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- EMDB-27435: Active FLCN GAP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27435
タイトルActive FLCN GAP complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Active FLCN GAP compex
    • 複合体: Rag-Ragulator
      • タンパク質・ペプチド: x 7種
    • 複合体: FLCN:SLC-FNIP2
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードFLCN / Rag-Ragulator / GTPase Activating Protein / mTORC1 signaling / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / negative regulation of cell proliferation involved in kidney development / cell proliferation involved in kidney development / L-arginine transmembrane transporter activity / negative regulation of post-translational protein modification / L-arginine transmembrane transport / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome ...asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / negative regulation of cell proliferation involved in kidney development / cell proliferation involved in kidney development / L-arginine transmembrane transporter activity / negative regulation of post-translational protein modification / L-arginine transmembrane transport / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / L-glutamine transmembrane transporter activity / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / glutamine transport / regulation of Ras protein signal transduction / negative regulation of brown fat cell differentiation / protein localization to cell junction / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / L-amino acid transmembrane transporter activity / regulation of TORC1 signaling / regulation of pro-B cell differentiation / protein localization to lysosome / negative regulation of lysosome organization / regulation of TOR signaling / endosome organization / Amino acids regulate mTORC1 / fibroblast migration / MTOR signalling / lysosome localization / amino acid transmembrane transporter activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TORC1 signaling / ATPase inhibitor activity / cell-cell junction assembly / kinase activator activity / protein localization to membrane / negative regulation of glycolytic process / negative regulation of TOR signaling / arginine binding / negative regulation of cold-induced thermogenesis / endosomal transport / azurophil granule membrane / lysosome organization / cholesterol binding / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / regulation of cell size / negative regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / hemopoiesis / TOR signaling / enzyme inhibitor activity / regulation of protein phosphorylation / glutathione transferase / mTORC1-mediated signalling / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / glutathione transferase activity / RHOG GTPase cycle / regulation of receptor recycling / positive regulation of TOR signaling / response to amino acid / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / enzyme-substrate adaptor activity / cellular response to nutrient levels / specific granule membrane / energy homeostasis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of autophagy / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / glutathione metabolic process / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / GTPase activator activity / RNA splicing / viral genome replication / cholesterol homeostasis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation / epithelial cell proliferation / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / TP53 Regulates Metabolic Genes
類似検索 - 分子機能
Folliculin / Folliculin, DENN domain / Folliculin, DENN domain, C-terminal superfamily / Folliculin C-terminal domain / Folliculin-interacting protein family / Folliculin-interacting protein, N-terminal domain / Folliculin-interacting protein, middle domain / Folliculin-interacting protein, C-terminal domain / Folliculin-interacting protein N-terminus / Folliculin-interacting protein middle domain ...Folliculin / Folliculin, DENN domain / Folliculin, DENN domain, C-terminal superfamily / Folliculin C-terminal domain / Folliculin-interacting protein family / Folliculin-interacting protein, N-terminal domain / Folliculin-interacting protein, middle domain / Folliculin-interacting protein, C-terminal domain / Folliculin-interacting protein N-terminus / Folliculin-interacting protein middle domain / Folliculin-interacting protein C-terminus / Tripartite DENN domain, FNIP1/2-type / Tripartite DENN FNIP1/2-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Gtr1/RagA G protein / RagC/D / Gtr1/RagA G protein conserved region / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ragulator complex protein LAMTOR5 / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ras-related GTP-binding protein A / Neutral amino acid transporter 9 / Folliculin / Ras-related GTP-binding protein C / Folliculin-interacting protein 2 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Jansen RM / Hurley JH
資金援助 米国, イタリア, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111730 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM130995 米国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
Italian Association for Cancer Research イタリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for FLCN RagC GAP activation in MiT-TFE substrate-selective mTORC1 regulation.
著者: Rachel M Jansen / Roberta Peruzzo / Simon A Fromm / Adam L Yokom / Roberto Zoncu / James H Hurley /
要旨: The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) regulates cell growth and catabolism in response to nutrients through phosphorylation of key substrates. The tumor suppressor folliculin (FLCN) ...The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) regulates cell growth and catabolism in response to nutrients through phosphorylation of key substrates. The tumor suppressor folliculin (FLCN) is a RagC/D guanosine triphosphatase (GTPase)-activating protein (GAP) that regulates mTORC1 phosphorylation of MiT-TFE transcription factors, controlling lysosome biogenesis and autophagy. We determined the cryo-electron microscopy structure of the active FLCN complex (AFC) containing FLCN, FNIP2, the N-terminal tail of SLC38A9, the RagA:RagC GTPase dimer, and the Ragulator scaffold. Relative to the inactive lysosomal FLCN complex structure, FLCN reorients by 90°, breaks contact with RagA, and makes previously unseen contacts with RagC that position its Arg finger for catalysis. Disruption of the AFC-specific interfaces of FLCN and FNIP2 with RagC eliminated GAP activity and led to nuclear retention of TFE3, with no effect on mTORC1 substrates S6K or 4E-BP1. The structure provides a basis for regulation of an mTORC1 substrate-specific pathway and a roadmap to discover MiT-TFE family selective mTORC1 antagonists.
履歴
登録2022年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27435.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 461.12 Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 461.12 Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 461.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.48
最小 - 最大-1.1009892 - 2.0484495
平均 (標準偏差)-0.0013066541 (±0.044274867)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 461.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Focused refinement at FLCN:RagC interface

