[日本語] English
万見
- PDB-8dmu: Crystal structure of macrodomain CG3568 from Drosophila melanogas... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dmu
タイトルCrystal structure of macrodomain CG3568 from Drosophila melanogaster in complex with ADP-ribose
要素CG3568
キーワードHYDROLASE / Macrodomain / ADP-ribose / Complex / Glycohydrolase
機能・相同性Protein of unknown function DUF4804 / ADP-ribosylhydrolase MavL-like / ADP-ribosylarginine hydrolase activity / Chem-AR6 / NICKEL (II) ION / AT21585p
機能・相同性情報
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, Z. / Das, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01GM126296 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI148103 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Legionella metaeffector MavL reverses ubiquitin ADP-ribosylation via a conserved arginine-specific macrodomain.
著者: Zhang, Z. / Fu, J. / Rack, J.G.M. / Li, C. / Voorneveld, J. / Filippov, D.V. / Ahel, I. / Luo, Z.Q. / Das, C.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CG3568
B: CG3568
C: CG3568
D: CG3568
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,92026
ポリマ－220,3924
非ポリマー3,52822
水25,4011410
1
A: CG3568
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0758
ポリマ－55,0981
非ポリマー9777
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CG3568
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1119
ポリマ－55,0981
非ポリマー1,0138
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CG3568
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8494
ポリマ－55,0981
非ポリマー7513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CG3568
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8855
ポリマ－55,0981
非ポリマー7874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.048, 129.805, 199.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
CG3568 / AT21585p


分子量: 55098.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dmel\CG3568, CG3568, Dmel_CG3568 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9W4J9

-
非ポリマー , 5種, 1432分子

#2: 化合物
ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 1 M lithium sulfate, 0.01 M nickel (II) chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→92.25 Å / Num. obs: 182007 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 28.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.41
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 17977 / CC1/2: 0.744

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold AT21585p

解像度: 2→92.25 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 8992 4.95 %
Rwork0.2317 172786 -
obs0.2338 181778 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.17 Å2 / Biso mean: 32.675 Å2 / Biso min: 15.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→92.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14848 0 202 1452 16502
Biso mean--34.11 37 -
残基数----1901
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.020.36442860.327356535939100
2.02-2.050.34722670.305257736040100
2.05-2.070.35852880.295357015989100
2.07-2.10.31762960.284257196015100
2.1-2.130.31423270.267157196046100
2.13-2.150.31822740.261956945968100
2.15-2.190.32843070.268657386045100
2.19-2.220.32282810.266857466027100
2.22-2.250.30752640.260357335997100
2.25-2.290.31162880.25657216009100
2.29-2.330.28662800.254957296009100
2.33-2.370.3043000.252557406040100
2.37-2.420.32633000.249157196019100
2.42-2.470.30742820.246457546036100
2.47-2.520.27533020.253157556057100
2.52-2.580.30613160.255956735989100
2.58-2.640.28653100.259457656075100
2.64-2.710.2943150.245457016016100
2.71-2.790.28662910.2557666057100
2.79-2.880.2943130.243757946107100
2.88-2.990.29362920.247757366028100
2.99-3.110.28442970.247157596056100
3.11-3.250.31423380.238257646102100
3.25-3.420.28172990.21757656064100
3.42-3.630.24663090.203457996108100
3.63-3.910.22363320.19257616093100
3.91-4.310.2133110.184158356146100
4.31-4.930.20733230.180758366159100
4.93-6.210.23942970.214959246221100
6.21-92.250.27513070.23816014632198
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.9876 Å / Origin y: 0.1021 Å / Origin z: 3.5652 Å
111213212223313233
T0.1723 Å20.0039 Å20.0021 Å2-0.1727 Å20.0081 Å2--0.2203 Å2
L0.2133 °2-0.1946 °2-0.0564 °2-0.2588 °20.087 °2--0.3046 °2
S-0.0913 Å °-0.0465 Å °-0.0077 Å °0.0815 Å °0.054 Å °-0.0072 Å °0.0366 Å °0.0245 Å °0.0381 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA25 - 601
2X-RAY DIFFRACTION1allB25 - 601
3X-RAY DIFFRACTION1allC24 - 601
4X-RAY DIFFRACTION1allD24 - 601
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 2
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 6
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1631

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る