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- PDB-8dn6: The crystal structure of the Arabidopsis thaliana Toc75 POTRA dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dn6
タイトルThe crystal structure of the Arabidopsis thaliana Toc75 POTRA domains in complex with fab tc2
要素
  • Protein TOC75-3, chloroplastic
  • fabtc2_HC
  • fabtc2_LC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Chloroplast / Fabs
機能・相同性
機能・相同性情報


Toc complex / TOC-TIC supercomplex I / protein targeting to chloroplast / protein import into chloroplast stroma / chloroplast organization / protein-transporting ATPase activity / embryonic morphogenesis / chloroplast envelope / plant-type vacuole / plastid ...Toc complex / TOC-TIC supercomplex I / protein targeting to chloroplast / protein import into chloroplast stroma / chloroplast organization / protein-transporting ATPase activity / embryonic morphogenesis / chloroplast envelope / plant-type vacuole / plastid / chloroplast / intracellular protein transport / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chloroplast envelope protein translocase, IAP75 / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein TOC75-3, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Srinivasan, K. / Noinaj, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127896-01 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Characterization of synthetic antigen binding fragments targeting Toc75 for the isolation of TOC in A. thaliana and P. sativum.
著者: Srinivasan, K. / Erramilli, S.K. / Chakravarthy, S. / Gonzalez, A. / Kossiakoff, A. / Noinaj, N.
履歴
登録2022年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TOC75-3, chloroplastic
B: Protein TOC75-3, chloroplastic
C: fabtc2_HC
D: fabtc2_LC
E: fabtc2_HC
F: fabtc2_LC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,7336
ポリマ－169,7336
非ポリマー00
水00
1
A: Protein TOC75-3, chloroplastic
C: fabtc2_HC
D: fabtc2_LC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8663
ポリマ－84,8663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28700 Å2
手法PISA
2
B: Protein TOC75-3, chloroplastic
E: fabtc2_HC
F: fabtc2_LC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8663
ポリマ－84,8663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area28850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)276.089, 51.481, 172.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 252 through 261 or (resid 262...
21(chain B and (resid 252 through 253 or (resid 254...
12(chain C and (resid 4 through 19 or resid 21...
22(chain E and (resid 4 through 5 or (resid 6...
13(chain D and (resid 2 through 149 or (resid 150...
23(chain F and (resid 2 through 156 or resid 158 through 215))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPLEULEU(chain A and (resid 252 through 261 or (resid 262...AA252 - 261116 - 125
121METMETMETMET(chain A and (resid 252 through 261 or (resid 262...AA262126
131ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 252 through 261 or (resid 262...AA252 - 449116 - 313
141ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 252 through 261 or (resid 262...AA252 - 449116 - 313
151ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 252 through 261 or (resid 262...AA252 - 449116 - 313
161ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 252 through 261 or (resid 262...AA252 - 449116 - 313
211ASPASPARGARG(chain B and (resid 252 through 253 or (resid 254...BB252 - 253116 - 117
221PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 252 through 253 or (resid 254...BB254118
231ASPASPGLUGLU(chain B and (resid 252 through 253 or (resid 254...BB252 - 449116 - 313
241ASPASPGLUGLU(chain B and (resid 252 through 253 or (resid 254...BB252 - 449116 - 313
251ASPASPGLUGLU(chain B and (resid 252 through 253 or (resid 254...BB252 - 449116 - 313
261ASPASPGLUGLU(chain B and (resid 252 through 253 or (resid 254...BB252 - 449116 - 313
112GLUGLUGLYGLY(chain C and (resid 4 through 19 or resid 21...CC4 - 194 - 19
122LEULEULEULEU(chain C and (resid 4 through 19 or resid 21...CC21 - 8921 - 89
132SERSERLYSLYS(chain C and (resid 4 through 19 or resid 21...CC3 - 2243 - 224
142SERSERLYSLYS(chain C and (resid 4 through 19 or resid 21...CC3 - 2243 - 224
152SERSERLYSLYS(chain C and (resid 4 through 19 or resid 21...CC3 - 2243 - 224
162SERSERLYSLYS(chain C and (resid 4 through 19 or resid 21...CC3 - 2243 - 224
172SERSERLYSLYS(chain C and (resid 4 through 19 or resid 21...CC3 - 2243 - 224
182SERSERLYSLYS(chain C and (resid 4 through 19 or resid 21...CC3 - 2243 - 224
212GLUGLUVALVAL(chain E and (resid 4 through 5 or (resid 6...EE4 - 54 - 5
222GLNGLNGLNGLN(chain E and (resid 4 through 5 or (resid 6...EE66
232GLUGLUPROPRO(chain E and (resid 4 through 5 or (resid 6...EE4 - 2234 - 223
242GLUGLUPROPRO(chain E and (resid 4 through 5 or (resid 6...EE4 - 2234 - 223
252GLUGLUPROPRO(chain E and (resid 4 through 5 or (resid 6...EE4 - 2234 - 223
262GLUGLUPROPRO(chain E and (resid 4 through 5 or (resid 6...EE4 - 2234 - 223
113ASPASPTRPTRP(chain D and (resid 2 through 149 or (resid 150...DD2 - 1492 - 149
123LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 2 through 149 or (resid 150...DD150150
133ASPASPCYSCYS(chain D and (resid 2 through 149 or (resid 150...DD2 - 2152 - 215
143ASPASPCYSCYS(chain D and (resid 2 through 149 or (resid 150...DD2 - 2152 - 215
153ASPASPCYSCYS(chain D and (resid 2 through 149 or (resid 150...DD2 - 2152 - 215
163ASPASPCYSCYS(chain D and (resid 2 through 149 or (resid 150...DD2 - 2152 - 215
213ASPASPGLNGLN(chain F and (resid 2 through 156 or resid 158 through 215))FF2 - 1562 - 156
223GLYGLYCYSCYS(chain F and (resid 2 through 156 or resid 158 through 215))FF158 - 215158 - 215