ファイルemd_27435_additional_1.map
注釈Focused refinement at FLCN:RagC interface
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_27435_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_27435_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the Active FLCN GAP compex

全体名称: Cryo-EM structure of the Active FLCN GAP compex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Active FLCN GAP compex
    • 複合体: Rag-Ragulator
      • タンパク質・ペプチド: Ras-related GTP-binding protein C
      • タンパク質・ペプチド: Ras-related GTP-binding protein A
      • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR1
      • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR2
      • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR3
      • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR4
      • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR5
    • 複合体: FLCN:SLC-FNIP2
      • タンパク質・ペプチド: Folliculin-interacting protein 2
      • タンパク質・ペプチド: Folliculin
    • タンパク質・ペプチド: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9 chimera
  • リガンド: [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Cryo-EM structure of the Active FLCN GAP compex

超分子名称: Cryo-EM structure of the Active FLCN GAP compex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: Rag-Ragulator

超分子名称: Rag-Ragulator / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: FLCN:SLC-FNIP2

超分子名称: FLCN:SLC-FNIP2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Ras-related GTP-binding protein C

分子名称: Ras-related GTP-binding protein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.384004 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSLQYGAEET PLAGSYGAAD SFPKDFGYGV EEEEEEAAAA GGGVGAGAGG GCGPGGADSS KPRILLMGLR RSGKSSIQKV VFHKMSPNE TLFLESTNKI YKDDISNSSF VNFQIWDFPG QMDFFDPTFD YEMIFRGTGA LIYVIDAQDD YMEALTRLHI T VSKAYKVN ...文字列:
MSLQYGAEET PLAGSYGAAD SFPKDFGYGV EEEEEEAAAA GGGVGAGAGG GCGPGGADSS KPRILLMGLR RSGKSSIQKV VFHKMSPNE TLFLESTNKI YKDDISNSSF VNFQIWDFPG QMDFFDPTFD YEMIFRGTGA LIYVIDAQDD YMEALTRLHI T VSKAYKVN PDMNFEVFIH KVNGLSDDHK IETQRDIHQR ANDDLADAGL EKLHLSFYLT SIYDHSIFEA FSKVVQKLIP QL PTLENLL NIFISNSGIE KAFLFDVVSK IYIATDSSPV DMQSYELCCD MIDVVIDVSC IYGLKEDGSG SAYDKESMAI IKL NNTTVL YLKEVTKFLA LVCILREESF ERKGLIDYNF HCFRKAIHEV FEVGVTSHRS CGHQTSASSL KALTHNGTPR NAIL

UniProtKB: Ras-related GTP-binding protein C

+
分子 #2: Ras-related GTP-binding protein A

分子名称: Ras-related GTP-binding protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.362078 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSWSHPQFEK GGFDIDYKDD DDKMPNTAMK KKVLLMGKSG SGKTSMRSII FANYIARDTR RLGATIDVEH SHVRFLGNLV LNLWDCGGQ DTFMENYFTS QRDNIFRNVE VLIYVFDVES RELEKDMHYY QSCLEAILQN SPDAKIFCLV HKMDLVQEDQ R DLIFKERE ...文字列:
MSWSHPQFEK GGFDIDYKDD DDKMPNTAMK KKVLLMGKSG SGKTSMRSII FANYIARDTR RLGATIDVEH SHVRFLGNLV LNLWDCGGQ DTFMENYFTS QRDNIFRNVE VLIYVFDVES RELEKDMHYY QSCLEAILQN SPDAKIFCLV HKMDLVQEDQ R DLIFKERE EDLRRLSRPL ECACFRTSIW DETLYKAWSS IVYQLIPNVQ QLEMNLRNFA QIIEADEVLL FERATFLVIS HY QCKEQRD VHRFEKISNI IKQFKLSCSK LAASFQSMEV RNSNFAAFID IFTSNTYVMV VMSDPSIPSA ATLINIRNAR KHF EKLERV DGPKHSLLMR

