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- PDB-8dl2: BoGH13ASus from Bacteroides ovatus bound to acarbose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dl2
タイトルBoGH13ASus from Bacteroides ovatus bound to acarbose
要素Alpha amylase, catalytic domain protein
キーワードHYDROLASE / alpha-amylase / starch / GH13 / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-acarbose / ACETATE ION / alpha-D-glucopyranose / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Alpha amylase, catalytic domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus ATCC 8483 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Brown, H.A. / DeVeaux, A.L. / Koropatkin, N.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118475 米国
National Institutes of Health/National Center for Complementary and Integrative Health (NIH/NCCIH)AT011278 米国
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2023
タイトル: BoGH13A Sus from Bacteroides ovatus represents a novel alpha-amylase used for Bacteroides starch breakdown in the human gut.
著者: Brown, H.A. / DeVeaux, A.L. / Juliano, B.R. / Photenhauer, A.L. / Boulinguiez, M. / Bornschein, R.E. / Wawrzak, Z. / Ruotolo, B.T. / Terrapon, N. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2022年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年4月10日Group: Atomic model / Derived calculations / カテゴリ: atom_site / struct_conn / Item: _atom_site.label_alt_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha amylase, catalytic domain protein
B: Alpha amylase, catalytic domain protein
C: Alpha amylase, catalytic domain protein
D: Alpha amylase, catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,94143
ポリマ－336,2234
非ポリマー10,71839
水41,0022276
1
A: Alpha amylase, catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,95511
ポリマ－84,0561
非ポリマー2,90010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alpha amylase, catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,02113
ポリマ－84,0561
非ポリマー2,96612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Alpha amylase, catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,67310
ポリマ－84,0561
非ポリマー2,6179
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Alpha amylase, catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2919
ポリマ－84,0561
非ポリマー2,2358
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.080, 125.310, 150.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alpha amylase, catalytic domain protein


分子量: 84055.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides ovatus ATCC 8483 (バクテリア)
株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / BCRC 10623 / CCUG 4943 / NCTC 11153
遺伝子: BACOVA_03514,Bovatus_03803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7M087

-
糖 , 7種, 15分子

#2: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 969.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][non_ch_ring]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 483.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl) ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 807.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][non_ch_ring]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 9種, 2300分子

#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#12: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#13: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#14: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#15: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#16: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 mM acarbose, 0.1 M HEPES/MOPS, pH 7.5, 0.12 monosaccharides mix (Glc, Man, Gal, Fuc, Xyl, GlcNAc), 20% ethylene glycol, 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→38.6 Å / Num. obs: 244819 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 23974 / CC1/2: 0.587

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DGE

8dge


解像度: 1.99→38.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.533 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2188 12246 5 %RANDOM
Rwork0.1754 ---
obs0.1776 232585 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.17 Å2 / Biso mean: 24.256 Å2 / Biso min: 5.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0.06 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→38.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22732 0 706 2276 25714
Biso mean--32.36 31.67 -
残基数----2845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01324192
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01521155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.6833010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3451.60448912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.41152861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.89923.7721270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.194153598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4981575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.23275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0227350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025774
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.042 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 913 -
Rwork0.308 16778 -
all-17691 -
obs--96.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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