756987, 0.0401395587358), (0.469744955219, -0.157566821462, 0.868626717192), (0.84658876922, -0.198522073903, -0.493838477646)-19.2274856997, 45.466697066, -125.267326419

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 25813.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 80 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 24198.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 80 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 24128.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M di-ammonium tartarate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→29.91 Å / Num. obs: 32395 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 70.22 Å2 / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 6.03
反射 シェル解像度: 3.12→3.231 Å / Num. unique obs: 44891 / CC1/2: 0.615 / % possible all: 99.97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XPREPデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LM8

7lm8


解像度: 3.12→29.91 Å / SU ML: 0.4348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.7772
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1620 5 %
Rwork0.1925 30773 -
obs0.1955 32393 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9837 0 28 0 9865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003510113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.625713765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04521527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.90513607
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.43606772951
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.17243173585
ens_3d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.8884551683
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.12-3.210.39431320.31592509X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.320.35891330.27532525X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.430.30511330.24382526X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.570.3141340.23572539X-RAY DIFFRACTION99.96
3.57-3.730.2751320.22042533X-RAY DIFFRACTION99.96
3.73-3.930.291340.21372528X-RAY DIFFRACTION99.96
3.93-4.180.23951340.18192560X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.50.221360.15192558X-RAY DIFFRACTION100
4.5-4.950.20611350.14492567X-RAY DIFFRACTION100
4.95-5.660.23571350.15722590X-RAY DIFFRACTION99.82
5.66-7.110.23951380.19362614X-RAY DIFFRACTION100
7.11-29.910.2071440.182724X-RAY DIFFRACTION99.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38983476638-2.260594806241.454977576894.75774297615-2.225682533734.390926167850.289730183430.0286165710033-0.0972889869707-0.484755500746-0.356565985169-0.1466268229680.7210975058710.2092079864690.1266927117650.5415812922440.1054680596470.01297742995350.4217220527730.02585626703470.47541305439328.998-56.472-47.484
20.52616763851-1.791925784370.1423046947848.260554325011.313440061331.356111534950.0722239007385-0.1367231962420.03641926030050.312261757392-0.0195975876613-0.1586872880950.2804780723670.298822854606-0.06577385774050.2790289552370.001474272327070.003861784497980.4858029886240.03212582205580.34871909687717.624-20.004-56.013
36.73023391087-2.13644887045-1.198317212045.00545542226-0.02148996085032.05545399687-0.0111629341893-0.320711001143-0.08108935340810.497130191544-0.07336709919920.292340169348-0.0498848358652-0.176818838160.124223998580.346510209927-0.018329882737-0.003223477470960.43098031105-0.05706069413220.2956462805390.0318.323-50.209
42.49450377407-3.426048145520.8062630098046.49234033295-0.827669074921.33039326940.3262620947020.233589379691-0.296680599896-0.758881859027-0.3291903979560.5041522610780.2504172543860.0103649942159-0.00156122285260.3882856714780.00780517885553-0.06762163305890.439270638604-0.08302452030620.4532655368553.583-19.417-73.674
54.582700585263.221525888512.785731931145.076569078832.262946923523.217780318280.06204473483980.08498949598680.08871727132780.0459401201631-0.0160016722646-0.162950388262-0.133742732925-0.204889467581-0.01580254225140.3194692128510.07504288484910.06198612204820.396579693945-0.03836561445580.3581316035033.39816.097-63.144
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 334:528 )A334 - 528
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:123 )B1 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 124:216 )B124 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 1:113 )C1 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 114:214 )C114 - 214
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 334:527 )D334 - 527
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN E AND RESID 2:122 )E2 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN E AND RESID 123:214 )E123 - 214
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN F AND RESID 1:113 )F1 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN F AND RESID 114:213 )F114 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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