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Protein TOC75-3, chloroplastic / 75 kDa translocon at the outer-envelope-membrane of chloroplasts 3 / AtTOC75-III


分子量: 35628.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TOC75-3, TOC75, At3g46740, T6H20.230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9STE8
#2: 抗体 fabtc2_HC


分子量: 25726.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 fabtc2_LC


分子量: 23511.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG 4000, 20% Glycerol, 0.1M Sodium Citrate pH 5.8, 0.1M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 41871 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 59.81 Å2 / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / Rpim(I) all: 0.138 / Rrim(I) all: 0.347 / Net I/σ(I): 7.28
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 4117 / CC1/2: 0.37 / CC star: 0.735 / Rpim(I) all: 0.682 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20_4459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BJZ, 5UAY

5bjz

5uay


解像度: 3→49.3 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 1990 4.78 %
Rwork0.2397 39659 -
obs0.2423 41649 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 223.34 Å2 / Biso mean: 77.7576 Å2 / Biso min: 10.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9633 0 0 0 9633
残基数----1267
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1769X-RAY DIFFRACTION18.641TORSIONAL
12B1769X-RAY DIFFRACTION18.641TORSIONAL
21C1810X-RAY DIFFRACTION18.641TORSIONAL
22E1810X-RAY DIFFRACTION18.641TORSIONAL
31D1841X-RAY DIFFRACTION18.641TORSIONAL
32F1841X-RAY DIFFRACTION18.641TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3-3.060.43081290.3822260792
3.06-3.140.42421390.362279699
3.14-3.230.42561410.341281499
3.23-3.340.35491410.3194281199
3.34-3.460.32581430.28342845100
3.46-3.60.34051420.2604281699
3.6-3.760.36461400.2735281099
3.76-3.960.33051440.2744284099
3.96-4.210.31411430.23392827100
4.21-4.530.2451430.19222853100
4.53-4.990.21061450.18162864100
4.99-5.710.24721430.1878288899
5.71-7.180.27071470.22632896100
7.19-49.30.22751500.1901299299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08580.1174-0.02540.0891-0.07110.1188-0.00430.0402-0.05140.34260.1350.13130.260.17420.10630.8433-0.024-0.00640.1591-0.01030.456126.7901-30.8718-12.2451
20.23540.1007-0.13850.8191-0.20451.0199-0.06640.04180.15880.07860.38810.10760.05240.06110.55710.21010.02950.07020.2049-0.17950.187324.8573-11.4623-25.3499
30.1993-0.1141-0.1060.23240.10480.2577-0.14360.18150.14670.1270.17870.30840.1642-0.01760.15610.3048-0.0440.00910.34120.14790.41547.6109-4.8876-35.5117
40.08020.0084-0.04630.1686-0.06420.0467-0.08590.01260.1452-0.21420.15140.02390.0466-0.06940.10180.4246-0.05470.03310.0299-0.05990.384561.3118-28.20383.7469
50.005-0.0148-0.00870.0293-0.08490.0335-0.1239-0.07480.15310.40610.0488-0.01050.3033-0.0941-0.0510.1711-0.26740.1192-0.65570.6009-0.290955.3136-20.474788.8306
60.0706-0.0663-0.11040.12760.09730.10720.0294-0.15550.115-0.06970.2871-0.20040.11820.08590.24510.2498-0.34130.0293-0.08510.15220.288572.684-10.729795.4767
70.20810.0212-0.03750.24960.120.21170.0096-0.0223-0.0881-0.10370.0637-0.04380.22510.21770.28930.31550.05370.07210.1376-0.13440.422279.2803-5.2721104.5616
