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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8diw | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of NavAb E96P as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia S211P mutation | |||||||||||||||
![]() | Ion transport protein | |||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Voltage-gated sodium channel Ion transport protein | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Wisedchaisri, G. / Gamal El-Din, T.M. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for severe pain caused by mutations in the voltage sensors of sodium channel NaV1.7. 著者: Wisedchaisri, G. / Gamal El-Din, T.M. / Powell, N.M. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29757.297 Da / 分子数: 1 / 変異: E96P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PX4 / #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.83 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 1.7-1.8 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 5.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月12日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 13391 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 60.99 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.227 / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 619 / CC1/2: 0.517 / Rpim(I) all: 0.534 / % possible all: 90.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6MWA 解像度: 3.11→41.96 Å / SU ML: 0.3921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.7835 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.11→41.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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