UniProtKB: Ras-related GTP-binding protein A

+
分子 #3: Ragulator complex protein LAMTOR1

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.32535 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
SNAEFMACCY SSENEDSDQD REERKLLLDP SSPPTKALNG AEPNYHSLPS ARTDEQALLS SILAKTASNI IDVSAADSQG MEQHEYMDR ARQYSTRLAV LSSSLTHWKK LPPLPSLTSQ PHQVLASEPI PFSDLQQVSR IAAYAYSALS QIRVDAKEEL V VQFGIP

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR1

+
分子 #4: Ragulator complex protein LAMTOR2

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.645579 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
GAMLRPKALT QVLSQANTGG VQSTLLLNNE GSLLAYSGYG DTDARVTAAI ASNIWAAYDR NGNQAFNEDN LKFILMDCME GRVAITRVA NLLLCMYAKE TVGFGMLKAK AQALVQYLEE PLTQVAAS

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR2

+
分子 #5: Ragulator complex protein LAMTOR3

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.637678 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MADDLKRFLY KKLPSVEGLH AIVVSDRDGV PVIKVANDNA PEHALRPGFL STFALATDQG SKLGLSKNKS IICYYNTYQV VQFNRLPLV VSFIASSSAN TGLIVSLEKE LAPLFEELRQ VVEVS

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR3

+
分子 #6: Ragulator complex protein LAMTOR4

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.753236 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MTSALTQGLE RIPDQLGYLV LSEGAVLASS GDLENDEQAA SAISELVSTA CGFRLHRGMN VPFKRLSVVF GEHTLLVTVS GQRVFVVKR QNRGREPIDV

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR4

+
分子 #7: Ragulator complex protein LAMTOR5

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.17852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEPGAGHLDG HRAGSPSLRQ ALCDGSAVMF SSKERGRCTV INFVPLEAPL RSTPRSRQVT EACGGEGRAV PLGSEPEWSV GGMEATLEQ HLEDTMKNPS IVGVLCTDSQ GLNLGCRGTL SDEHAGVISV LAQQAAKLTS DPTDIPVVCL ESDNGNIMIQ K HDGITVAV HKMAS

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR5

+
分子 #8: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Sodium-coupled ...

分子名称: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9 chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutathione transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.000711 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASPILGYWK IKGLVQPTRL LLEYLEEKYE EHLYERDEGD KWRNKKFELG LEFPNLPYYI DGDVKLTQSM AIIRYIADKH NMLGGCPKE RAEISMLEGA VLDIRYGVSR IAYSKDFETL KVDFLSKLPE MLKMFEDRLC HKTYLNGDHV THPDFMLYDA L DVVLYMDP ...文字列:
MASPILGYWK IKGLVQPTRL LLEYLEEKYE EHLYERDEGD KWRNKKFELG LEFPNLPYYI DGDVKLTQSM AIIRYIADKH NMLGGCPKE RAEISMLEGA VLDIRYGVSR IAYSKDFETL KVDFLSKLPE MLKMFEDRLC HKTYLNGDHV THPDFMLYDA L DVVLYMDP MCLDAFPKLV CFKKRIEAIP QIDKYLKSSK YIAWPLQGWQ ATFGGGDHPP KSDDYDIPTT ENLYFQGGTM AN MNSDSRH LGTSEVDHER DPGPMNIQFE PSDLRSKRPF CIEPTNIVNV NHVIQRVSDH ASAMNKRIHY YSRLTTPADK ALI APDHVV PAPEECYVYS PLGSAYKLQS YTEGYGKNTS

UniProtKB: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme, Neutral amino acid transporter 9

