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- PDB-8dgz: Caspase-7 bound to substrate mimic and allosteric inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dgz
タイトルCaspase-7 bound to substrate mimic and allosteric inhibitor
要素
  • Ac-Asp-Glu-Val-Asp-Aldehyde
  • Caspase-7
キーワードAPOPTOSIS/APOPTOSIS INHIBITOR / allostery / inhibitor / ternary / APOPTOSIS-APOPTOSIS INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-7 / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of plasma membrane repair / cellular response to staurosporine / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis ...caspase-7 / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of plasma membrane repair / cellular response to staurosporine / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to UV / striated muscle cell differentiation / cysteine-type peptidase activity / protein maturation / protein catabolic process / protein processing / fibrillar center / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / neuron apoptotic process / aspartic-type endopeptidase activity / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis / extracellular space / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain ...Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ac-Asp-Glu-Val-Asp-Aldehyde / Chem-8YJ / Caspase-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Propp, J. / Kalenkiewicz, A. / Kathryn, F.H. / Spies, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM138471-01 米国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Allosteric Tuning of Caspase-7: Establishing the Nexus of Structure and Catalytic Power.
著者: Hobbs, K.F. / Propp, J. / Vance, N.R. / Kalenkiewicz, A. / Witkin, K.R. / Ashley Spies, M.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42023年11月22日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-7
B: Caspase-7
C: Ac-Asp-Glu-Val-Asp-Aldehyde
D: Ac-Asp-Glu-Val-Asp-Aldehyde
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4165
ポリマ－70,1094
非ポリマー3071
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.045, 89.045, 183.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 57 through 94 or (resid 95...
21(chain B and (resid 57 through 58 or (resid 59...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRALAALA(chain A and (resid 57 through 94 or (resid 95...AA57 - 9459 - 96
12GLUGLUALAALA(chain A and (resid 57 through 94 or (resid 95...AA95 - 9697 - 98
13THRTHRSERSER(chain A and (resid 57 through 94 or (resid 95...AA57 - 30259 - 304
14THRTHRSERSER(chain A and (resid 57 through 94 or (resid 95...AA57 - 30259 - 304
15THRTHRSERSER(chain A and (resid 57 through 94 or (resid 95...AA57 - 30259 - 304
16THRTHRSERSER(chain A and (resid 57 through 94 or (resid 95...AA57 - 30259 - 304
21THRTHRTYRTYR(chain B and (resid 57 through 58 or (resid 59...BB57 - 5859 - 60
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 57 through 58 or (resid 59...BB5961
23ARGARGGLNGLN(chain B and (resid 57 through 58 or (resid 59...BB52 - 30354 - 305
24ARGARGGLNGLN(chain B and (resid 57 through 58 or (resid 59...BB52 - 30354 - 305
25ARGARGGLNGLN(chain B and (resid 57 through 58 or (resid 59...BB52 - 30354 - 305
26ARGARGGLNGLN(chain B and (resid 57 through 58 or (resid 59...BB52 - 30354 - 305

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要素

#1: タンパク質 Caspase-7 / CASP-7 / Apoptotic protease Mch-3 / CMH-1 / ICE-like apoptotic protease 3 / ICE-LAP3


分子量: 34566.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP7, MCH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55210, caspase-7
#2: タンパク質・ペプチド Ac-Asp-Glu-Val-Asp-Aldehyde


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 488.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Ac-Asp-Glu-Val-Asp-Aldehyde
#3: 化合物 ChemComp-8YJ / 2-{[2-(4-chlorophenyl)-2-oxoethyl]sulfanyl}benzoic acid


分子量: 306.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11ClO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate and 2.1 M sodium formate / PH範囲: 5-5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.94 Å / Num. obs: 21470 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 211549
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.9510.42.4193191730560.5540.7842.5450.9100
8.85-47.948.10.04162397720.9990.0150.04443.899.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f1j

1f1j


解像度: 2.8→47.94 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 1103 5.16 %
Rwork0.2333 20261 -
obs0.2344 21364 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.33 Å2 / Biso mean: 107.8184 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3120 0 90 0 3210
Biso mean--136.42 --
残基数----428
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1647X-RAY DIFFRACTION9.364TORSIONAL
12B1647X-RAY DIFFRACTION9.364TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.930.49031490.42892448259799
2.93-3.080.37871280.32725172645100
3.08-3.270.32731160.312124972613100
3.27-3.530.33831370.247724982635100
3.53-3.880.23151400.223725002640100
3.88-4.440.231190.214225772696100
4.44-5.590.2161300.217625612691100
5.6-47.940.24331840.218826632847100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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