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- PDB-8dmp: Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dmp
タイトルCrystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL
要素MavL
キーワードANTITOXIN / Macrodomain / Effector / Glycohydrolase
機能・相同性Macrodomain effector MavL / ADP-D-ribose binding / host cell cytoplasm / extracellular region / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Zhang, Z. / Das, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01GM126296 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI148103 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Legionella metaeffector MavL reverses ubiquitin ADP-ribosylation via a conserved arginine-specific macrodomain.
著者: Zhang, Z. / Fu, J. / Rack, J.G.M. / Li, C. / Voorneveld, J. / Filippov, D.V. / Ahel, I. / Luo, Z.Q. / Das, C.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MavL
B: MavL
C: MavL
D: MavL
E: MavL
F: MavL
G: MavL
H: MavL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,4458
ポリマ－353,4458
非ポリマー00
水22,9151272
1
A: MavL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1811
ポリマ－44,1811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MavL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1811
ポリマ－44,1811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MavL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1811
ポリマ－44,1811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MavL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1811
ポリマ－44,1811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: MavL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1811
ポリマ－44,1811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: MavL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1811
ポリマ－44,1811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: MavL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1811
ポリマ－44,1811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: MavL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1811
ポリマ－44,1811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.232, 157.244, 117.621
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
MavL


分子量: 44180.664 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSJ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→39.31 Å / Num. obs: 176902 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 39.69 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 11.93
反射 シェル解像度: 2.17→2.248 Å / Num. unique obs: 17628 / CC1/2: 0.559

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OMI

6omi


解像度: 2.17→39.31 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2142 3894 1.13 %
Rwork0.1873 341022 -
obs0.1876 176690 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.06 Å2 / Biso mean: 45.3528 Å2 / Biso min: 27.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→39.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22812 0 0 1273 24085
Biso mean---47.33 -
残基数----2963
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.17-2.20.41791410.31981224499
2.2-2.220.29551440.30781240199
2.22-2.250.31181390.29591226699
2.25-2.280.34261410.29241226999
2.28-2.320.27641430.28191224899
2.32-2.350.2951380.27311225199
2.35-2.390.27811410.27091227399
2.39-2.430.2881400.25961224699
2.43-2.470.31971390.25851225099
2.47-2.510.26881420.24881229899
2.51-2.560.27321420.24381222399
2.56-2.610.29611430.23061234099
2.61-2.670.30691410.22931224499
2.67-2.730.22871380.22881233599
2.73-2.80.24731360.22151220699
2.8-2.880.26821380.21361224299
2.88-2.960.25551350.21071215598
2.96-3.060.21171390.21461192496
3.06-3.170.22651370.20671208997
3.17-3.290.23271410.18781229499
3.29-3.440.25331350.18571232299
3.44-3.630.16831410.17391214999
3.63-3.850.16911350.16131218898
3.85-4.150.16161410.13961202897
4.15-4.570.16991360.12921204397
4.57-5.230.14341370.13461188096
5.23-6.580.17521350.15831162193
6.58-39.310.18561360.14871199397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34990.7168-0.55054.459-0.25792.668-0.0322-0.01290.0885-0.03020.0740.0558-0.1111-0.0869-0.06050.2280.0081-0.01530.21940.00350.28065.1137-21.631232.2212
21.7690.29310.33731.4283-0.40021.2046-0.02710.1343-0.1725-0.16760.0564-0.11850.0897-0.0303-0.0340.2758-0.02770.00890.2723-0.03240.36610.2982-46.37331.1579
33.9260.30521.68353.6789-0.92394.23270.0751-0.2180.18880.2969-0.16240.2376-0.0159-0.20790.10540.28370.0060.02940.2556-0.00330.3388-0.6609-36.657550.7976
41.4850.02780.76332.4344-0.210.42490.11830.01090.0698-0.2358-0.0329-0.3597-0.2440.1618-0.09070.2461-0.0379-0.01230.2531-0.0020.398512.2862-29.871936.1448
53.6404-1.37361.63744.3744-2.42822.5425-0.01290.05120.22340.15060.0057-0.1055-0.24850.15750.01930.2905-0.0175-0.00090.2674-0.06240.3048-8.20879.686159.8975
60.5701-0.44930.65082.071-1.53131.81060.0005-0.0228-0.007-0.10630.02170.02350.0220.0223-0.05020.2805-0.00880.01240.3622-0.01560.3476-12.7603-2.222961.6648
