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万見
- PDB-8dj6: Sliding-clamp-ImuB peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dj6
タイトルSliding-clamp-ImuB peptide
要素
  • Beta sliding clamp
  • Imub-peptide
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Sliding clamp in complex with ImuB peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kapur, M.K. / Gray, O.J. / Honzatko, R.H. / Nelson, S.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Interaction of sliding clamp with mycobacterial polymerases
著者: Kapur, M.K. / Gray, O.J. / Honzatko, R.H. / Nelson, S.N.
履歴
登録2022年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
C: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
E: Imub-peptide
F: Imub-peptide
G: Imub-peptide
H: Imub-peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,03816
ポリマ－169,6568
非ポリマー3818
水6,684371
1
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
E: Imub-peptide
F: Imub-peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,11710
ポリマ－84,8284
非ポリマー2896
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
G: Imub-peptide
H: Imub-peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9206
ポリマ－84,8284
非ポリマー922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)214.110, 124.832, 117.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.749, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Beta sliding clamp


分子量: 41677.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
株: ATCC 19527 / DSM 44167 / CIP 105390 / JCM 6362 / NCTC 10409 / 316
遺伝子: KEK_10778 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CIP4
#2: タンパク質・ペプチド
Imub-peptide


分子量: 736.882 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.45 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis -Tris pH6.3, 60% Tascimate pH7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.75 Å / Num. obs: 94524 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 54.86 Å2 / CC1/2: 0.963 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.988 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 4590 / CC1/2: 0.4 / Rpim(I) all: 0.671

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TR7

4tr7


解像度: 2.5→46.75 Å / SU ML: 0.3461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.0738
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 1998 2.12 %
Rwork0.1996 92386 -
obs0.2002 94384 96.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11700 0 41 371 12112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002411992
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.502416373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04151970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00352159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.30984383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.34031270.30325889X-RAY DIFFRACTION86.49
2.56-2.630.28541410.28756473X-RAY DIFFRACTION95.08
2.63-2.710.33681420.27776560X-RAY DIFFRACTION95.66
2.71-2.790.29131400.27556548X-RAY DIFFRACTION95.84
2.79-2.890.3511420.28446538X-RAY DIFFRACTION96.31
2.89-3.010.26191440.2576615X-RAY DIFFRACTION96.52
3.01-3.150.24591410.2316558X-RAY DIFFRACTION96.46
3.15-3.310.26521430.22966625X-RAY DIFFRACTION97.07
3.31-3.520.2691440.21336676X-RAY DIFFRACTION97.55
3.52-3.790.2311460.1816735X-RAY DIFFRACTION97.98
3.79-4.170.20151460.16726751X-RAY DIFFRACTION98.44
4.17-4.770.16391460.13646779X-RAY DIFFRACTION98.59
4.77-6.010.18861480.16976800X-RAY DIFFRACTION98.79
6.01-46.750.19721480.26839X-RAY DIFFRACTION97.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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