80.2782-0.07290.01890.3381-0.03540.00130.09360.1069-0.0033-0.1065-0.288-0.06760.38980.3642-0.27480.47570.4316-0.08080.7577-0.16810.342442.3685-20.06464.6715
90.26970.0340.15870.4894-0.22760.2103-0.1172-0.33010.158-0.2834-0.10.23080.050.3457-0.24310.25920.113-0.08670.7968-0.0560.384137.5705-13.524115.3285
100.0441-0.19870.07881.6702-0.44240.14350.008-0.0648-0.10080.47510.20910.06580.02160.35750.11750.2985-0.1238-0.05410.7095-0.09850.354229.8429-4.861837.1596
110.0802-0.18850.16390.5656-0.39690.3551-0.0940.0543-0.07040.0281-0.1478-0.12120.1869-0.11-0.26510.49290.0207-0.04420.4055-0.25440.47217.229-9.27254.3713
120.01020.0395-0.01720.0338-0.016-0.00250.1176-0.22010.2458-0.0534-0.23830.02630.1363-0.102400.49930.031-0.06780.39540.04930.44121.6691-18.93631.5098
130.00280.00270.00110.00610.00410.0044-0.00870.0728-0.0688-0.1583-0.0968-0.017-0.0466-0.01550.00010.60740.1294-0.05730.6017-0.06550.311315.8643-15.8218-3.5512
140.00230.0070.00470.00260.00350.0050.07260.01580.04760.0289-0.1323-0.23110.2090.07640.00030.43290.00910.00590.703-0.17930.332919.6658-16.88456.4445
150.0104-0.00610.0145-0.0062-0.00350.01650.1125-0.2310.0683-0.1401-0.03420.16230.1065-0.17130.00010.53250.0283-0.00840.8125-0.2080.365126.582-11.81543.0315
160.0245-0.0278-0.03980.08240.01710.0903-0.05310.0408-0.1354-0.0901-0.09320.0166-0.0423-0.085-0.07250.4712-0.18790.05920.4369-0.28220.438516.33763.124229.9011
170.086-0.0402-0.02350.02570.02980.1062-0.1188-0.01680.02280.19130.012-0.03270.0067-0.0939-0.07710.3045-0.13-0.09180.6038-0.31450.521331.27617.729335.4557
180.01330.0107-0.01690.02190.00240.03450.1077-0.00960.0469-0.1103-0.0066-0.0115-0.1030.09960.03090.4481-0.06510.02680.2549-0.14790.488618.75626.157222.7364
190.0017-0.00260.00370.0055-0.00290.00450.17540.07350.064-0.01220.11260.0123-0.0964-0.00260.0460.4845-0.22030.06160.4025-0.04780.62828.177512.089123.5376
200.00350.0030.00120.0033-0.00190.0023-0.036-0.0356-0.04960.08440.0449-0.10050.0217-0.0248-00.66150.00930.14390.558-0.18410.624215.8545-7.929425.0817
210.03580.0177-0.02710.016-0.01870.0343-0.0131-0.04930.0367-0.1270.07690.09590.02950.00340.00040.3909-0.16380.03220.3041-0.13030.64928.02713.885130.0556
220.0088-0.0056-0.00640.00780.0110.0018-0.00060.00440.1329-0.03290.098-0.0397-0.0541-0.06800.7561-0.0036-0.0210.6757-0.25140.822918.087214.302732.437
230.2059-0.07880.09460.2262-0.01330.0423-0.03330.20270.1457-0.0309-0.0929-0.00870.1562-0.3169-0.13340.4687-0.23340.01350.44920.01220.363249.3189-21.295462.1655
240.1546-0.147-0.12470.13390.13880.07590.14960.3421-0.0423-0.0549-0.3326-0.04990.162-0.372-0.02090.3309-0.1861-0.05840.6233-0.04420.394849.4837-17.157459.3581
250.6926-0.0764-0.27740.14560.0440.1599-0.08410.5806-0.1906-0.13510.1152-0.1212-0.29530.1437-0.03190.32820.04970.00740.81930.08920.29667.8262-2.66932.7018
260.03250.03080.07890.06420.07870.19990.21150.081-0.0590.22530.0082-0.2918-0.03880.30690.02020.3947-0.0696-0.03250.28760.0990.529470.7352-10.721271.4421
270.2491-0.0730.19750.0746-0.10830.20210.20120.08950.29050.1117-0.09740.02240.21930.01760.02460.3932-0.009-0.0270.16430.0080.301570.6662-20.199267.5188
