+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dj0 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of NavAb L123T as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia I848T mutation | |||||||||||||||
要素 | Ion transport protein | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Voltage-gated sodium channel Ion transport protein | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Aliarcobacter butzleri RM4018 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Wisedchaisri, G. / Gamal El-Din, T.M. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Structural basis for severe pain caused by mutations in the S4-S5 linkers of voltage-gated sodium channel Na V 1.7. 著者: Wisedchaisri, G. / Gamal El-Din, T.M. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dj0.cif.gz | 86.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8dj0.ent.gz | 51.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dj0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dj0_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8dj0_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dj0_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dj0_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8dj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8dj0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dizC 8dj1C 6mwaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29777.242 Da / 分子数: 1 / 変異: L123T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aliarcobacter butzleri RM4018 (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-PX4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.33 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.9 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月28日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 20400 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 40.01 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.018 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 746 / CC1/2: 0.69 / Rpim(I) all: 0.429 / % possible all: 71.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6MWA 解像度: 2.7→44.18 Å / SU ML: 0.302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.4652 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.18 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|