72.236-0.00471.44242.0041-0.33034.5155-0.02720.20320.1209-0.3269-0.0693-0.2283-0.06920.28630.09310.22120.00720.04340.2260.00210.32372.379-1.982857.7192
81.0806-0.1278-0.16082.0980.14212.15870.0105-0.1310.11-0.0051-0.0416-0.25750.02070.14350.00750.2330.0130.00980.36780.01290.39149.4675-10.917265.5374
93.3297-0.36040.17981.9168-0.98051.4631-0.0776-0.1979-0.29830.03850.0785-0.00140.10080.0714-0.00730.2835-0.00570.0190.3081-0.02230.2968-6.1558-12.189270.7399
101.8627-0.32520.22992.6735-1.11351.7087-0.0181-0.1415-0.0241-0.09930.08740.24040.1098-0.1838-0.11550.28070.00480.02950.4025-0.09110.2847-16.3187-6.727471.1044
112.3964-0.29280.52893.611-0.75672.1329-0.0095-0.0378-0.0791-0.0936-0.0965-0.22510.20610.0690.07830.2970.00720.03780.2503-0.00280.321310.17952.230123.3067
121.76010.638-0.70892.1156-0.34314.7138-0.0462-0.16160.15120.05690.16430.2643-0.2297-0.2969-0.13530.35120.01840.01130.2968-0.01940.448-3.12167.917522.9342
130.9085-0.45360.12911.6526-0.38761.9375-0.0435-0.07780.00210.08660.0321-0.0294-0.0251-0.06520.00860.32710.0040.01580.2557-0.00140.39974.604823.763822.3021
142.6814-0.359-0.45471.137-0.67581.12580.0288-0.13710.33050.14310.0558-0.0724-0.21150.0006-0.07620.39360.00640.00340.2412-0.06240.39234.241133.694526.795
150.6908-0.23640.66321.30910.88491.4784-0.0545-0.09790.0599-0.3043-0.01710.0995-0.14570.03660.0620.35790.01390.01540.27120.0260.37944.316425.342812.5897
161.7547-0.24650.74772.1104-0.52392.57890.02160.10590.0224-0.268-0.059-0.06150.0604-0.05230.07850.3309-0.00580.10230.2367-0.02470.37967.258615.25328.4537
172.94840.1954-0.8762.5025-0.13323.35310.0195-0.04950.03020.0112-0.0043-0.1215-0.0237-0.0458-0.01880.2055-0.0317-0.02760.25840.01620.3-32.1157-35.716319.1572
181.06750.1498-0.09751.7381-0.46951.7469-0.0243-0.00140.0222-0.05160.02710.0218-0.0236-0.2468-0.00450.2785-0.03380.01380.4012-0.04770.3467-45.9335-42.267831.4903
190.2144-0.2287-0.02441.98070.62161.65970.01440.0146-0.08370.0567-0.11860.31350.0391-0.32020.1140.2504-0.06890.01030.5148-0.01320.3865-56.052-42.618235.8591
201.51550.2705-1.19891.2483-0.47352.3991-0.0166-0.1897-0.17440.071-0.0624-0.14090.11740.05150.07810.2959-0.0432-0.00320.3122-0.02560.3564-35.151-48.70434.1443
212.29540.4302-0.42371.2934-0.55342.96950.0546-0.05730.03740.0324-0.06410.0395-0.0587-0.08230.02160.34480.01730.00380.297300.3341-19.7158-19.89650.974
221.0926-0.11410.09793.1656-1.45531.53110.08450.1210.1046-0.0609-0.09890.062-0.16110.06610.02470.40050.03750.03560.31270.00380.4164-10.2489-1.9522-18.1754
231.34090.2813-0.23540.4229-0.14233.5212-0.0183-0.10860.06780.1306-0.0439-0.10110.10350.00110.07580.39230.0323-0.02820.25780.01930.4057-2.4997-14.8725-2.0545
240.51940.36840.23851.8420.76183.2377-0.00880.0398-0.0492-0.08530.0335-0.2051-0.08190.0927-0.02160.3155-0.00680.03190.32670.01410.40124.7763-6.8432-10.7318
251.80860.2259-0.13461.1366-0.00990.4601-0.01470.10180.1133-0.1140.0558-0.0053-0.0525-0.0469-0.05240.37930.02450.01870.26380.0190.3125-11.0108-3.6879-14.3599
261.90660.3614-0.38983.5841-1.1921.9582-0.0532-0.02170.16020.14240.14850.1836-0.1429-0.1568-0.11260.2781-0.0177-0.03750.3111-0.03620.1896-20.7195-9.1794-13.3865
271.1539-0.15180.12532.9297-0.61543.15670.00910.03340.0367-0.1460.0175-0.01420.0116-0.1152-0.02690.236-0.0170.00260.3588-0.02830.3387-51.2148-8.660243.8903
281.3710.00160.37330.9708-0.12421.28630.0136-0.1170.03650.0655-0.0037-0.031-0.0387-0.1761-0.00660.2115-0.02080.00920.3953-0.03010.3012-47.7951-11.460465.1809
291.6881-0.2331-0.1231.5911-0.88353.289-0.0081-0.07490.02230.10990.04330.08120.114-0.2295-0.04840.2740.01540.01140.3343-0.01810.3226-56.6718-1.875720.1076
302.1174-2.03881.29025.0852-0.20361.57490.04180.15780.1749-0.1086-0.0204-0.63210.02830.3614-0.00440.30980.02290.02360.4445-0.02050.374-43.3145-1.446914.028
311.95420.6238-1.45312.9601-2.31912.88250.06050.41460.0849-0.4102-0.00450.10310.1052-0.3166-0.05440.39110.1096-0.04020.4242-0.02230.3401-52.14069.2321-7.6059
324.02120.99370.87114.8250.64454.8336-0.22560.0092-0.1476-0.19030.2008-0.46940.51570.58420.01840.41440.07910.03120.5262-0.00280.4223-40.3325-13.64977.2136
333.4734-2.56412.26845.7762-1.99625.4217-0.1694-0.2301-0.18130.00690.12160.51410.0613-0.87660.01160.33-0.06580.05120.4822-0.06570.3781-58.4251-8.0129-1.4529
349.0386-3.77553.49123.5505-1.67093.7952-0.5629-0.35780.35270.25690.229-0.1448-0.2866-0.54130.25920.38290.01610.03850.4478-0.03020.3375-47.9266-4.5293-6.1602
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370.9911.0153-0.65622.40660.83522.0240.09930.1395-0.1072-0.2733-0.03760.0651-0.2061-0.1021-0.03840.34580.0979-0.04440.40720.02410.3667-50.87637.1596-3.9766
382.2039-0.5878-2.77261.87410.24546.26890.22320.03650.46180.0213-0.0386-0.3783-0.51020.498-0.17450.42060.053-0.03040.44420.07920.5439-45.979622.62812.4301
