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- PDB-8dhl: Tannerella forsythia beta-glucuronidase (L2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dhl
タイトルTannerella forsythia beta-glucuronidase (L2)
要素Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase family 2 / TIM barrel domain
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malectin domain / Malectin domain / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 ...Malectin domain / Malectin domain / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tannerella forsythia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lietzan, A.D. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137286 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)TR002489 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Microbial beta-glucuronidases drive human periodontal disease etiology.
著者: Lietzan, A.D. / Simpson, J.B. / Walton, W.G. / Jariwala, P.B. / Xu, Y. / Boynton, M.H. / Liu, J. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2022年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
B: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,30317
ポリマ－201,5392
非ポリマー76515
水14,016778
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area58490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.983, 119.209, 209.883
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein / Beta-glucuronidase


分子量: 100769.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UKC1
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 6% (w/v) PEG8000, 8% (v/v) ethylene glycol, 2% (v/v) glycerol, 0.1 M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.96802 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→103.66 Å / Num. obs: 87551 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 22.19 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 575179 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.346.70.5632955044050.8590.2340.613.3100
12.39-103.665.80.11938916730.9850.0570.13310.799.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4489精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UJ6

5uj6


解像度: 2.3→78.77 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2103 2000 2.29 %
Rwork0.1695 85447 -
obs0.1704 87447 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.66 Å2 / Biso mean: 22.2024 Å2 / Biso min: 9.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→78.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13216 0 42 778 14036
Biso mean--28.4 24.32 -
残基数----1680
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.360.31621400.221459986138
2.36-2.420.22931410.199960046145
2.42-2.490.22691410.191560336174
2.49-2.570.23811400.184859966136
2.57-2.660.2571420.185560416183
2.66-2.770.24251420.193660646206
2.77-2.90.24211410.202460566197
2.9-3.050.22561420.190860566198
3.05-3.240.23981430.183961136256
3.24-3.490.22941430.174960986241
3.49-3.840.21221440.163261426286
3.84-4.40.15641430.133361476290
4.4-5.540.14571470.125262356382
5.54-78.770.18211510.159864646615
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0524-0.0046-0.04170.4483-0.09990.0514-0.0173-0.0005-0.00410.0019-0.0107-0.04060.01370.004-0.00540.0918-0.00640.00480.10860.02210.0845-6.881646.3084134.4316
20.0854-0.0873-0.01720.393-0.04010.06410.00730.01990.0046-0.04680.0010.1099-0.0002-0.0184-0.00160.0889-0.0134-0.0170.11820.02740.0895-34.46169.9252124.6689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 28 through 885)A28 - 885
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 29 through 885)B29 - 885

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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