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- PDB-8dik: Redox properties and PAS domain structure of the E. coli Energy S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dik
タイトルRedox properties and PAS domain structure of the E. coli Energy Sensor Aer indicate a multi-state sensing mechanism
要素Aerotaxis receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Energy sensing Chemotaxis PAS domain Aerotaxis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive aerotaxis / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Chemotaxis methyl-accepting receptor / PAS fold-3 / PAS fold / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP domain ...: / Chemotaxis methyl-accepting receptor / PAS fold-3 / PAS fold / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Aerotaxis receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Maschmann, Z. / Chua, T.K. / Crane, B.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Redox properties and PAS domain structure of the Escherichia coli energy sensor Aer indicate a multistate sensing mechanism.
著者: Maschmann, Z.A. / Chua, T.K. / Chandrasekaran, S. / Ibanez, H. / Crane, B.R.
履歴
登録2022年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerotaxis receptor
B: Aerotaxis receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4844
ポリマ－28,9132
非ポリマー1,5712
水93752
1
A: Aerotaxis receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2422
ポリマ－14,4561
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aerotaxis receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2422
ポリマ－14,4561
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.592, 62.947, 78.013
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aerotaxis receptor


分子量: 14456.335 Da / 分子数: 2 / 断片: PAS Domain / 変異: S28G, A65V, A99V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50466
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50% (w/v) PEG-3000, 100 mM Tris pH 7.00, 150 mM NaCl, 20% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.99 Å / Num. obs: 9349 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 420 / CC1/2: 0.717

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold Prediction with FAD coordinates from 2GJ3

2gj3


解像度: 2.4→48.989 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 120.23 / 位相誤差: 26 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 938 10.03 %
Rwork0.2544 --
obs0.2612 9349 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2017 0 0 52 2069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5232837
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.8971177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4002-2.52670.3531350.30121137X-RAY DIFFRACTION87
2.5267-2.68490.26951330.28641210X-RAY DIFFRACTION90
2.6849-2.89210.27241300.27761198X-RAY DIFFRACTION90
2.8921-3.1830.3111380.25361214X-RAY DIFFRACTION90
3.183-3.6430.25811330.26361198X-RAY DIFFRACTION90
3.643-4.58790.29191320.22541218X-RAY DIFFRACTION89
4.5879-33.15970.25381330.26761235X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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