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- PDB-8dkb: Crystal Structure of human YEATS4 in complex with Pfizer small mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dkb
タイトルCrystal Structure of human YEATS4 in complex with Pfizer small molecule compound 3b
要素YEATS domain-containing protein 4
キーワードPROTEIN BINDING / histone binding / lysine-acetylated histone binding
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle ...histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SJI / YEATS domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Dias, J.M. / Byrnes, L.J. / Varghese, A.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of High-Affinity Small-Molecule Binders of the Epigenetic Reader YEATS4.
著者: Londregan, A.T. / Aitmakhanova, K. / Bennett, J. / Byrnes, L.J. / Canterbury, D.P. / Cheng, X. / Christott, T. / Clemens, J. / Coffey, S.B. / Dias, J.M. / Dowling, M.S. / Farnie, G. / ...著者: Londregan, A.T. / Aitmakhanova, K. / Bennett, J. / Byrnes, L.J. / Canterbury, D.P. / Cheng, X. / Christott, T. / Clemens, J. / Coffey, S.B. / Dias, J.M. / Dowling, M.S. / Farnie, G. / Fedorov, O. / Fennell, K.F. / Gamble, V. / Gileadi, C. / Giroud, C. / Harris, M.R. / Hollingshead, B.D. / Huber, K. / Korczynska, M. / Lapham, K. / Loria, P.M. / Narayanan, A. / Owen, D.R. / Raux, B. / Sahasrabudhe, P.V. / Ruggeri, R.B. / Saez, L.D. / Stock, I.A. / Thuma, B.A. / Tsai, A. / Varghese, A.E.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YEATS domain-containing protein 4
B: YEATS domain-containing protein 4
C: YEATS domain-containing protein 4
D: YEATS domain-containing protein 4
E: YEATS domain-containing protein 4
F: YEATS domain-containing protein 4
G: YEATS domain-containing protein 4
H: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,14816
ポリマ－145,8478
非ポリマー3,3018
水6,017334
1
A: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6432
ポリマ－18,2311
非ポリマー4131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6432
ポリマ－18,2311
非ポリマー4131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6432
ポリマ－18,2311
非ポリマー4131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6432
ポリマ－18,2311
非ポリマー4131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6432
ポリマ－18,2311
非ポリマー4131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6432
ポリマ－18,2311
非ポリマー4131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6432
ポリマ－18,2311
非ポリマー4131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6432
ポリマ－18,2311
非ポリマー4131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.600, 109.300, 103.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
YEATS domain-containing protein 4 / Glioma-amplified sequence 41 / Gas41 / NuMA-binding protein 1 / NuBI-1 / NuBI1


分子量: 18230.885 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YEATS4, GAS41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95619
#2: 化合物
ChemComp-SJI / N-ethyl-1-{(3S,4S)-1-[(1-hydroxycyclohexyl)methyl]-3-methylpiperidin-4-yl}-2-methyl-1H-benzimidazole-5-carboxamide


分子量: 412.568 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H36N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 2% (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 16% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→103.32 Å / Num. obs: 26291 / % possible obs: 62 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.994 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.582→2.803 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1316 / CC1/2: 0.51 / Rsym value: 1.04 / % possible all: 14.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VNA

5vna


解像度: 2.58→41.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.389
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1286 4.89 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.174 26282 62 %-
原子変位パラメータBiso max: 197.24 Å2 / Biso mean: 72.9 Å2 / Biso min: 15.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.7564 Å20 Å2-9.3777 Å2
2---7.2453 Å20 Å2
3----7.5111 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→41.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8422 0 240 334 8996
Biso mean--73.6 44.2 -
残基数----1011
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3109SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1562HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8935HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1123SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9818SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8935HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12138HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.84
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.73 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 20 3.8 %
Rwork0.2169 506 -
all0.221 526 -
obs--8.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69131.8601-1.76392.4468-2.97751.41660.16440.43010.30560.20440.32520.1438-0.6382-0.1652-0.48960.3825-0.0075-0.14150.0270.0839-0.0947-3.9834-3.069435.8681
21.20531.6727-1.11662.402-1.54650.085-0.28010.31230.0542-0.25790.17220.06720.5245-0.53890.10790.14140.0607-0.22580.02730.1278-0.11415.315621.18464.1752
33.6674-0.76960.09445.82770.7865.0710.230.1961-0.0565-0.3692-0.1983-0.38680.0781-0.0445-0.03160.0474-0.0277-0.0846-0.46350.0242-0.39187.254324.218164.1821
42.75090.53211.503810.9062.01618.2053-0.07640.0996-0.02930.9920.1331-0.82050.14820.1373-0.0567-0.1079-0.0164-0.3139-0.66020.0544-0.51869.3916-2.073358.9609
54.247-0.20790.19526.2362-2.04415.77070.1418-0.2961-0.4029-0.59350.03350.85020.634-0.712-0.1753-0.0336-0.1142-0.2179-0.4335-0.0401-0.3506-18.419127.074458.9062
66.6827-2.4564-0.33029.2691-0.07335.2005-0.18770.17150.43280.87560.2165-1.54970.06740.1747-0.0289-0.2426-0.0314-0.4624-0.6674-0.07-0.2444-20.719418.209913.5432
73.8656-0.50160.96937.65011.32687.2302-0.2111-0.09940.21110.0540.2405-0.4032-0.19570.2355-0.0295-0.02880.0932-0.2466-0.3692-0.0824-0.2361-17.1882-7.85539.4331
83.0825-0.69621.301212.67920.09284.1634-0.1183-0.32740.69121.61740.0825-0.7344-0.4858-0.32520.03580.13420.0223-0.3846-0.64220.038-0.53926.039645.453115.5826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A19 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B20 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C20 - 148
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D20 - 144
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E19 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F19 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G19 - 144
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H21 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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