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- PDB-8dhb: Active FLCN GAP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dhb
タイトルActive FLCN GAP complex
要素
  • (Ragulator complex protein ...) x 5
  • (Ras-related GTP-binding protein ...) x 2
  • Folliculin
  • Folliculin-interacting protein 2
  • Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9 chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN / FLCN / Rag-Ragulator / GTPase Activating Protein / mTORC1 signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / negative regulation of cell proliferation involved in kidney development / L-arginine transmembrane transport / L-arginine transmembrane transporter activity / negative regulation of post-translational protein modification / cell proliferation involved in kidney development / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome ...asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / negative regulation of cell proliferation involved in kidney development / L-arginine transmembrane transport / L-arginine transmembrane transporter activity / negative regulation of post-translational protein modification / cell proliferation involved in kidney development / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / negative regulation of brown fat cell differentiation / L-amino acid transmembrane transporter activity / regulation of Ras protein signal transduction / L-leucine transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transport / protein localization to cell junction / regulation of TORC1 signaling / negative regulation of lysosome organization / regulation of pro-B cell differentiation / amino acid transmembrane transporter activity / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / regulation of TOR signaling / endosome organization / ATPase inhibitor activity / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / fibroblast migration / lysosome localization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein localization to membrane / kinase activator activity / enzyme-substrate adaptor activity / negative regulation of glycolytic process / enzyme inhibitor activity / negative regulation of TOR signaling / arginine binding / cell-cell junction assembly / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of Rho protein signal transduction / azurophil granule membrane / endosomal transport / regulation of cell size / Macroautophagy / small GTPase-mediated signal transduction / lysosome organization / cholesterol binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / cellular response to nutrient levels / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / glutathione transferase / RHOH GTPase cycle / hemopoiesis / ficolin-1-rich granule membrane / centriolar satellite / glutathione transferase activity / RHOG GTPase cycle / regulation of receptor recycling / positive regulation of TOR signaling / TOR signaling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to amino acid / positive regulation of autophagy / specific granule membrane / energy homeostasis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of TORC1 signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RAC1 GTPase cycle / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / negative regulation of autophagy / viral genome replication / intrinsic apoptotic signaling pathway / RNA splicing / glutathione metabolic process / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / GTPase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / epithelial cell proliferation / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / cholesterol homeostasis
類似検索 - 分子機能
Amino acid transporter, transmembrane domain / Folliculin / Folliculin, DENN domain / Folliculin, DENN domain, C-terminal superfamily / Transmembrane amino acid transporter protein / Folliculin C-terminal domain / Folliculin-interacting protein family / Folliculin-interacting protein, N-terminal domain / Folliculin-interacting protein, middle domain / Folliculin-interacting protein, C-terminal domain ...Amino acid transporter, transmembrane domain / Folliculin / Folliculin, DENN domain / Folliculin, DENN domain, C-terminal superfamily / Transmembrane amino acid transporter protein / Folliculin C-terminal domain / Folliculin-interacting protein family / Folliculin-interacting protein, N-terminal domain / Folliculin-interacting protein, middle domain / Folliculin-interacting protein, C-terminal domain / Folliculin-interacting protein N-terminus / Folliculin-interacting protein middle domain / Folliculin-interacting protein C-terminus / Tripartite DENN domain, FNIP1/2-type / Tripartite DENN FNIP1/2-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Gtr1/RagA G protein / RagC/D / Gtr1/RagA G protein conserved region / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Chem-CZC / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ras-related GTP-binding protein A / Neutral amino acid transporter 9 / Folliculin ...BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Chem-CZC / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ras-related GTP-binding protein A / Neutral amino acid transporter 9 / Folliculin / Ras-related GTP-binding protein C / Folliculin-interacting protein 2 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Jansen, R.M. / Hurley, J.H.
資金援助 米国, イタリア, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111730 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM130995 米国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
Italian Association for Cancer Research イタリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for FLCN RagC GAP activation in MiT-TFE substrate-selective mTORC1 regulation.
著者: Rachel M Jansen / Roberta Peruzzo / Simon A Fromm / Adam L Yokom / Roberto Zoncu / James H Hurley /
要旨: The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) regulates cell growth and catabolism in response to nutrients through phosphorylation of key substrates. The tumor suppressor folliculin (FLCN) ...The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) regulates cell growth and catabolism in response to nutrients through phosphorylation of key substrates. The tumor suppressor folliculin (FLCN) is a RagC/D guanosine triphosphatase (GTPase)-activating protein (GAP) that regulates mTORC1 phosphorylation of MiT-TFE transcription factors, controlling lysosome biogenesis and autophagy. We determined the cryo-electron microscopy structure of the active FLCN complex (AFC) containing FLCN, FNIP2, the N-terminal tail of SLC38A9, the RagA:RagC GTPase dimer, and the Ragulator scaffold. Relative to the inactive lysosomal FLCN complex structure, FLCN reorients by 90°, breaks contact with RagA, and makes previously unseen contacts with RagC that position its Arg finger for catalysis. Disruption of the AFC-specific interfaces of FLCN and FNIP2 with RagC eliminated GAP activity and led to nuclear retention of TFE3, with no effect on mTORC1 substrates S6K or 4E-BP1. The structure provides a basis for regulation of an mTORC1 substrate-specific pathway and a roadmap to discover MiT-TFE family selective mTORC1 antagonists.
履歴
登録2022年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related GTP-binding protein C
B: Ras-related GTP-binding protein A
C: Ragulator complex protein LAMTOR1
D: Ragulator complex protein LAMTOR2
E: Ragulator complex protein LAMTOR3
F: Ragulator complex protein LAMTOR4
G: Ragulator complex protein LAMTOR5
H: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9 chimera
I: Folliculin-interacting protein 2
J: Folliculin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)419,24913
ポリマ－418,29610
非ポリマー9533
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Ras-related GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein C / Rag C / RagC / GTPase-interacting protein 2 / TIB929


