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- PDB-8dmt: Crystal structure of macrodomain CG2909 from Drosophila melanogas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dmt
タイトルCrystal structure of macrodomain CG2909 from Drosophila melanogaster in complex with ADP-ribose
要素RE54994p
キーワードHYDROLASE / Macrodomain / ADP-ribose / Complex / Glycohydrolase
機能・相同性Protein of unknown function DUF4804 / ADP-ribosylhydrolase MavL-like / ADP-ribosylarginine hydrolase activity / Chem-AR6 / RE54994p
機能・相同性情報
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Zhang, Z. / Das, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01GM126296 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI148103 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Legionella metaeffector MavL reverses ubiquitin ADP-ribosylation via a conserved arginine-specific macrodomain.
著者: Zhang, Z. / Fu, J. / Rack, J.G.M. / Li, C. / Voorneveld, J. / Filippov, D.V. / Ahel, I. / Luo, Z.Q. / Das, C.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RE54994p
B: RE54994p
C: RE54994p
D: RE54994p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,1478
ポリマ－221,9104
非ポリマー2,2374
水8,251458
1
A: RE54994p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0372
ポリマ－55,4771
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RE54994p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0372
ポリマ－55,4771
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RE54994p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0372
ポリマ－55,4771
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RE54994p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0372
ポリマ－55,4771
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.949, 90.006, 212.267
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
RE54994p


分子量: 55477.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dmel\CG2909, CG2909, Dmel_CG2909 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9W2W5
#2: 化合物
ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M ammonium citrate, 12% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→38.49 Å / Num. obs: 77326 / % possible obs: 92.21 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 28.77 Å2 / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.28→2.362 Å / Num. unique obs: 5609 / CC1/2: 0.658

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold RE54994p

解像度: 2.28→38.49 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 3115 2.64 %
Rwork0.1957 115101 -
obs0.1967 77255 71.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.54 Å2 / Biso mean: 33.9878 Å2 / Biso min: 16.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→38.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15227 0 144 459 15830
Biso mean--28.31 32.44 -
残基数----1950
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.28-2.310.3853460.3391182925
2.31-2.350.3526780.3013277138
2.35-2.390.3842890.2979305142
2.39-2.430.3898890.2786328344
2.43-2.480.3083810.2635314844
2.48-2.530.3206980.2569372751
2.53-2.590.34771150.2539408756
2.59-2.650.25991170.2519421358
2.65-2.710.25441280.2352473464
2.71-2.790.29821300.2304486068
2.79-2.870.26351490.2223543773
2.87-2.960.27621560.2191574379
2.96-3.070.24361670.2246622085
3.07-3.190.28891680.2159618785
3.19-3.330.2471810.2061645288
3.33-3.510.24132020.1955712497
3.51-3.730.27581800.2121683394
3.73-4.020.25911820.1738700296
4.02-4.420.15561930.1443730899
4.42-5.060.16571800.1505685294
5.06-6.370.20891980.177726699
6.37-38.490.17591880.1646697496
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.1861 Å / Origin y: 26.1761 Å / Origin z: 52.6157 Å
111213212223313233
T0.18 Å2-0.0093 Å2-0.009 Å2-0.1742 Å2-0.008 Å2--0.1777 Å2
L0.0331 °2-0.0011 °20.014 °2-0.0053 °2-0.039 °2--0.2297 °2
S0.0148 Å °0.0131 Å °0.0009 Å °0.014 Å °-0.0167 Å °0.0047 Å °-0.0087 Å °0.0097 Å °0.0033 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA11 - 501
2X-RAY DIFFRACTION1allB11 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allC11 - 501
4X-RAY DIFFRACTION1allD11 - 501
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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