+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dix | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of NavAb L98R as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia L823R mutation | |||||||||||||||
![]() | Ion transport protein | |||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Voltage-gated sodium channel Ion transport protein | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Wisedchaisri, G. / Gamal El-Din, T.M. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for severe pain caused by mutations in the voltage sensors of sodium channel NaV1.7. 著者: Wisedchaisri, G. / Gamal El-Din, T.M. / Powell, N.M. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 46.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29833.328 Da / 分子数: 1 / 変異: L98R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-PX4 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 1.8-1.9 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月7日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 11997 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 43.93 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.379 / Num. unique obs: 542 / CC1/2: 0.526 / Rpim(I) all: 0.516 / % possible all: 92.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3RVY 解像度: 3.3→44.57 Å / SU ML: 0.4233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.2886 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.57 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|