391.7964-0.7129-0.15160.337-0.00192.77220.12170.0031-0.37250.0338-0.09050.26960.2802-0.5756-0.07090.32750.0385-0.02730.4663-0.03340.4649-65.1283-3.066910.5513
404.9944-2.93941.35174.7534-4.71738.5823-0.0711-0.279-0.30230.53240.05920.4137-0.6301-0.6024-0.05120.32170.0216-0.00980.3507-0.09110.3432-32.043426.51445.2259
410.8766-0.61580.50591.5484-1.19881.49990.01720.02810.1452-0.0938-0.04240.0194-0.0265-0.07450.03060.31990.03570.00340.328-0.01290.4084-28.806727.274332.6065
421.6738-0.05590.21785.51690.21571.99320.0511-0.0589-0.06750.2853-0.0472-0.14610.1298-0.28310.00690.2940.0314-0.00060.3923-0.01490.3617-43.913225.270935.1113
430.64670.63890.81031.82880.84082.095-0.0674-0.12510.18010.012-0.05110.2588-0.0521-0.28890.10.30870.07580.01350.47030.01460.4882-51.582432.711926.7807
443.15270.25880.49560.7653-0.7322.443-0.07090.21790.1879-0.1187-0.0311-0.0013-0.1062-0.10440.08240.33550.0630.00910.30440.01060.3338-35.633136.489923.1916
451.7696-0.03070.88411.4878-1.58422.68140.03820.22490.0796-0.0311-0.1342-0.1514-0.14540.1720.1410.3540.04360.00260.2774-0.01270.5057-25.237936.074627.6955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 127 )A37 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 314 )A128 - 314
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 315 through 375 )A315 - 375
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 376 through 409 )A376 - 409
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 41 through 63 )B41 - 63
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 64 through 161 )B64 - 161
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 162 through 210 )B162 - 210
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 211 through 292 )B211 - 292
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 293 through 347 )B293 - 347
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 348 through 409 )B348 - 409
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 41 through 99 )C41 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 100 through 127 )C100 - 127
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 128 through 210 )C128 - 210
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 211 through 292 )C211 - 292
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 293 through 347 )C293 - 347
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 348 through 410 )C348 - 410
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 38 through 127 )D38 - 127
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 128 through 211 )D128 - 211
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 212 through 292 )D212 - 292
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 293 through 410 )D293 - 410
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 42 through 127 )E42 - 127
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 128 through 161 )E128 - 161
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 162 through 210 )E162 - 210
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 211 through 292 )E211 - 292
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 293 through 347 )E293 - 347
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 348 through 412 )E348 - 412
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 41 through 127 )F41 - 127
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 128 through 409 )F128 - 409
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 42 through 99 )G42 - 99
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 100 through 127 )G100 - 127
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 128 through 161 )G128 - 161
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 162 through 185 )G162 - 185
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 186 through 210 )G186 - 210
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 211 through 234 )G211 - 234
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 235 through 270 )G235 - 270
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 271 through 292 )G271 - 292
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 293 through 347 )G293 - 347
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 348 through 383 )G348 - 383
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 384 through 410 )G384 - 410
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 41 through 63 )H41 - 63
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 64 through 161 )H64 - 161
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 162 through 211 )H162 - 211
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 212 through 292 )H212 - 292
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 293 through 347 )H293 - 347
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 348 through 409 )H348 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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