+
分子 #9: Folliculin-interacting protein 2

分子名称: Folliculin-interacting protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 149.865641 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASPILGYWK IKGLVQPTRL LLEYLEEKYE EHLYERDEGD KWRNKKFELG LEFPNLPYYI DGDVKLTQSM AIIRYIADKH NMLGGCPKE RAEISMLEGA VLDIRYGVSR IAYSKDFETL KVDFLSKLPE MLKMFEDRLC HKTYLNGDHV THPDFMLYDA L DVVLYMDP ...文字列:
MASPILGYWK IKGLVQPTRL LLEYLEEKYE EHLYERDEGD KWRNKKFELG LEFPNLPYYI DGDVKLTQSM AIIRYIADKH NMLGGCPKE RAEISMLEGA VLDIRYGVSR IAYSKDFETL KVDFLSKLPE MLKMFEDRLC HKTYLNGDHV THPDFMLYDA L DVVLYMDP MCLDAFPKLV CFKKRIEAIP QIDKYLKSSK YIAWPLQGWQ ATFGGGDHPP KSDDYDIPTT ENLYFQGGTM AP TLLQKLF NKRGSSGSSA AASAQGRAPK EGPAFSWSCS EFDLNEIRLI VYQDCDRRGR QVLFDSKAVQ KIEEVTAQKT EDV PIKISA KCCQGSSSVS SSSSSSISSH SSSGGSSHHA KEQLPKYQYT RPASDVNMLG EMMFGSVAMS YKGSTLKIHY IRSP PQLMI SKVFSARMGS FCGSTNNLQD SFEYINQDPN LGKLNTNQNS LGPCRTGSNL AHSTPVDMPS RGQNEDRDSG IARSA SLSS LLITPFPSPS SSTSSSSSYQ RRWLRSQTTS LENGIIPRRS TDETFSLAEE TCSSNPAMVR RKKIAISIIF SLCEKE EAQ RNFQDFFFSH FPLFESHMNR LKSAIEKAMI SCRKIAESSL RVQFYVSRLM EALGEFRGTI WNLYSVPRIA EPVWLTM MS GTLEKNQLCQ RFLKEFTLLI EQINKNQFFA ALLTAVLTYH LAWVPTVMPV DHPPIKAFSE KRTSQSVNML AKTHPYNP L WAQLGDLYGA IGSPVRLTRT VVVGKQKDLV QRILYVLTYF LRCSELQENQ LTWSGNHGEG DQVLNGSKII TALEKGEVE ESEYVVITVR NEPALVPPIL PPTAAERHNP WPTGFPECPE GTDSRDLGLK PDKEANRRPE QGSEACSAGC LGPASDASWK PQNAFCGDE KNKEAPQDGS SRLPSCEVLG AGMKMDQQAV CELLKVEMPT RLPDRSVAWP CPDRHLREKP SLEKVTFQIG S FASPESDF ESRMKKMEER VKACGPSLEA SEAADVAQDP QVSRSPFKPG FQENVCCPQN RLSEGDEGES DKGFAEDRGS RN DMAADIA GQLSHAADLG TASHGAGGTG GRRLEATRGL YVKAAEGPVL EPVAPRCVQR GPGLVAGANI PCGDDNKKAN FRT EGDIPR NESSDSALGD SDDEACASAM LDLGHGGDRT GGSLEVELPL PRSQSISTQN VRNFGRSLLA GYCPTYMPDL VLHG TGSDE KLKQCLVADL VHTVHHPVLD EPIAEAVCII ADTDKWSVQV ATSQRKVTDN MKLGQDVLVS SQVSSLLQSI LQLYK LHLP ADFCIMHLED RLQEMYLKSK MLSEYLRGHT RVHVKELGVV LGIESNDLPL LTAIASTHSP YVAQILL

UniProtKB: Folliculin-interacting protein 2

+
分子 #10: Folliculin

分子名称: Folliculin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.14307 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMNAIVAL CHFCELHGPR TLFCTEVLHA PLPQGDGNED SPGQGEQAE EEEGGIQMNS RMRAHSPAEG ASVESSSPGP KKSDMCEGCR SLAAGHPGYI SHDKETSIKY VSHQHPSHPQ L FSIVRQAC ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMNAIVAL CHFCELHGPR TLFCTEVLHA PLPQGDGNED SPGQGEQAE EEEGGIQMNS RMRAHSPAEG ASVESSSPGP KKSDMCEGCR SLAAGHPGYI SHDKETSIKY VSHQHPSHPQ L FSIVRQAC VRSLSCEVCP GREGPIFFGD EQHGFVFSHT FFIKDSLARG FQRWYSIITI MMDRIYLINS WPFLLGKVRG II DELQGKA LKVFEAEQFG CPQRAQRMNT AFTPFLHQRN GNAARSLTSL TSDDNLWACL HTSFAWLLKA CGSRLTEKLL EGA PTEDTL VQMEKLADLE EESESWDNSE AEEEEKAPVL PESTEGRELT QGPAESSSLS GCGSWQPRKL PVFKSLRHMR QVLG APSFR MLAWHVLMGN QVIWKSRDVD LVQSAFEVLR TMLPVGCVRI IPYSSQYEEA YRCNFLGLSP HVQIPPHVLS SEFAV IVEV HAAARSTLHP VGCEDDQSLS KYEFVVTSGS PVAADRVGPT ILNKIEAALT NQNLSVDVVD QCLVCLKEEW MNKVKV LFK FTKVDSRPKE DTQKLLSILG ASEEDNVKLL KFWMTGLSKT YKSHLMSTVR SPTASESRN

UniProtKB: Folliculin

+
分子 #11: [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-...

分子名称: [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: CZC
分子量理論値: 444.185 Da
Chemical component information

ChemComp-CZC:
[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate / XDP

+
分子 #12: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #13: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wj2

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 177018
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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