分子量: 44384.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9HB90, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein A / RagA / Adenovirus E3 14.7 kDa-interacting protein 1 / FIP-1


分子量: 39362.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7L523

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Ragulator complex protein ... , 5種, 5分子 CDEFG

#3: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / Protein associated with DRMs and endosomes / p27Kip1-releasing factor from RhoA / p27RF-Rho


分子量: 18325.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6IAA8
#4: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR2 / Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late ...Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 2 / Mitogen-activated protein-binding protein-interacting protein / MAPBP-interacting protein / Roadblock domain-containing protein 3


分子量: 13645.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y2Q5
#5: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR3 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1 / Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1


分子量: 13637.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UHA4
#6: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 10753.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0VGL1
#7: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR5 / Hepatitis B virus x interacting protein


分子量: 18178.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, hCG_40252 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0C4DGV4

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タンパク質 , 3種, 3分子 HIJ

#8: タンパク質 Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9 chimera / GST 26 / Sj26 antigen / SjGST / Solute carrier family 38 member 9 / Up-regulated in lung cancer 11


分子量: 41000.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC38A9, URLC11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P08515, UniProt: Q8NBW4, glutathione transferase
#9: タンパク質 Folliculin-interacting protein 2 / FNIP1-like protein / O6-methylguanine-induced apoptosis 1 protein


分子量: 149865.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FNIP2, FNIPL, KIAA1450, MAPO1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P278
#10: タンパク質 Folliculin / BHD skin lesion fibrofolliculoma protein / Birt-Hogg-Dube syndrome protein


分子量: 69143.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLCN, BHD / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NFG4

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非ポリマー , 3種, 3分子

#11: 化合物 ChemComp-CZC / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate / xanthosine diphosphate / XDP


分子量: 444.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of the Active FLCN GAP compexCOMPLEX#1-#100MULTIPLE SOURCES
2Rag-RagulatorCOMPLEX#1-#71RECOMBINANT
3FLCN:SLC-FNIP2COMPLEX#9-#101RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
43Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177018 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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