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- PDB-8dnd: Crystal structure of Bothrops pirajai Piratoxin-I (PrTX-I) and sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dnd
タイトルCrystal structure of Bothrops pirajai Piratoxin-I (PrTX-I) and synthetic inhibitor Varespladib (LY315920)
要素Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / PrTX-I / varespladib / Bothrops pirajai / PLA2-like toxin / TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VRD / Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops pirajai (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.018 Å
データ登録者Salvador, G.H.M. / Fontes, M.R.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2020/10143-7 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the myotoxic inhibition of the Bothrops pirajai PrTX-I by the synthetic varespladib.
著者: Salvador, G.H.M. / Pinto, E.K.R. / Ortolani, P.L. / Fortes-Dias, C.L. / Cavalcante, W.L.G. / Soares, A.M. / Lomonte, B. / Lewin, M.R. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2022年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1
A: Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0349
ポリマ－27,5082
非ポリマー1,5257
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.748, 72.660, 44.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-323-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1 / svPLA2 homolog / Myotoxin SIV-SP5 / Piratoxin-I / PrTX-I


分子量: 13754.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops pirajai (ヘビ) / 組織: venom gland / 参照: UniProt: P58399
#2: 化合物 ChemComp-VRD / ({3-[amino(oxo)acetyl]-1-benzyl-2-ethyl-1H-indol-4-yl}oxy)acetic acid / Varespladib / バレスプラジブ


分子量: 380.394 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5 and 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.425 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月15日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.018→50.32 Å / Num. obs: 15085 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 25.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.02-2.136.30.6641375921880.8260.2860.7242.6100
6.38-50.325.90.04733135570.9990.0210.0523099.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.7 Å50.32 Å
Translation3.7 Å50.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2q2j

2q2j


解像度: 2.018→50.317 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 823 5.47 %
Rwork0.1916 14227 -
obs0.193 15050 97.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.48 Å2 / Biso mean: 31.0594 Å2 / Biso min: 12.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.018→50.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1866 0 104 165 2135
Biso mean--46.71 34.86 -
残基数----242
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.018-2.14440.27461250.23882355100
2.1444-2.310.26861200.2228209688
2.31-2.54240.25881510.20842376100
2.5424-2.91030.21981540.20782402100
2.9103-3.66650.19091250.17782443100
3.6665-50.3170.19441480.17112555100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18620.3488-0.35277.47722.86943.3677-0.0836-0.02880.17610.01220.02780.6308-0.126-0.21840.0560.1502-0.00880.01180.20840.02280.2036-29.21896.6474-15.5947
26.6859-0.34882.98053.29981.9538.0390.1304-0.0895-0.54680.7150.32840.00580.31030.0638-0.38620.25280.00570.02090.19640.0150.2036-24.0116-1.6071-12.8334
33.25360.66010.17045.19171.11232.85060.1533-0.45560.47320.42230.0431-0.97090.07430.8987-0.18650.24810.0083-0.04930.4204-0.08490.4144-11.32444.1519-16.2247
43.1606-2.3174-0.16288.0741-0.52272.6803-0.12160.07080.29750.05830.1483-0.6671-0.14420.4175-0.00110.1782-0.02480.00360.2159-0.02250.2704-15.36139.7187-21.3608
53.43572.1941-1.08065.2834-0.83831.40680.0279-0.15810.56250.0533-0.02660.7589-0.4188-0.16220.01130.23360.02490.0250.1977-0.0170.3056-30.352514.045-18.4862
60.6361-1.3724-0.50384.5424-0.05791.22830.2031-0.48081.3402-0.0197-0.36350.2953-0.35910.11760.29450.21750.03510.01210.2684-0.03330.5719-33.229319.8173-22.2658
71.5253-0.2992-0.20842.6356-0.0471.28270.07340.09030.2178-0.2636-0.1093-0.1693-0.1848-0.1055-0.01580.1631-0.01540.02770.1587-0.00720.2148-25.476411.5593-23.0764
87.034-0.49891.49793.924-0.59525.8655-0.0147-0.3417-0.1710.4082-0.178-0.40710.67070.42580.15480.31570.0129-0.02420.2088-0.0190.1862-16.3518-6.161-19.695
92.07560.3122-0.54967.50362.65151.148-0.2036-0.4690.42740.50970.4169-1.06830.10020.08260.0030.59940.2527-0.07370.79010.13680.5206-9-1.1073-10.4839
103.5948-0.333-0.15992.0594-0.12383.08530.1043-0.1808-0.28970.0452-0.2253-0.5873-0.38910.80780.25250.2505-0.0423-0.07350.5323-0.07820.6569-4.700410.6648-21.1291
113.17120.44980.18912.36530.50842.4297-0.11380.22110.0774-0.1529-0.0309-0.0201-0.14740.1670.10080.2276-0.0073-0.02660.20760.01340.1894-16.2557.36362.8167
123.74380.21091.0261.5693-1.13893.2452-0.70030.71140.6064-0.21880.2069-0.0159-0.97120.34770.14180.6804-0.2018-0.22850.45210.19350.4772-8.471620.3405-1.8621
132.56491.994-0.2635.1643-0.73831.9761-0.34090.18420.0206-0.13630.2456-0.3806-0.12630.50360.10450.2042-0.0283-0.02170.27690.00160.196-5.068510.89917.2616
144.92761.38130.48471.0931-0.93332.99630.02720.13610.1008-0.2497-0.07460.40290.1119-0.2030.10880.2001-0.01230.0110.1657-0.02240.1258-26.84484.06442.7232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 13 )B1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 15 through 22 )B15 - 22
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 23 through 39 )B23 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 40 through 57 )B40 - 57
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 58 through 82 )B58 - 82
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 83 through 88 )B83 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 90 through 108 )B90 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 109 through 117 )B109 - 117
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 118 through 125 )B118 - 125
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 126 through 133 )B126 - 133
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1 through 57 )A1 - 57
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 58 through 74 )A58 - 74
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 75 through 112 )A75 - 112
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 113 through 133 )A113 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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