280.14870.084-0.02620.03440.00410.01280.07140.07970.03860.1609-0.2457-0.05430.13220.007-0.00240.55640.05410.01110.70010.17830.34364.0862-12.520666.9908
290.07050.0723-0.02410.09390.00360.0430.1125-0.08720.01660.03640.0179-0.06620.01810.06620.2160.2284-0.0146-0.05740.55470.44930.607978.89333.174943.1841
300.03780.0241-0.07260.14620.03540.16580.19160.06110.0723-0.06420.20760.1846-0.0764-0.18940.26120.52010.11070.02790.44230.28960.549370.31996.874843.0453
310.0601-0.01610.03950.0334-0.01080.056-0.1798-0.0375-0.00060.35640.0609-0.1992-0.1925-0.2755-0.00240.25850.03050.06670.27560.03770.331371.59810.051844.1271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 252 through 296 )A252 - 296
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 297 through 386 )A297 - 386
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 387 through 449 )A387 - 449
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 252 through 276 )B252 - 276
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 277 through 338 )B277 - 338
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 339 through 386 )B339 - 386
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 387 through 449 )B387 - 449
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 3 through 76 )C3 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 77 through 144 )C77 - 144
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 145 through 224 )C145 - 224
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 2 through 19 )D2 - 19
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 20 through 62 )D20 - 62
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 63 through 76 )D63 - 76
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 77 through 93 )D77 - 93
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 94 through 107 )D94 - 107
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 108 through 122 )D108 - 122
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 123 through 138 )D123 - 138
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 139 through 151 )D139 - 151
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 152 through 164 )D152 - 164
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 165 through 175 )D165 - 175
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 176 through 199 )D176 - 199
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 200 through 215 )D200 - 215
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 4 through 63 )E4 - 63
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 64 through 130 )E64 - 130
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 131 through 223 )E131 - 223
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 1 through 33 )F1 - 33
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 34 through 93 )F34 - 93
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 94 through 107 )F94 - 107
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 108 through 122 )F108 - 122
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 123 through 151 )F123 - 151
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 152 through 215 )F152 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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